九大測序平臺對比（六）

8.PGM

企業: Ion Torrent

推出時間: 2010年

主流型號: Ion Personal Genome Machine?（2010年）

樣品要求: 5 μg DNA，起始DNA體積不超過130μL

測序原理: 半導體芯片測序

該測序儀使用了一種高密度半導體小孔芯片。該芯片置于一個離子敏感層和離子感受器之上，每當有核苷酸分子被摻入時就會釋放出質子，而離子感受器就會感受到這種信號，知道是哪一個核苷酸被摻入，從而讀出DNA序列。

文庫制備: Fragment(185–210 bp)

模板制備: PCR擴增

讀長:

314芯片，100 bp；

316芯片，100bp；

318芯片，200 bp。

測序通量:

314芯片，10 Mb/run；

316芯片，100 Mb/run；

318芯片，1Gb/run。

時間/run: 2 hours

堿基精確度: 一致性超過99.99%，>99.5% raw accuracy.

變異檢測能力(DNA重測序方面): SNP, Indel

成本: 儀器$50,000 /臺，測序$500/run

數據格式: 標準的SFF或者FASTAQ格式

分析軟件: 一系列商業軟件進行變異檢測，denovo組裝

優點: 無以倫比的快速，2個小時完成測序工作；Ion Torrent的化學測序原理自然簡單，無修飾的核苷酸、無激光器或光學檢測設備，因而可達到極小的測序偏差和出色的測序覆蓋均衡度。

缺點: 測序通量目前還不夠大，增加半導體芯片的容量將有望提高測序儀的處理能力。

經典案例: 1德國大腸桿菌疫情爆發之后，華大基因利用第三代測序儀——Ion Torrent進行了該大腸桿菌的全基因組測序。在獲得病毒樣本后三天的時間內，華大基因完成了對該新型大腸桿菌的基因組測序。經過初步信息分析，發現該菌株是一種新的兼具侵襲、產毒、腸出血等特征的大腸桿菌。

備注: 特別適合微生物基因組測序及擴增子重測序

9.MiSeq

企業: Illumina

推出時間: 2011年

主流型號: MiSeq Personal Sequencing System（2011年）

樣品要求: 使用Nextera，50 ng DNA；使用TruSeq，100 ng–1 μg DNA

測序原理: 邊合成邊測序

這種測序技術通過將基因組DNA的隨機片斷附著到光學透明的表面，這些DNA片斷通過延長和橋梁擴增，形成了具有數以億計cluster的Flowcell，每個cluster具有約1000拷貝的相同DNA模板，然后用4種末端被封閉的不同熒光標記的堿基進行邊合成邊測序。這種新方法確保了高精確度和真實的一個堿基接一個堿基的測序，排除了序列方面的特殊錯誤，能夠測序同聚物和重復序列。

文庫制備: Fragment

模板制備: 橋式擴增

讀長:

1*35 bp

2*100 bp

2*150 bp

測序通量:

1*35 bp >120 Mb/run

2*100 bp >680 Mb/run

2*150 bp >1 Gb/run

時間/run:

擴增測序總時間：

1*35 bp 4 hours

2*100 bp 19 hours

2*150 bp 27 hours

堿基精確度:

>90% bases higher than Q30 at 1*35 bp

>80% bases higher than Q30 at 2*100 bp

>75% bases higher than Q30 at 2*150 bp

變異檢測能力(DNA重測序方面):

成本: N/A

數據格式: 儀器$125,000/臺，測序$750/run

分析軟件: *.bcl, FASTQ, BAM, *.vcf和*.csv.

優點: 樣品制備簡單快速，在一臺儀器上完成測序和數據處理；可靠的化學方法，可逆中止堿基邊測序邊合成法

缺點: N/A

經典案例: N/A

備注: 特別適合擴增子測序、克隆檢查和小基因組測序

來源：生物文摘