北京基因組所阿爾茲海默癥基因知識庫ALzBase正式上線
阿爾茲海默癥（Alzheimer’s disease,AD）是一種在老年人人群中常見的神經退行性疾病，目前無有效治療手段。人們對AD致病機理方面的研究也沒有取得突破性的進展。為了能夠更好地助力AD相關的研究，中國科學院北京基因組研究所雷紅星研究組通過整合不同來源的數據，以阿爾茲海默癥擾動基因為核心整理并開發了阿爾茲海默癥基因知識庫AlzBase，相關論文于近期發表于Molecular Neurobiology。 雷紅星研究員多年來一直從事AD相關的研究工作，特別是在組學數據相關的研究領域開展了一系列的研究，例如AD相關致病機制的系統生物學研究，AD外周血擾動特異性研究以及AD相關染色體區域的研究等。這些研究成果為Alzbase的開發與上線打下了堅實的基礎，同時也使得AlzBase作為AD組學研究領域的知識型數據庫更具專業性和指導性。 AlzBase知識庫收集了若干組代表性的AD腦轉錄組研究結果，并結合AD研究中的一些熱點......閱讀全文
日本研究氣象數據如何影響水稻基因
將氣溫、降水量等氣象數據輸入電腦程序，就能推算出水稻稻葉中發揮機能的約1.72萬個基因的表達狀況，這是日本一個研究小組的最新研究成果。它將有助于人們更有針對性地改良水稻品種。 這是日本農業生物資源研究所等機構進行的一項研究，研究人員選擇了日本兩種較為常見的水稻品種“日本晴”和“農林8
日研究氣象數據如何影響水稻基因
將氣溫、降水量等氣象數據輸入電腦程序，就能推算出水稻稻葉中發揮機能的約1.72萬個基因的表達狀況，這是日本一個研究小組的最新研究成果。它將有助于人們更有針對性地改良水稻品種。 這是日本農業生物資源研究所等機構進行的一項研究，研究人員選擇了日本兩種較為常見的水稻品種“日本晴”和“農林8號”，
中國開放最新家蠶基因組研究數據
“我們通過網絡，以開放的姿態與世界共享家蠶基因組最新研究成果”，中國家蠶基因組計劃項目主持人、中國工程院院士向仲懷26日介紹，包含有最新研究數據的中國家蠶遺傳數據庫目前已收到來自國內外科研人員的訪問25萬余次。 向仲懷介紹，中國家蠶遺傳數據庫由西南大學家蠶基因研究團隊和深圳華大基因研究院合
癌癥研究人員聯手匯集腫瘤基因組數據
研究人員希望，數據分享將為利用諸如這些腦部腺癌細胞等腫瘤的基因組信息帶來更好的方法。 這是為大型癌癥研究中心的很多病人提供的最新希望：“讓我們測序你的腫瘤，或許我們能將其同擊敗這種惡性疾病的藥物匹配。”不過，現實是基因組分析仍然僅為癌癥病人提供了一小部分幫助。“我們多半時候不知道如何處理這些
北大重慶大數據研究院將共建“基因智能大數據實驗室”
18日在重慶召開的2023世界中聯中醫藥大數據產業高峰論壇上，北京大學重慶大數據研究院與上海睿昂基因科技股份有限公司簽署共建“基因智能大數據聯合實驗室”(以下簡稱實驗室)戰略合作協議，雙方將發揮各自優勢，挖掘基因數據價值，賦能醫療健康。據介紹，實驗室將整合北京大學北京國際數學研究中心和北京大學生物統
人類基因研究走近平民－數據是基礎解讀更重要
5萬美元可以做什么?最近，美國斯坦福大學教授斯蒂芬·夸克在國際著名學術期刊《自然·生物技術》發表論文宣布，只用3個人、4周、1臺已經上市的儀器，花費不到5萬美元，就繪制出了自己的全基因組圖譜。雖然價格還有些高，但比起去年的25萬美金，顯然離走近平民，又近了一大步。 從基因組了解自己的健康隱
Bluebird－公布基因療法－LentiD?頂線研究積極數據
近日，開發嚴重遺傳性疾病治療的變革性基因療法以及 T 細胞癌癥免疫療法的生物公司 Bluebird Bio 表示，正在進行中的評估基因療法 Lenti-D?用于初始隊列中 17 名 18 歲以下男性腎上腺腦白質營養不良（CALD）患者治療的臨床 2 / 3 期研究 Starbeam Study
北京基因組所生命與健康大數據研究獲進展
與健康大數據研究成果，包括生命組學數據資源建設成果（D14-20）、實時定量PCR內參基因知識庫——ICG（Internal Control Genes；D121-126），甲基化數據庫Methbank升級版（D288-295）以及基因組序列變異庫——GVM（Genome Variation M
DNA研究缺數據－你愿意把你的基因信息賣了嗎
