NatureMethods公布最大人類蛋白互作網絡
一個國際研究小組公布了迄今為止最大的蛋白互作數據庫資源，這將有助于解析眾多疾病相關的基因如何促發疾病發生和進程的。這項研究由麻省總醫院MGH和Broad研究院領銜完成，相關數據庫： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在線公布在11月28日Nature Methods雜志上。“現代遺傳學技術能幫助我們對癌癥或者精神疾病患者的基因組進行常規測序，但是科學家們依然不是很了解受到疾病相關遺傳突變影響的細胞系統，”文章作者之一，Broad研究院項目負責人之一Kasper Lage博士說，如果有更完整的人體蛋白物理相互作用圖譜，將能幫助我們探索細胞進程，更高分辨分析疾病的影響。雖然繪制大規模蛋白互作網絡的重要性已經是共識了，但是大部分近期的實驗針對的都是少于30,000個直接相互作用，從最保守的估計來說，這只代表了四分之一的相互作用總數。Lage研究組與丹麥，英國的科學家們合作，研發了一個計算機框架，能從超過43,000篇......閱讀全文
基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數據庫建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，華中農業大學作物遺傳改良全國重點實驗室、湖北洪山實驗室教授張建偉課題組聯合國內外高校與科研機構在《自然—通訊》與《分子植物》連續發表兩篇研究論文。這兩項工作以代表亞洲稻群體結構的
科學家發表非編碼RNA相互作用數據庫NPInter－v4.0
非編碼RNA對生物分子的調控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非編碼RNA被發現可以和蛋白質、RNA以及基因組相互作用，調控復雜生物過程。比如經典的長非編碼RNA Xist可以和X染色體相互作用并影響劑量補償效應。理解非編碼RNA和生物分子的相互作用對于研究非編碼RNA的功能以及
高清3D基因組相互作用圖生成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500236.shtm
我國建成全球第四個綜合基因組權威數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心團隊題為“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因組研究所生命與健康大數據中心：從存儲到整合、再到轉化）的研究論文被國際學術期刊《核酸研究》
全球共享的基因組數據庫辦不下去了，怎么辦？
1資金困境 作為世界上最具權威性的人類疾病相關的基因目錄第五十個生日時，它面臨著令人不安的變化。在接下來的幾年里，美國國家人類基因組研究所（NHGRI）預計退出作為基因組數據庫的始祖——稱為在線人類孟德爾遺傳（OMIM）唯一的資助者。誰將繼承標簽尚未明確。當美國國家衛生研究院（NIH）評估其數
生科院發布首個全球人群基因組多樣性和祖源信息數據庫
11月3日，中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）計算生物學研究所徐書華課題組的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popula
最廣泛的人類基因組相互作用圖譜
最近，英國劍橋Babraham研究所和倫敦Francis Crick研究所的研究人員，開發并使用了一種新的技術，將基因組拼圖中的點連接起來。就像連接點拼圖，需要完成才能看到整幅圖片，研究者的這項分析把稱為啟動子和增強子的調控因子連接起來，并指出了它們在小鼠和人類基因組中長距離內的物理相互作用。確
研究構建綿羊和山羊腸道高質量微生物基因組數據庫
近日，西北農林科技大學羊遺傳改良與生物育種團隊攜手國內外多家科研機構，在綿羊和山羊腸道微生物基因組數據庫構建及腸道粘蛋白和多糖代謝功能菌種挖掘方面取得進展，研究成果發表在Microbiome上。研究團隊在全國范圍內的32個羊場收集了來自21個綿羊和山羊品種共計320個腸道樣本，分別構建了包含1.6億
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表的文章數量，
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表
蛋白質“社交平臺”建成上線
美國科學促進會(AAAS)科技新聞共享平臺EurekAlert! 29日報道稱，目前最大的蛋白質—蛋白質相互作用網絡數據庫建成上線，該數據庫集合了超過62.55萬組蛋白質間相互作用，這種規模的數據資源可以闡明多種基因對疾病發展的影響。 映射大規模蛋白質—蛋白質相互作用網絡的重要性被廣泛認可，
蛋白質“社交平臺”建成上線
美國科學促進會（AAAS）科技新聞共享平臺EurekAlert！ 29日報道稱，目前最大的蛋白質—蛋白質相互作用網絡數據庫建成上線，該數據庫集合了超過62.55萬組蛋白質間相互作用，這種規模的數據資源可以闡明多種基因對疾病發展的影響。 映射大規模蛋白質—蛋白質相互作用網絡的重要性被廣泛認可，但
CRISPR序列幫助理解噬菌體宿主相互作用的演變歷史
近日，一項刊登在國際雜志The ISME Journal上的研究報告中，來自美國能源部聯合基因組研究所的研究人員利用來自北加州鐵山公司的宏基因組數據庫和專門的工具，在CRISPRs的幫助下成功地在生態系統研究中將宿主和噬菌體進行了連接。未經培養的微生物和其噬菌體之間的相互作用可以影響局部生態系統
定義癌癥突變：破壞基因組3D相互作用的突變
在細胞中，DNA緊密地包裹在蛋白質周圍，并以一種復雜的3D結構包裝，我們稱它們為“染色質”。染色質不僅可以保護我們的遺傳物質不受損傷，而且通過調節基因組在3D空間的表達來組織整個基因組：展開呈現給細胞基因表達機器，然后再將它們卷回去。 在3D染色質結構中，一些區域被稱為“拓撲關聯域（TADs）
