成功的PCR都是相似的,而不成功的PCR卻有各種各樣的原因。于是,人們都希望找到普遍適用的PCR增強劑。首都師范大學、北京市疾病預防控制中心和清華大學的研究人員發現,牛凝血酶(BT)在防止引物二聚體形成和增強PCR產物形成上極為有效。這項成果發表在《BioTechniques》12月刊上。
PCR是許多領域的核心技術之一,比如疾病診斷和法醫鑒定。盡管這種技術被廣泛使用,但有時還是困難重重,特別是在擴增低拷貝、富含GC或復雜的樣品時。隨著新技術的發展,PCR也面臨新的問題。例如,在適體(aptamer)的選擇過程中觀察到PCR偏向,而納米材料的使用雖然能大幅提高PCR的特異性或靈敏度,但也可能抑制PCR。
為了解決這些問題,人們開始采用各種PCR添加劑和增強劑來提高PCR的產量、特異性和一致性。凝血酶是一種眾所周知的絲氨酸蛋白酶,可將可溶性纖維蛋白原轉化為不可溶的纖維蛋白,并催化其他許多與凝血相關的反應。在這項研究中,研究人員發現牛凝血酶作為一種通用的PCR增強劑相當有效。
研究人員通過多個種類的樣品來證明牛凝血酶的PCR增強效果,包括低拷貝的合成單鏈DNA(ssDNA)、合成的ssDNA庫、人類基因組DNA和乙型肝炎病毒基因組DNA。他們發現,在牛凝血酶存在時,引物二聚體條帶全部消失,而PCR產物的產量明顯增加。同時,牛凝血酶也能提高復雜樣品的PCR效率,比如存在高濃度的無關DNA分子時。
此外,牛凝血酶還能夠有效緩解納米材料抑制劑的PCR抑制作用,如金納米粒子(AuNP)和石墨烯氧化物(GO)。在這方面,它比BSA更加有效。為了實現類似的效果,牛凝血酶所需的濃度分別比BSA低178和18倍。
研究人員認為,牛凝血酶是一種通用而高效的PCR增強劑。它能防止引物二聚體的形成,提高產量,并改善各類模板PCR的特異性。同時,它也能緩解納米材料抑制劑所引起的PCR抑制,比BSA更加有效。
至于牛凝血酶增強PCR的原理,研究人員還不是太清楚。種種分析表明,牛凝血酶的作用方式可能與BSA完全不同。不過,他們的樣品量很小,未來還需要進一步研究來闡明真正的作用機制。
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