據外媒Telegraph報道，你是否曾經擔心過那些科技巨頭會利用你的個人信息來賺錢？是否猜測過這些“幕后黑手”的身份？在Facebook數據泄露事件愈演愈烈的背景下，設想一下，如果數據泄露所包含的范圍超越了“個人喜好”和所謂的問卷調查結果，而進一步觸及到了你最私密的生物特征——你個人基因組的細節
人類腸道微生物基因集－為研究提供精準數據支持
7月7日，由華南理工大學生物科學與工程學院博士研究生李俊樺為第一作者，與深圳華大基因研究院、丹麥哥本哈根大學等單位共同合作完成的《人腸道微生物組參考基因集》研究成果在《自然—生物技術》上發表。這是“華工—華大”基因組科學創新班學子在國際頂級學術期刊上以第一作者身份發表的第二篇文章。 據介紹，人
Nature：測序研究引發的思考，誰該擁有個人基因數據？
大樣本數據庫是影響基因數據分析解讀的重要因素，也是影響測序產業鏈發展的瓶頸之一。如今，越來越多的志愿者將自己的基因數據貢獻給科研，但是對于后續的數據反饋，卻是一個值得深思的問題。近日，一位遺傳學研究者在Nature網站上披露了如今遺傳學研究中存在的問題：是否有必要將原始數據反饋給參與者？以下為她
美國國立衛生研究院“冷對”基因數據隱私新挑戰
本周發表的一篇極具“挑釁性”的論文提到，研究人員找到一個方法可以連接一個人的基因到某一公共研究數據庫里其匿名的基因數據上。但是，美國國立衛生研究院（NIH）作為最大的此類數據庫的擁有者之一，表示不打算采用任何新步驟預防某些人利用這種辦法破壞基因隱私。這與NIH四年前的反應形成鮮明對比，當時
天津工生所等基因組數據整合研究獲系列進展
隨著人類基因組計劃(Human genome project, HGP)和高通量生物芯片技術的成功研發，人們廣泛利用高通量全基因組生物芯片的技術手段，采用全基因組關聯研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）的方法篩選復雜疾病易感多態（Single Nuc
谷歌致力于基因數據市場，整合Tute－Genomics基因數據庫
谷歌希望憑借人類基因組云端服務Google Genomics在基因組研究市場占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具來填滿這個工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一項云端服務，幫助大學實驗室和醫院等機構將患者或科研對象的生物基因儲存到云端上，推進人類基因組信息的存
新冠病毒有美國ZL基因片段？看病毒研究團隊數據實錘
就在俄羅斯在烏克蘭發現大量美國生化實驗室利用蝙蝠研究冠狀病毒的證據之后，英國媒體又透露出一個令人震驚的消息。 一個病毒研究團隊發現，新型冠狀病毒含有美國莫德納公司在2016年2月申請的ZL基因片段，這個基因序列通過自然進化而隨機出現在新冠病毒中的概率為三萬億分之一。也就是說，新冠病毒不是美國
北京大數據研究院成立擬推動數據研究成果轉化
8月27日，國內首個整合了政府、大學和市場三方面資源的大數據研究機構——北京大數據研究院今天在北京大學揭牌。北京大數據研究院是在北京市委市政府的支持與指導下，由中關村管委會、海淀區政府、北京大學、北京工業大學四方共同支持中科院院士、北京大學教授鄂維南牽頭籌建。目標是吸引國際一流大數據研究人員來京
缺乏數據使用指導原則，基因組數據共享遇阻
基因組數據共享將生物醫學研究推向快車道，但向公共領域發布的現有數據指南一方面承認免費和無條件使用數據的重要性，另一方面還未能解決這種重要性與數據生產者首次發布數據的“權利”之間的關系。 在美國能源部聯合基因組研究所負責人Nikos Kyrpides看來，這種自相矛盾導致了數據生產者和數據使用
美國推進癌癥基因數據共享
美國麥利亞德基因公司(Myriad Genetics)擁有關于乳腺癌和卵巢癌的兩個基因的專利，這讓它們壟斷乳腺癌檢測的行業多年。雖然美國最高法院在去年六月已經對這兩個基因的專利做了無效判決，但該公司仍然掌握這獨有的130萬份的檢測數據。這些信息則使得麥利亞德公司在檢測結果解釋上有巨大優勢。但是遺
基因芯片數據的分析方法
研究背景：基因芯片可以通過探針和熒光標記對某個時間點生物體的全部基因表達量進行檢測，探針代表的基因熒光強度通過儀器轉換成基本數據。這些數據的背后隱藏著很多的生物學意義，這就需要我們通過生物信息學的方法去分析和挖掘。不同實驗設計方案產生的海量芯片數據，其分析方法和思路都大同小異，這里分享一個多組實驗設
