TRIzol試劑適用于從細胞和組織中快速分離RNA。TRIzol試劑有多組分分離作用，與其他方法如硫氰酸胍/酚法、酚/SDS法、鹽酸胍法、硫氰酸胍法等相比，最大特點是可同時分離一個樣品的RNA\DNA\蛋白質.TRIzol使樣品勻漿化，細胞裂解，溶解細胞內含物，同時因含有RNase抑制劑可保持RNA的完整性。在加入氯仿離心后，溶液分為水相和有機相，RNA在水相中。取出水相用異丙醇沉淀可回收RNA；用乙醇沉淀中間層可回收DNA；用異丙醇沉淀有機相可回收蛋白質。
RNA的提取
準備試劑：氯仿，異丙醇，75℅乙醇，無RNase的水或0.5℅SDS（溶液均需用DEPC處理過的水配制）。
操作步驟：
1. 勻漿處理：
a.組織將組織在液氮中磨碎，每50～100mg組織加入1ml TRIzol，用勻漿儀進行勻漿處理。樣品體積不應超過TRIzol體積10℅。
b.單層培養細胞 直接在培養板中加入TRIzol裂解細胞，每250px2面積（即87.5px直徑的培養板）加1ml，用移液器吸打幾次。TRIzol的用量應根據培養板面積而定，不取決于細胞數。TRIzol加量不足可能導致提取的RNA有DNA污染。
c.細胞懸液離心收集細胞，每5～10×106動物、植物、酵母細胞或1×107細菌細胞加入1mlTRIzol，反復吸打。加TRIzol之前不要洗滌細胞以免mRNA降解。一些酵母和細菌細胞需用勻漿儀處理。
2.將勻漿樣品在室溫（15～30℃）放置5分鐘，使核酸蛋白復合物完全分離。
3. 每使用1ml TRIzol加入0.2ml氯仿，劇烈振蕩15秒，室溫放置3分鐘。(我們是5分鐘)
4. 2-8℃10000×g離心15分鐘。樣品分為三層：底層為黃色（我們見到的是紅色）有機相，上層為無色水相和一個中間層。RNA主要在水相中，水相體積約為所用TRIzol試劑的60℅。
5. 把水相轉移到新管中，如要分離DNA和蛋白質可保留有機相，進一步操作見后。用異丙醇沉淀水相中的RNA。每使用1mlTRIzol加入0.5ml異丙醇（加入移出液相等體積），室溫放置10分鐘。
6. 2～8℃10000×g離心10分鐘，離心前看不出RNA沉淀，離心后在管側和管底出現膠狀沉淀。移去上清。
8. 用75℅乙醇洗滌RNA沉淀。每使用1ml TRIzol至少加1ml 75℅乙醇。2～8℃不超過7500×g離心5分鐘，棄上清。
9.室溫放置干燥或真空抽干RNA沉淀，大約晾5～10分鐘即可.不要真空離心干燥，過于干燥會導致RNA的溶解性大大降低。加入25～200μl無RNase的水或0.5℅SDS，用槍頭吸打幾次，55～60℃放置10分鐘使RNA溶解。如RNA用于酶切反應，勿使用SDS溶液。RNA也可用100℅的去離子甲酰胺溶解，-70℃保存。
預防RNase污染注意事項：
1.經常更換新手套，皮膚上常帶有的細菌，霉菌可能成為RNase的來源。
2.使用滅過菌的RNA專用塑料制品避免交叉污染。
3.RNA在TRIzol試劑中時不會被RNase污染，但提取后繼續處理過程中應使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150℃烘烤4小時，塑料制品可在0.5M NaOH中浸泡10分鐘，然后用水徹底清洗，高壓滅菌，即可去除RNase。
4.配制溶液應使用無RNase的水（將水加入處理過不含RNase的玻璃瓶中，加入DEPC至終濃度0.01℅v/v，放置過夜，高壓滅菌。注：DEPC有致癌之嫌，需小心操作）。
注意事項：
1.從少量樣品（1～10mg組織或102～104細胞）中提取RNA時可加入少許糖原以促進RNA沉淀。例如加800mlTRIzol勻漿樣品，沉淀RNA前加5～10μgRNase-free糖原。糖原會與RNA一同沉淀出來，糖原濃度不高于4mg/ml是不影響第一鏈的合成，也不影響PCR反應。
2.勻漿后加氯仿之前樣品可以在-60至-70℃保存至少一個月。RNA沉淀可以保存于75% 酒精中2～8℃一星期以上或-5至-20℃一年以上。
3.分層和RNA沉淀時也可使用臺式離心機，2600×g離心30～60分鐘。
預期產量：1mg組織或1×106細胞提取RNA分別為：
肝和脾6～10μg ，腎3～4μg ，骨骼肌和腦組織1～1.5μg ，胎盤1～4μg ，上皮細胞8～15μg ，成纖維細胞5～7μg 。
常見問題分析：
得率低：
A.樣品裂解或勻漿處理不徹底。
B.RNA沉淀未完全溶解。
A260/A280<1.65 ：
A.檢測吸光度時，RNA樣品沒有溶于水，而溶于了TE中。低離子濃度和低pH值條件下A280值偏高。
B.樣品勻漿時加的試劑量太少。
C.勻漿樣品時未在室溫放置5分鐘。
D.吸取水相時混入了有機相。
E.RNA沉淀未完全溶解。
RNA降解：
A.組織取出后沒有馬上處理或冷凍。
B.待提取RNA的樣品沒有保存于-60至-70℃，而保存在了-5至-20℃。
C.細胞在用胰酶處理時過度。
D.溶液或離心管未經RNase去除處理。
E.電泳時使用的甲醛pH值低于了3.5 。
DNA污染：
A. 樣品勻漿時加的試劑量太少。
B.樣品中含有有機溶劑（如乙醇，DMSO等），強緩沖液或堿性溶液。
蛋白聚糖和多糖污染：
沉淀RNA的過程中作以下改進可去除這些污染，步驟7中，每使用1ml TRIzol在水相中加0.25ml異丙醇和0.25ml高鹽溶液（0.8M檸檬酸鈉和1.2MNaCl）混合離心，按之前操作進行。這種方法可使蛋白聚糖和多糖留在溶液中，高效沉淀出純RNA。從含有大量多糖的植物中提取RNA時應在勻漿后離心，并加上以上操作步驟。