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真核生物細胞器基因組包括線粒體和質體（包括葉綠體、白色體等）的全部DNA分子，是細胞質遺傳的主要載體。在動植物和真菌的單個細胞內，有多個（甚至成千上萬個）細胞器基因組單元的拷貝，使得利用低覆蓋度的全基因組測序數據組裝得到完整的細胞器基因組成為可能。隨著DNA高通量測序技術的發展，測序成本下降，低覆蓋度的全基因組測序數據得以大規模產生，如何快速、準確地組裝細胞器基因組對后續生物學問題的研究非常重要。細胞器基因組序列在研究真核生物系統發育、譜系地理、雜交和物種鑒定等方面具有重要價值。自1986年Shinozaki等破解煙草葉綠體基因組以及近年來二代測序技術的發展，質體系統發育基因組已成為解析植物系統發育關系的手段之一。 中國科學院昆明植物研究所植物多樣性與基因組學團隊李德銖研究組和伊廷雙研究組，關注基于植物質體基因組的系統發育、基因組結構演化和DNA條形碼研究，發展基于質體基因組數據分析的研究體系，并取得重要進展（Ma et ......閱讀全文
萊茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）是一種非常有價值的真核模式生物，被廣泛用于與光合作用、呼吸作用、脂類合成、細胞運動（生物鞭毛）、非生物脅迫等生物學過程相關的功能研究（圖1）【1】。長期以來，通過同源重組將外源基因插入是敲除萊茵衣藻基因的主要方式，與外源基因的隨機插入