采用生物信息學和實驗方法聯合分析轉錄組信息
The wealth of transcript information that has been made publicly available in recent years requires the development of high-throughput functional genomics and proteomics approaches for its analysis. Such approaches need suitable data integration procedures and a high level of automation in order to gain maximum benefit from the results generated. We have designed an automatic pipeline to analyse annotated open readin......閱讀全文
采用生物信息學和實驗方法聯合分析轉錄組信息
The wealth of transcript information that has been made publicly available in recent years requires the development of high-throughput functional gen
《Nature Biotechnology》：新型生物信息學工具使轉錄組形象化
目前，日本RIKEN生命科學技術中心開發出一種免費可用的新型生物信息工具——ZENBU，可讓研究人員快速輕松地對大規模下一代測序實驗中產生的大量基因組信息，進行整合、形象化和比較分析。 下一代測序(Next-generation sequencing)技術已經徹底改變了功能基因組學，例
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
生物信息學技術：基因芯片實驗原理與方法
本實驗的目的是學會cDNA芯片的使用方法。了解各種基因芯片的基本原理和優缺點。基因芯片這一技術方法在1991年的Science雜志上被提出，其高通量、并行檢測的特點適應了分析人類基因組計劃所提供的海量的基因序列信息的需要，可以說，人類基因組計劃是基因芯片技術發展的原因，而對深人研究基因突變和基因表達
生物信息學數據庫和軟件的搜索實驗
實驗方法原理熟練掌握上網搜索生物信息學數據庫和軟件的方法及技能。實驗材料電腦實驗步驟一、搜索生物信息學數據庫或者軟件數據庫是生物信息學的主要內容，各種數據庫幾乎覆蓋了生命科學的各個領域。核酸序列數據庫有GenBank，?EMBL，?DDB等，蛋白質序列數據庫有SWISS-PROT，?PIR，OWL，
組學期刊三巨頭：《基因組、蛋白質組與生物信息學報》
近年來GPB的中國風封面 馮麗妃攝 從編委到現任執行副主編，美國費城兒童醫院和賓夕法尼亞大學教授邢毅與《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，以下簡稱GPB）期刊結緣已近10年。前些年，該刊編輯部不時找他約稿子，以解“缺米之炊”
生物信息學技術分離蛋白質組的介紹
生物信息學在生命科學研究中起著越來越重要的作用。利用生物信息學對蛋白質組的各種數據進行處理和分析，也是蛋白質組研究的重要內容。生物信息學是蛋白質組學研究中不可缺少的一部分。生物信息學的發展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質組數據的分析，而且可以對已知的或新的基因產物進行全面分析。在蛋白質組數據庫中
Cystatin基因家族的生物信息學分析
實驗概要半胱氨酸蛋白酶抑制劑(cystatin)基因廣泛存在于植物物種中。該類基因能夠起到抑制某些病原微生物和昆蟲體內半耽氨酸蛋白酶的作用，在植物的防衛體系中起到重要作用。我們利用已經分離出植物cystatin基因的cystatin結構域為檢索序列在基因組水平上對擬南芥和水稻中的cystatin基因
生物信息學教程
Sequence - Evolution - Function Computational Approaches in Comparative Genomics by Eugene V. Koonin National Center for Biotech
單細胞測序新技術：同時分析轉錄組和甲基化組
單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。這是因為細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組。加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授領導團隊解決了這個問題。他們在Genome Biology雜志上發