Nature背靠背發文，揭露武漢病毒最可能宿主是蝙蝠

　　截止北京時間2月4號08時，全國確診人數已經達到20471例，疑似23214例，死亡425例，治愈632例。美國目前共有11例確診病例，分布在馬塞諸薩州波士頓（一例）、華盛頓州（一例）、伊利諾伊州（兩例）、加州（六例）和亞利桑那州（一例）。

　　就在2月3號，中國科學家在國際頂級學術期刊Nature（自然）上背靠背連發兩篇文章，闡述武漢肺炎的宿主、流行性學和生物學特征。

　　第一篇描述如下：

　　2020年2月3日，中國科學院武漢病毒所石正麗團隊在Nature 在線發表題為“A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat originn”的研究論文，該認為蝙蝠才是最有可能的攜帶2019-nCoV病毒的野生動物，該研究主要基于3個證據：

　　1.該研究用的是臨床病人的第一手臨床樣本做的測序，發現nCoV-2019病毒與SARSr-CoV有79.5％的序列相似性；

　　2.該研究用自己的數據做了進化樹分析發現應該還是蝙蝠來源的：在整個基因組水平上，nCoV-2019與蝙蝠冠狀病毒的同源性為96％；

　　3.該研究從分子水平揭示了nCoV-2019利用的是ACE2分子，與SARS-CoV使用相同的細胞進入受體ACE2。

　　總而言之，這項研究提供了有關nCoV-2019的第一份詳細報告，nCoV-2019是造成中國中部武漢市持續性急性呼吸道綜合癥流行的病因。在此階段，我們對病毒知之甚少，包括基本生物學，動物來源或任何特定治療方法。

　　自18年前的SARS爆發以來，在其自然的宿主蝙蝠中發現了大量與嚴重急性呼吸系統綜合癥相關的冠狀病毒（SARSr-CoV）。先前的研究表明，其中一些蝙蝠SARSr-CoV具有感染人類的潛力。

　　在這里，研究人員報告了一種新型冠狀病毒（nCoV-2019）的鑒定和表征，該冠狀病毒在中國武漢引起了人類急性呼吸道綜合癥的流行。該流行病始于2019年12月12日，到2020年1月20日已導致198例實驗室確認的感染，其中3例死亡。

　　在暴發初期，研究人員從5名患者中獲得了全長基因組序列。它們彼此幾乎相同，并且對SARS-CoV共有79.5％的序列相似性。此外，發現在整個基因組水平上，nCoV-2019與蝙蝠冠狀病毒的同源性為96％。

　　七個保守的非結構蛋白的成對蛋白序列分析表明，該病毒屬于SARSr-CoV物種。然后從重癥患者的支氣管肺泡灌洗液中分離出nCoV-2019病毒，該病毒可被幾名患者的血清中和。重要的是，該研究已經確認，這種新型CoV（nCoV-2019）與SARS-CoV使用相同的細胞進入受體ACE2。

　　總而言之，這項研究提供了有關nCoV-2019的第一份詳細報告，nCoV-2019是造成中國中部武漢市持續性急性呼吸道綜合癥流行的病因。在所有接受測試的151例患者中觀察到150例病毒特異性核苷酸陽性和病毒蛋白血清轉化，提供了該疾病與病毒之間存在關聯的證據。根據該研究結果，應該預期并且值得測試ACE2靶向藥物或SARS-CoV靶向藥物是否可用于nCoV-2019患者。在此階段，我們對病毒知之甚少，包括基本生物學，動物來源或任何特定治療方法。

　　第二篇描述如下：

　　2020年2月3日，復旦大學張永振團隊在Nature 在線發表題為“A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”的研究論文，該研究報告了一名在海鮮市場上工作的患者，該患者于2019年12月26日入住武漢市中心醫院，患有嚴重的呼吸系統綜合癥，包括發燒，頭暈和咳嗽。支氣管肺泡灌洗液樣品的基因組RNA測序，鑒定了一種新型的RNA冠狀病毒，在此稱為為WH-Human-1冠狀病毒（也是后面稱為的2019-CoV）。對完整病毒基因組（29,903個核苷酸）的系統進化分析表明，該病毒與一組SARS樣冠狀病毒最相似（89.1％核苷酸相似性）。2019-nCoV和SARS-CoV RBD結構域之間氨基酸序列的高度相似性和預測的蛋白質結構表明，2019-nCoV可能有效地利用人ACE2作為細胞進入受體，潛在地促進了人與人之間的傳播。

