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  • 發布時間:2019-09-12 11:57 原文鏈接: NaCl離心法去除質粒DNA制備物中的小片段核酸實驗

               

    實驗方法原理 常規的質粒 DNA 制備物中都會不同程度地污染有來自宿主菌基因組或質粒斷裂碎片的小分子 DNA 或 RNA。盡管它們的分子質量不大,但數量多,會對制備物中 DNA 片段 3' 和 5' 端的總量產生明顯影響。
    試劑、試劑盒

    乙醇 NaCl 乙酸鈉 TE 胰 RNase

    儀器、耗材

    Beckman SW 50.1 轉子

    實驗步驟

    一、材料

    1. 緩沖液和溶劑

    乙醇,NaCl(1 mol/L,用 TE ( pH 8.0 )配制),乙酸鈉(3 mol/L,pH 5.2 ),TE ( pH 8.0)。

    2. 酶和緩沖液

    無 DNase 的胰 RNase

    3. 核酸和寡核苷酸

    DNA 樣品,CsCl 密度梯度離心純化

    4. 離心機和轉子

    Beckman SW 50.1 轉子或可適用相應離心管的替代轉子, Sorvsll SS-34 轉子或性能相同的替代轉子

    二、方法

    1. 測定質粒制備物體積。加入 0.1 倍體積的 3 moI/L 乙酸鈉(pH 5.2 ) 和 2 倍體積的乙醇,混勻后于 4℃ 放置 30 min。

    2. 于 4℃ 用大于 10000 g ( 轉速大于 9100 r/min 時用 Sorvall SS-34 轉子)離心 15 min, 回收核酸沉淀,盡可能去掉上清液,然后打開管口,在工作臺上放置幾分鐘,使最后殘留的微量乙醇蒸發殆盡。

    3. 用 0.5~1 ml TE ( pH 8.0)溶解潮濕的 DNA 沉淀。

    質粒 DNA 濃度應不少于 100 μg/ml。

    4. 加無 DNase 的 RNase 至終濃度為 10 μg/ml,室溫溫育 1 h。

    5. 準備一個 Beckman SW 50.1 離心管(或相當的離心管)加入 4 ml 含 1 mol/L NaCl 的 TE ( pH 8.0),用帶有一次性吸頭的自動移液器在 1 mol/L NaCl 溶液上部加鋪一層 1 ml 經 RNA 酶處理過的質粒 DNA 樣品。必要時,可酌情用 TE ( pH 8.0 ) 充滿離心管。

    6. 于 20℃ 用大于 150000 g(轉速大于 40000 r/min 時,用 Beckman SW50.1 轉子)離心 6 h, 小心去掉上清液。

    質粒 DNA 沉淀在管底,而寡核苷酸和小片段 DNA 留在上清中。

    7. 用 0.5 ml TE ( pH 8.0)重新溶解質粒 DNA 沉淀,加 50 μl 3 mol/L 乙酸鈉(pH 5.2), 將 DNA 溶液轉移到微量離心管中。

    8. 加 2 倍體積的乙醇,于 4℃ 放置 10 min, 沉淀 DNA。然后于 4℃ 以大于 10000 g 離心 15 min, 盡量去盡上清液,打開管口,放置在工作臺上放置幾分鐘,讓最后殘留的痕量乙醇蒸發殆盡。

    9. 用 TE ( pH 8.0 ) 溶解潮濕的質粒 DNA 沉淀。

                展開


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