1、概念不同：GC-MS是氣相色譜和質譜聯用，GC分離，MS檢測；LC-MS是液質聯用，LC是分離，MS是檢測；
2、精密度不同：LC-MS-MS是液相色譜-串聯質譜，比LC-MS更精密一些；
3、物質不同：HPLC又稱“高壓液相色譜”、“高速液相色譜”，是可以分離和檢測溶解在溶液中的微量物質。
LCMS基本原理和特性
1、LCMS的特性：是HPLC和MS的結合，有兩者的功能，又沒有兩者精確。
2、流動相方法：常見0-30，0-60，10-80，30-90四種方法，0，10，30都是指乙腈的含量，乙腈含量越大，流動相極性越小，出峰越靠前。
3、正離子源適用于堿性化合物：含氮化合物更容易粘附氫正離子，在正離子源中容易出分子離子峰。負離子源適合酸性化合物：酸性化合物更容易轟擊掉氫正離子，如酸，酚類化合物。
另外M-56(脫叔丁基）和M-100（脫Boc），M-16（脫NH3)和M-17（脫水）以及M+2/2（比較常見），其他少見。
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