當懷疑有消化性潰瘍時，應盡早通過X線、內鏡檢查確診，以免治療不當。
治療胃潰瘍時，必須排除惡性腫瘤。
當確診或懷疑為胃潰瘍，或有以下一種或幾種警示癥狀發生時，必須排除惡性腫瘤。因用本品治療可掩蓋其癥狀，從而延誤診斷 ：顯著的無意識的體重減輕，反復嘔吐，呼吸困難，吐血或黑便。本品對胃腸道的運動異常無效。
對經內鏡確診為食管炎而長期服用奧美拉唑的患者，每天10毫克治療較每天20毫克治療的緩解率低，因此每天服用10毫克者應定期進行內鏡監測。
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