經過 Protein Deconvolution 2.0 軟件去卷積處理之后的單抗分子量分布圖如下所示（圖 4），根據單抗的氨基酸理論序列分子量進行計算，將觀察到的質譜峰進行歸屬，從圖中我們觀察到，該 ADC 單抗分子之間存在 956 Da 左右的質量增加，由此推斷該單抗分子結合了不同數目的分子量在 956 Da 左右的藥物小分子，并且最多可以檢測到 6 個藥物小分子的結合。同時還觀察到 160 Da 左右的質量增加，這主要是由于連接基團的存在引起的。從而初步推斷該 ADC 單抗藥物主要結合了 6 個 ADC 小分子藥物，該結果與理論值基本一致，同時根據質譜峰的峰強度信息，我們還可以計算得到該藥物的 ADR 值，該數值對于 ADC 藥物的有效性評估至關重要。
圖 4. Q-Exactive 質譜采集的 ADC 單抗原始質譜圖經過 Protein
Deconvolution 2.0 軟件去卷積處理之后的單抗分子量分布圖
（D0–D6 表示不同 ADC 藥物小分子結合的單抗變體，藍色圓圈表示連接基團對應的質譜峰。）
3.2 氨基酸序列、糖基化位點和 ADC 藥物結合位點鑒定
3.2.1 氨基酸序列覆蓋
通過 trypsin 酶解后的肽段，在 Q-Exactive 質譜上采集到的色譜質譜流出圖如圖 5 所示，再經過 SEQUEST 數據庫搜索后，ADC 單抗重鏈的蛋白序列覆蓋度為 90.24 %，如圖 6（A）所示，輕鏈的蛋白序列覆蓋度為 100 %，如圖 6（B）所示，其中未鑒定到的氨基酸序列主要是由于缺乏酶切位點和酶切后肽段較短造成的，為了實現 100% 的氨基酸序列覆蓋，可以通過選擇其它內切蛋白酶來實現。
圖 5. ADC 單抗藥物的 Trypsin 酶解肽段的色譜質譜流出圖
圖6. ADC 抗體藥物經過 trypsin 酶解和 Q-Exactive 質譜實現的氨基酸序列覆蓋度示意圖。（A 為重鏈氨基酸序列覆蓋示意圖，B 為輕鏈氨基酸序列覆蓋示意圖，其中綠色標記的氨基酸序列表示該段序列鑒定的可靠性非常高，達到 99% 以上，紅色標記的氨基酸序列表示該段序列鑒定的可靠性為 95% 以下，無顏色標記的氨基酸序列表示該段序列沒有被鑒定到，氨基酸序列上方的數字代表氨基酸的位置。）