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    SSH抑制性消減雜交文庫構建方法介紹

    SSH是一項可以快速獲取兩個不同生物材料中差異表達基因的分子生物學技術,是快速篩選差異表達基因的有效方法,也是尋找新基因的重要手段。該技術尤其適合以genome尚不完全清晰的物種或者以特殊材料為研究對象的科研工作者。是基因芯片技術的有效補充。基本流程:通過差減文庫構建,文庫驗證和篩選(逆向斑點雜交),獲得陽性克隆,對陽性克隆測序及生物信息分析,可判定差異基因的情況。另外結合RACE技術可進一步克隆所獲得的差異基因的cDNA全長序列,并可用Northern blot 或Real-Time PCR加以驗證。抑制性消減雜交文庫技術 是一種革命性的差異表達基因篩選技術。該方法結合了抑制性PCR和消減雜交技術,即御用PCR反應鏈內退火有限于鏈間退火的特點和分子雜交二級動力學原理,經過體系不斷優化建立起來的快捷、有效的差異基因篩選方法。與傳統的DD—PCR、SAGE及cDNA—RNA等技術相比,具有低豐度mRNA富集效率高、假陽性低、靈敏度......閱讀全文

    梅特勒-托利多稱重傳感器

    梅特勒托利多稱重傳感器TSC/TSB拉式稱重傳感器產品型號產品描述TSC-50鋼質拉式傳感器,容量50KG,5M電纜TSC-100鋼質拉式傳感器,容量100KG,5M電纜TSC-200鋼質拉式傳感器,容量200KG,5M電纜TSC-300鋼質拉式傳感器,容量300KG,5M電纜TSC-500鋼質拉式

    抑制性扣除雜交(SSH)-DNA實驗基礎

    如果兩處理間存在較大差異,以及某些基因在Tester中存在上調表達(up-regulated expression)時,用RAD方法則達不到預期目的。于是,Diatchenko. L等于1996年提出了一種可以有效克服基因上調表達所造成不利后果的克隆基因的新方法——抑制性扣除雜交(SSH)。

    在30分鐘內創建你的深度學習服務器(二)

    設置Jupyter Notebook但是,我們仍然需要使用一些東西才能充分使用計算機,其中之一就是Jupyter Notebook。要在計算機上設置Jupyter Notebook,我建議使用TMUX和隧道。讓我們逐步設置Jupyter Notebook。1.使用TMUX運行Jupy

    基因表達輪廓(gene expressed profile)技術-2

    經過這輪RDA過程,Tester中的目的DNA將得到第一次富集。將第一輪產物更換新接頭,進行第二輪RDA過程,目的DNA可得到進一步的富集。該技術假陽性很低。但仍不能解決個體mRNA在豐度上存在巨大差異的問題,當靶序列濃度較低時,其富集受抑制。3:抑制消減雜交(suppression subtrac

    在30分鐘內創建你的深度學習服務器(一)

    每當我開始一個新的項目時,我發現自己一次又一次地創建一個深度學習機器。從安裝Anaconda開始,然后為Pytorch和Tensorflow創建不同的環境,這樣它們就不會相互干擾,而在這中間,你不可避免地會搞砸,然后得從頭開始。這種情況經常發生。這不僅是對時間的巨大浪費,也是令人惱火的。通過

    基因組印記

    這是根據我寫的一個PPT摘錄的,希望能有朋友討論這方面的問題。并拓寬這個領域,討論epigenetics更廣泛的問題。畢竟epigenetics是現在動物功能基因組研究的主流和一個重要方向。1. 印跡基因的概念及重要意義概念:基因組印跡是特指來源于親本的等位基因進行不對稱后成修飾后而導致的單等位基因

    生物實驗室必備的10款APP!

      如今,智能手機和平板電腦正在改變我們的生活,也在改變我們的實驗室。打開手機,我們隨時隨地可以查找文獻,閱讀說明書。通過手機,我們也能遠程監控儀器的運行狀態。甚至在搭地鐵的時候,我們也能訂購試劑。  的確,現在有許許多多的科學應用程序(app),適用于iOS和Android設備,覆蓋實驗的方方面面

    誤執行 rm -rf 之后,除了跑路還能怎么辦?(二)

    有戲,看到了成功的曙光。但是新的問題就來了,我下載過來的命令文件,是沒有執行權限的。而 chmod 命令是在 /bin 目錄的,它同樣也被刪除了,無法使用它來給予文件權限。還在,在網上搜到了一個偉大命令 perl,可以通過它來給予文件權限:perl -e "chmod 777, '