基于八大基因組學數據庫－構建迄今最完整的癌癥eRNA圖譜
增強子RNA（eRNA）是一種從增強子轉錄的非編碼RNA。目前，科學家已經在人類細胞中鑒定出數以萬計的eRNA，其中許多都在RNA轉錄過程中發揮重要作用，以介導靶基因的激活。在人類癌癥中，癌基因或致癌信號通路的激活通常引起增強子的激活和eRNA的產生。例如，ESR1的激活可以整體上增加乳腺癌中e
核酸數據庫的概念
中文名稱核酸數據庫英文名稱nucleic acid data bank定 義DNA、RNA序列的資料庫，主要包括已知序列名稱、DNA或RNA全序列及其特性，如啟動區、起始和終止密碼的位置、編碼區、限制酶切位點以及推導的翻譯產物蛋白質序列等。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），方法與技術（二級
GenBank數據庫概述（三）
結構： 1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數據庫（MMDB）和用來搜索和顯示結構的相關工具。 2、 MMDB：分子模型數據庫 — 一個關于三維生物分子結構的數據庫，結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brook
GenBank數據庫概述（四）
NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹：1、 小鼠基因組 1) 小鼠基因組資源向導 ：把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來瀏覽）由
GenBank數據庫概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。 2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載
GenBank數據庫概述（一）
1. GenBank屬于一個序列數據庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數據庫，一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學實驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖
北京基因組所轉錄因子TALE和DNA相互作用研究獲進展
近日，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室雷紅星研究組，在其開展的轉錄因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得階段性進展，該研究對TALE蛋白的構象可塑性以及特異性識別DNA的機制進行了深入的計
一步一步教你使用NCBI數據庫資源2
6 基因組信息6.1 數據庫6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome數據庫收錄了850多種微生物、3100多種病毒以及1600多種真核生物細胞器的完整基因組數據以及將近50種動物、綠色植物和真菌的700多條染色體信息，總共收錄有6200多條序列，其中有882條是去年新增的序列
關于基因組的科研成果介紹
2023年，在繪制基因和細胞圖譜方面，美國科學家發布人類泛基因組首個草圖，為人類基因組提供了更為完整的圖像。俄勒岡健康與科學大學研究人員創建了有史以來最大的健康人體組織合子（兩個配子遺傳物質融合在一起）后基因組突變圖譜，此項進展可為診斷和治療遺傳病開辟新途徑。在基因測序方面，英國宣布將對10萬名
QP2010農藥數據庫
Shimadzu氣質聯用的多種農藥庫 QP2010農藥數據庫
美國更新食品摻假數據庫
9月5日食品安全新聞網消息，美國藥典委員會（USP）更新了食品摻假數據庫（FFD2.0）。食品摻假數據庫主要為行業、監管部門以及消費者預防和應對食品摻假事件發生提供技術支持。最新的FFD2.0涵蓋了科研文獻、媒體信息、食品監管記錄、司法裁決記錄中涉及食品摻假事件的各種信息。新版食品摻假數據庫將于
漢語語言產生數據庫發表
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517976.shtm
生命科學常用數據庫
The NationalCenter for Biotechnology Information.?http://www.ncbi.nlm.nih.gov/National Center for GenomeResources.http://www.ncgr.org/ncgr/ncgr.html?T
全球危險病毒數據庫上線
一個供研究人員共享危險病毒基因組的新數據庫，有望解決許多阻礙現有方法的問題。但前提是，必須說服研究人員使用它。據《自然》報道，這一名為Pathoplexus的數據庫于上個月啟動，數據庫背后的科學家團隊希望有更多研究人員分享已知和新出現的對公共衛生具有重要意義的基因序列。澳大利亞悉尼大學病毒學家Edw
拉曼光譜免費數據庫
拉曼數據庫在物質鑒定和化學分析方面具有重要的作用。關于拉曼數據，我們一般會關注兩個峰的位置，分別是D峰和G峰。D峰和G-峰均是C原子晶體的 Raman特征峰，分別在1350cm-1和 1580 cm-1附近，D峰反應的是晶格的碳缺陷，G峰反應的是材料的碳化程度。I(D) / I(G) 是 D峰和G峰
NatureMethods公布最大人類蛋白互作網絡
一個國際研究小組公布了迄今為止最大的蛋白互作數據庫資源，這將有助于解析眾多疾病相關的基因如何促發疾病發生和進程的。這項研究由麻省總醫院MGH和Broad研究院領銜完成，相關數據庫： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在線公布在11月28日Nature Methods雜志上。“現代遺