　　2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒最密切相關，甚至在nsp7和E蛋白中與Bat-SL-CoVZC45表現出100％的氨基酸相似性。 因此，這些數據表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主。 但是，由于首次報告該病時市場上有多種動物在出售，因此需要更多的工作來確定2019-nCoV的天然宿主和中間宿主。

　　研究的患者是一名41歲的男性，無肝炎，結核病或糖尿病病史。他病發六天后于2019年12月26日在武漢市中心醫院住院。患者在就診一周后報告發燒，胸悶，無力咳嗽，疼痛和無力。心血管，腹部和神經系統檢查均正常。觀察到輕度的淋巴細胞減少癥，但在全血細胞計數（CBC）測試中，白細胞和血小板計數正常。在血液化學測試中，觀察到C反應蛋白升高，并且天冬氨酸轉氨酶，乳酸脫氫酶和肌酸激酶的水平略有升高。通過動脈血氣（ABG）測試，該患者患有輕度低氧血癥。在入院的第一天（發病后的第6天），胸部X線照片異常，并伴有空域陰影。初步的病原學調查排除了流感病毒，肺炎衣原體和肺炎支原體的存在。盡管進行了抗生素，抗病毒和糖皮質激素的聯合治療，但患者表現出呼吸衰竭，并接受了高流量無創通氣。治療三天后患者的病情沒有改善，他被送進了重癥監護室（ICU）。該患者入院6天后被轉移到武漢的另一家醫院接受進一步治療。

　　武漢市疾病預防控制中心（CDC）的流行病學調查顯示，該患者在當地的室內海鮮市場工作。值得注意的是，除魚類和貝類外，在暴發開始之前，該市場上還出售各種活的野生動物，包括刺猬，蛇和鳥類（斑鳩），以及動物尸體和動物肉。盡管患者可能與市場上的野生動物接觸過，但他回憶說沒有接觸活禽。

　　為了調查與該疾病相關的可能病原，研究人員收集了支氣管肺泡灌洗液（BALF）并進行了深轉錄組測序。臨床標本在上海公共衛生臨床中心的生物安全3級實驗室中處理。從200μlBAL液中提取總RNA，并使用Illumina MiniSeq構建亞轉錄組文庫，用于成對末端（150 bp）測序。該研究總共產生了56,565,928個從頭開始的序列讀取組裝并篩選潛在的病原體。在Megahit組裝的384,096個重疊群中，最長的（30,474個核苷酸[nt]）具有很高的豐度，并且與蝙蝠SARS樣冠狀病毒分離株bat-SL-CoVZC45高度相似。分別通過RT-PCR和5'/ 3'RACE試劑盒（TaKaRa）確定并確認了這種新型病毒的基因組序列及其末端。將該新病毒命名為WH-人類1型冠狀病毒（WHCV）（也稱為“ 2019-nCoV”），其整個基因組序列（29,903 nt）上傳到GenBank，登錄號為MN908947。通過定量PCR（qPCR）估計BALF樣品中的病毒載量為3.95×10^8拷貝/ mL。

　　對完整病毒基因組（29,903個核苷酸）的系統進化分析表明，該病毒與一組SARS樣冠狀病毒最相似（89.1％核苷酸相似性）。2019-nCoV和SARS-CoV RBD結構域之間氨基酸序列的高度相似性和預測的蛋白質結構表明，2019-nCoV可能有效地利用人ACE2作為細胞進入受體，潛在地促進了人與人之間的傳播。

　　盡管在中國的蝙蝠中廣泛發現了SARS樣病毒，但與SARS-CoV相同的病毒尚未記錄。 值得注意的是，2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒最密切相關，甚至在nsp7和E蛋白中與Bat-SL-CoVZC45表現出100％的氨基酸相似性。 因此，這些數據表明蝙蝠可能是2019-nCoV的宿主。 但是，由于首次報告該病時市場上有多種動物在出售，因此需要更多的工作來確定2019-nCoV的天然宿主和中間宿主。

　　參考消息：

　　https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7

　　https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3