TheScientist：最熱門基因組研究

　　The Scientist雜志是由科學信息研究所(ISI，現為湯姆森路透科技集團)的創始人Eugene Garfield于1986年創辦的一份雙周刊報紙，后又轉變為一本每月出版的雜志，同時伴有每日更新的在線新聞。主要刊登生命科學相關信息，并幫助科學家分析研究的，以協助決策影響他們的工作生活。鑒于近年來基因組研究越來越受到關注，因此The Scientist雜志推出了“Genome Digest”，與大家分享熱門的基因組研究成果。

　　1.這項研究采用中國紅陽品種獼猴桃，利用高通量測序手段完成了世界首個獼猴桃全基因組測序組裝工作。

　　研究使用Illumina Hiseq2000測序方法，140X覆蓋度，利用包含4,301個SLAF標記的高密度遺傳圖譜輔助scaffold序列組裝到29個染色體上，最終結果獲得基因組大小為616.1Mb，包含39,040個基因，高雜合率(1.05%)，scaffold N50為647K。

　　S. Huang et al., “Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis,” Nature Communications, doi:10.1038/ncomms3640, 2013.

　　2.這項研究完成了一類細菌：Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff)的完整基因組測序，這將有助于了解這種細菌的致病機理和演化歷史。

　　A. Darrasse et al., “Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscansstrain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads,” BMC Genomics, doi:10.1186/1471-2164-14-761, 2013.

　　3.這同樣是一項由中國學者完成的研究——由南京師范大學與深圳華大基因研究院合作，成功完成了白鱀豚的全基因組序列測定與分析工作。這是第一次通過新一代測序方法獲得較高測序深度的鯨類全基因組序列圖譜。通過對白鱀豚基因組的初步分析，揭示了鯨類的次生性水生適應機制，并重建了該物種的種群歷史。

　　南京師范大學生命科學學院的楊光教授和深圳華大基因研究院的王俊博士為這篇文章的共同通訊作者，南京師范大學/中國科學院動物研究所、深圳華大基因研究院的周旭明、孫鳳明和徐士霞是該論文的共同第一作者。參加單位還包括南京醫科大學、丹麥哥本哈根大學、沙特阿卜杜勒阿齊茲國王大學等國內外高校和科研機構。

　　研究人員采用新一代測序Illumina平臺獲得了高深度的白鱀豚基因組。通過比較基因組學分析發現白鱀豚具有較慢的分子鐘(molecular clock)，基因組在氧化還原、鐵離子結合等基因發生了基因家族擴張，而嗅覺基因家族則出現收縮，同時一些色素相關基因則發生了假基因化。進一步研究則揭示了白鱀豚基因組在視覺、味覺、大腦發育以及回聲定位等功能基因方面都出現了選擇性適應進化。通過重測了另外3個白鱀豚個體的基因組序列，發現白鱀豚基因組的遺傳雜合度明顯低于迄今已報道的其它哺乳動物基因組。種群歷史分析顯示，該物種在末次盛冰期的末期曾經歷過一次較為嚴重的種群瓶頸效應，而古氣候及海平面變化與此次種群波動密切相關。

　　X. Zhou et al., “Baiji genomes reveal low genetic variability and new insights into secondary aquatic adaptations,” Nature Communications, doi:10.1038/ncomms3708, 2013.

　　4.來自意大利和美國的研究人員完成了Polynucleobacter necessarius完整基因組測序。

　　V. Boscaro et al., “Polynucleobacter necessarius, a model for genome reduction in both free-living and symbiotic bacteria,” PNAS, doi:10.1073/pnas.1316687110, 2013.

　　5.這項研究完成了Ictalurus punctatus全基因組與其它四種模式動物的比對，這四種模式動物包括斑馬魚、清鳉(medaka)、Tetraodon和stickleback。

　　Y. Jiang et al., “Whole genome comparative analysis of channel catfish (Ictalurus punctatus) with four model fish species,” BMC Genomics, doi:10.1186/1471-2164-14-780, 2013.