gDNA 的數量和完整性
SureSelectQXT WGS 方案需要高質量的 DNA 樣品，以獲得最佳性能和 gDNA 起始材料的精確定量結果。按照該方案使用配有 dsDNA BR 分析試劑盒的 Qubit 儀器進行系列定量分析。將相同的樣品在 4200 TapeStation
系統和 NanoDrop 中均進行6次重復基因組 DNA ScreenTape 分析。圖2顯示了獲自 4200 TapeStation
系統、Qubit 和 NanoDrop 的數據，說明了基因組 DNA ScreenTape 分析法適用于對 gDNA
起始材料進行定量分析。采用UV 光譜法測定 gDNA 所得的量常會過高，這是由于其他緩沖液成分在 UV 光譜中也可能有吸收[4]。
此外，基因組 DNA ScreenTape 分析法可在同一 QC 步驟中客觀評價樣品完整性。樣品完整性由 TapeStation 分析軟件的 DNA 完整值 (DIN) 計算功能自動測定（圖 3）。
與其他系統不同的是，基因組 DNA ScreenTape 分析方法及 4200 TapeStation 系統只需 1 μL 樣品即可在一步分析中同時對質量和數量進行評價。
Agilent SureSelectQXT 全基因組文庫的片段分子量測定
除了 gDNA 起始材料的初始質量控制外，SureSelectQXT 方案還建議對擴增文庫進行質量控制，從而確保在測序前顯示整個片段的分子量范圍。片段平均分子量顯著小于 600 bp 可能表明碎裂反應中的 gDNA 過少，或者可能與測序數據的重復分析次數增加有關。相反，文庫中片段平均分子量過大（超過 1000 bp）可能表明碎裂反應中的 gDNA 過多，并且可能需要更高的 DNA 濃度以在測序反應中獲得最佳的群集密度。
為了證明這一點，制備起始量為 20、50 和 80 ng 的文庫，用 50 ng gDNA 樣品生成的文庫作為標準文庫。圖 4顯示了與 2100 生物分析儀系統相比，4200 TapeStation 系統在評估分子量測定方面的性能，通過用上述起始量對文庫進行三次重復區域分析來評估。圖中的數據展現了兩個系統所得的文庫分子量有很好的相關性。