基因芯片數據的分析方法
研究背景：基因芯片可以通過探針和熒光標記對某個時間點生物體的全部基因表達量進行檢測，探針代表的基因熒光強度通過儀器轉換成基本數據。這些數據的背后隱藏著很多的生物學意義，這就需要我們通過生物信息學的方法去分析和挖掘。不同實驗設計方案產生的海量芯片數據，其分析方法和思路都大同小異，這里分享一個多組實驗設
群眾基因數據：揭示疾病病因
本月月初，來自40個國家的研究人員和提倡者成立了一個全球聯盟來開啟安全共享的基因組和臨床數據庫，目的是為了在這個時代結束時可以使人類能夠利用遺傳數據。 英國政府，凱薩醫療機構及美國共同努力收集和整理了大量的遺傳數據。但是隨著全球的聯盟，有一天臨床醫生可以廣泛使用遺傳數據，全世界的研究者可以
大數據：助力判定癌癥驅動基因！
目前已知超過100個新的癌癥驅動基因，幫助解釋了怎樣的腫瘤驅動會造成：相同的癌癥基因導致不同的病患！ 在一項由Sanford Burnham Prebys醫學發現研究所(SBP)引導下的協作研究中,研究人員結合兩個公開的“組學”數據庫創建一個新的目錄“癌癥驅動者”。當癌癥驅動基因的改變造成癌癥
大數據研究推翻常規認識
近年來，科學創新日漸進入"大數據"時代，各種高通量的分析手段以及各類"組學"的發展，使得我們對生命科學的基本原理以及與人類健康有關的疾病發生機制方面有了更加深入的認識。針對最近一段時間以來科學家們利用"大數據"的手段產生的科學進展，我們進行簡要的盤點，希望大家能夠喜歡。 1. Nat Gene
呼吁數據共享！數據爛手里，何談研究話語權？
導 讀 在大氣、海洋、冰川等需要國際合作的研究領域，中國普遍缺乏拿得出手的高質量數據。問題出在了哪里？ “我們國家在數據方面基本沒有話語權。” 在談到IPCC報告里鮮有來自中國的數據時，A學者不無感慨地告訴《知識分子》。這位要求匿名的研究者舉例說，在2013年第五次IPCC報告中，為決策者
BRCA基因突變信息－美國國家癌癥研究所啟動BRCA數據庫
日前，美國國家癌癥研究所（NCI）宣布啟動BRCA Exchange。這是一個匯集了全球成千上萬個遺傳性BRCA1和BRCA2基因變異信息的數據庫。大眾可以通過一個網站和一款智能手機app來獲取數據庫中的信息。這一數據資源讓臨床醫生們可以參考專家們對不同BRCA基因變異與癌癥關系的評估，從而對解
科學家研究認為：大數據時代“小數據”仍有未來
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/504106.shtm大數據時代，“小數據”有未來嗎？武漢紡織大學數理科學學院江健教授團隊與美國密歇根州立大學Guo-wei Wei教授團隊共同研究認為：“有！”相關研究成果日前在線發表在國際期刊《化學評論
大數據時代：海量數據為科學研究帶來重大機遇
“大數據的概念聽上去和云計算一樣，有些‘高大上’，但是大數據絕不是一個空泛的口號，事實上它不僅改變了人們的生存面貌，更為科學研究帶來重大的機遇。”中國科學院遙感與數字地球所研究員郭華東說。 依托海量的數據狀態和云級別的數據處理能力，大數據以其Volume（大量）、Velocity（高速）、Va
谷歌將提供基因數據在線服務
近日，谷歌公司宣布將開始提供由生物醫學研究機構 Broad 研究所開發的DNA 分析軟件的云服務版本。 Broad 研究所是由來自哈佛大學、麻省理工學院和哈佛大學附屬醫院的科學家組成的。該機構的基因組分析工具包GATK，可用于分析基因組測序數據，并已被研究人員和企業下載20000 次。谷
基因數據噪音或可保護患者隱私
大型基因組數據庫對于科學家尋找同疾病相關的遺傳變異來說是必不可少的。不過，對于貢獻了DNA的人來說，這會帶來隱私風險。一項2013年的研究顯示，黑客能利用網絡上公開可用的信息，從被匿名的基因組數據中辨別出人們的身份。 為解決這些擔憂，一個由美國麻省理工學院計算機科學家Bonnie Berger
Science：癌癥基因數據提出技術質疑
據美國國立癌癥研究所的一位病理學家David Levens稱，在PubMed數據目錄上有超過25,000篇關于Myc基因的論文，這種基因與轉移性癌癥有關，但是現在由于一項最新研究成果，因此都需要重新再評估，這項研究指出了Myc的致癌作用比大多數人認為的都要更廣泛，而目前的實驗方法具有缺陷，也