    南海海洋所診斷出熱帶不穩定波的赤道高頻流場

      近日,中國科學院南海海洋研究所熱帶海洋環境國家重點實驗室研究員杜巖團隊提出一個可以準確計算熱帶不穩定波(TIWs)赤道高頻實時流場的非定常診斷模型,相關研究成果由博士研究生王閔楊等發表在Journal of Physical Oceanography上。   TIWs是赤道太平洋較強的

    武漢植物園在黑麥草耐鹽機理研究方面取得新進展

      多年生黑麥草是一種廣泛應用于溫帶地區的草坪草兼牧草,不同來源的黑麥草種質資源對鹽分的耐受性差異較大。   中科院武漢植物園草坪種質資源學科組以篩選獲得的耐鹽黑麥草為研究對象,分別從生理、生化和分子角度深入探討了黑麥草耐鹽性的生理和分子基礎。研究結果發現,鹽脅迫能降低草坪質量、相對

    細胞電融合

    細胞電融合的優勢在于(1)融合率高(2)無毒性(3)操作簡便(4)融合后的細胞繼續培養成活率高等。動物的游離細胞以及植物成微生物去壁后的原生質體,在電刺激下進行細胞融合,是細胞工程手段的又一進展。實驗方法原理將制備的游離細胞或原生質體,置于電融合室中,在高頻交流電場的作用下,細胞被極化,成為偶極子,

    蘇州醫工所云計算技術研究獲進展

      近年來,云計算(Cloud Computing)已成為高性能計算的新潮流。云計算是基于互聯網的計算方式,通過這種方式,用戶可以按需來申請由供應商提供的各種軟硬件資源,進行大規模計算。云計算具有超大規模、虛擬化、高可靠性、按需服務、極其廉價等諸多優點,這使它成為科學計算的重要工具。   在醫學影

    鏡像方向選擇實驗

    SSH 的主要缺點是,在消減文庫中存在代表非差異表達 DNA 種類的背景克隆。在某些情況下,背景克隆的數量可能大大超過目的克隆。為了克服這個問題,推薦鏡像方向選擇(MOS)。本實驗來源于 PCR 實驗指南(第二版),作者:種康,瞿禮嘉。試劑、試劑盒EDTA礦物油TN 緩沖液PCR 緩沖液聚合酶混合液

    全長cDNA文庫的構建—SMART技術

            真核細胞的mRNA在加工過程中有一個比喻為“穿鞋戴帽”的過程,因此mRNA的3'末端都帶有一段Poly A,這是利用逆轉錄酶制備cDNA文庫的基礎。但是由于cDNA的5'端的序列各不相同,如何獲得全長的cDNA,如何擴增由微量的

    江蘇大學生科院發表傳染病毒新綜述

      家蠶核型多角體病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus, BmNPV)病是世界養蠶業一種重大的傳染疾病, 該病引起的蠶繭損失占蠶病引起損失總數的60%以上, 長期以來對這種病毒病的防治還沒有很好的解決方法。 各國研究人員在尋找抗性基因、闡述抗性機制以及通過傳統育種或

    RACE-PCR克隆基因的幾點建議

    摘 要:  RACE是一種快速克隆cDNA末端的方法,目前, 該方法被廣泛應用于未知堿基序列基因的克隆,尤其是SMART RACE技術更為人們所青睞。本文總結了我們實驗室用SMART RACE技術克隆基因的一些心得體會,希望對用RACE方法克隆基因的同行有些幫助。關鍵詞: RACE; RN

    細胞電融合

                實驗方法原理 將制備的游離細胞或原生質體,置于電融合室中,在高頻交流電場的作用下,細胞被極化,成為偶極子,造成細胞之間相互連接,如果施加的高頻交流電壓(即正弦波的p-p值)過高或作用

    生物信息學應用:序列分析,電子克隆等初探

    生物信息學可指利用信息技術管理和分析生物學數據。這就意味著生物信息學所涉及的范圍相當廣泛,從人工智能、機器人一直到基因組(genome)分析。就基因組分析這一角度來看,生物信息學主要是指核酸和蛋白質序列數據的計算機處理和分析。近年來,蛋白質結構數據的快速增長,使蛋白質三維結構的處理分析也歸入到生物信

    mRNA差別顯示技術[DDRT-PCR]

    隨著PCR技術的發展,人們在此基礎上建立起了一系列基于基因分離的新技術新方法。如mRNA差別顯示技術(DDRT-PCR)、以及進一步改進的代表性差示分析(RAD),抑制性扣除雜交(SSH)和交互扣除RNA差別顯示技術(RSDD)。差別顯示PCR是根據絕大多數真核細胞mRNA3’端具有的多聚腺苷酸尾(

