雖然關于Wegner肉芽腫的病因學和免疫學已有大量的研究資料，但許多詳細環節還不清楚。長期以來人們懷疑感染因素是引起Wegner肉芽腫的病因。在尋找病因時人們使用了多種有效的新技術，但前景并不樂觀， 有人推測WEGNER肉芽腫的病因可能與病毒感染有關。然而分子生物學和血清學方面并未發現有病毒感染的證據。有證據表明普通的感染也可使Wegner肉芽腫復發，但這一效應屬非特異性，與疾病的原發病因無關。 自從發現抗中性粒細胞胞漿自身抗體(antineutrophil cytoplasmic antibodies，ANCA)與Wegner肉芽腫之間有相關性后，人們對Wegner肉芽腫發病機制的研究興趣明顯增加。雖然沒有直接證據表明ANCA可引起Wegner肉芽腫，但間接的證據越來越多。缺乏切實可行的Wegner肉芽腫動物模型已成為研究其發病機制的主要障礙。