    X射線衍射儀遠程網絡實驗室開發

    X射線衍射分析是進行化學、材料、物理、地質、電子、環境等多學科研究的必備基本分析手段,但儀器價格昂貴,對教學來說仍然是一種稀缺資源。故X射線衍射分析有必要通過網絡化教學對學生和研究人員進行知識普及,提高實驗水平。從20世紀90年代初到目前為止,已經建立了十余個科學儀器網絡實驗系統,它們在提升儀器利用

    第二代差異顯示系統與傳統mRNA差異顯示技術

    真核生物中,從個體的生長、發育、衰老、死亡,到組織的分化、凋亡以及細胞對各種生物、理化因子的應答,本質上都涉及基因的選擇性表達。高等生物大約有30 000個不同的基因,但在生物體內任意細胞中只有10%的基因得以表達,而這些基因的表達是按事件和空間順序有序地進行著,這種表達的方式即為基因的差異

    基因分離克隆的方法

    1 基因芯片技術分離目的基因生物芯片是高密度固定在固相支持介質上的生物信息分子的微列陣。列陣中每個分子的序列及位置都是已知的,并按預先設定好的順序點陣。基因芯片是生物芯片的一種,其上固定的是核算類物質,主要用于DNA、RNA分析。分為DNA芯片和微點陣兩種。分離目的基因是是指從基因組中發現或找出某個

    基因表達輪廓(gene expressed profile)技術-1

    基因表達譜或基因表達輪廓(gene expressed profile)技術就是利用mRNA提取、cDNA合成、酶切、連接、PCR及分子雜交等分子生物學基礎操作技術,將某一生物材料在某一特定階段表達的基因全部展示出來,通過測序及與數據庫比較或通過目標和對照樣品中所表達基因的比較,可以找出特異表達

    基因表達輪廓(gene expressed profile)技術-3

    電子雜交即虛擬的RNA雜交(Virtual northern blots)。用已知的EST序列為起始序列,采用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)檢索程序檢索數據庫中與其同源或有部分重疊的EST序列,以分別確定EST是屬于已知基因還是已

    誤執行 rm -rf 之后,除了跑路還能怎么辦?(三)

    #!/bin/bashset -urm -fr $aecho hello運行結果如下:$ bash test.shtest.sh: line 4: a: unbound variable可以看到,因為 a 是未定義變量,腳本報錯了,并且不再執行后面的語句。3、safe-rm 替換 rmsafe-rm

    Linux安全知多少?PAM這樣實施安全策略(三)

    對于SSH服務,關閉增量狀態信息提示:圖23調用duo_check_groups檢查認證用戶是否是否在DUO認證的配置組中:圖24檢查獲取用戶/etc/passwd的GECOS信息并進行轉換:圖25調用duo_local_ip解析本機ip地址:圖26這邊開始進行DUO認證過程。使用pam_duo.c

    Linux安全知多少?PAM這樣實施安全策略(二)

    四、PAM實現雙因子認證買了臺ECS/VPS,設置密碼太復雜了不方便記住也不方便輸入,用證書登錄得y用證書也不方便。何不設置個弱口令外加個動態驗證碼?雙因子可以使用Google動態令牌,也可以使用Duo Unix,Duo Unix支持App動態口令、短信口令以及電話。首先需要到DUO官網注冊賬號,新

    RNA分析的幾個熱點領域及主要技術路線

    DNA,RNA和蛋白質是三種重要的生物大分子,是生命現象的分子基礎。基因組DNA中的基因通過轉錄為mRNA并進一步翻譯為蛋白質,很多種類的蛋白質在最終發揮功能時又經歷磷酸化、糖基化、酶原激活等翻譯后修飾。DNA的遺傳信息決定生命的主要性狀,而mRNA在信息傳遞中起很重要的作用。其它兩大類RNA,rR

    誤執行 rm -rf 之后,除了跑路還能怎么辦?(一)

    前言最近寫個簡單的 Bash 腳本都不上心了,寫完連檢查都不檢查,直接拖到到實體服務器跑。結果一跑起來,發現不對勁,怎么一個簡單腳本跑了 10  秒還沒結束,于是立馬直接 ctrl + c 一頓操作停掉了運行中的腳本。接著,習慣性的輸入了 ls,結果 what?找不到 ls 命令?瞬間背后

    探索嵌入式應用框架(EAF)(一)

    EAF是Embedded Application Framework 的縮寫,即嵌入式應用框架。嵌入式應用框架是 Application framework的一種, 是在嵌入式領域的應用框架。Application Framework——應用框架,是一種軟件框架,軟件開發人員用應用框架作為標

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