開放醫學研究所利用芯片開發慢性疲勞綜合征的檢測

發布時間：2014-06-12 15:29 原文鏈接：開放醫學研究所利用芯片開發慢性疲勞綜合征的檢測

　　來自GenomeWeb的消息——美國開放醫學研究所（Open Medicine Institute，OMI）上周宣布，它將使用Affymetrix的表達芯片來開發檢測，以便診斷并協助治療肌痛性腦脊髓炎（ME）和慢性疲勞綜合征（CFS）。

　　此外，位于加利福尼亞州山景城的OMI還表示，它已成為Affymetrix認證的服務供應商，將使用此平臺來開發其他疾病的診斷檢測。OMI的目標是利用新的方法和技術來改善醫療保健。

　　慢性疲勞綜合征這種疾病有多種癥狀，包括臥床休息不能改善的疲勞、運動不耐、肌肉疼痛和記憶受損。據OMI統計，不到五分之一的疑似ME/CFS患者被確診，并受到正確的醫療關注，而且目前也沒有成熟的ME/CFS檢測和治療，這迫使患者依賴那些聲稱多種療法的傳聞軼事般的療效。

　　開放醫學研究所的創立者及主管Andreas Kogelnik告訴BioArray News，自研究所2009年成立以來，他們一直對CFS很感興趣。他表示，OMI與Affymetrix的新關系“很重要，因為我們正在利用此技術建立一種核心技能，將一種非常主流、備受推崇的生物技術帶到這種疾病中，而之前對疾病還沒有足夠的認識，也沒有應用足夠的基因組學及其他分子技術。

　　Kogelnik目前的設想是建立與CFS相關的兩種檢測：一種是根據患病個體和正常志愿者的RNA表達譜而建立的診斷檢測，另一種是評估治療效果的治療診斷工具。該研究所將使用Affymetrix的Human Transcriptome Array，這是一種600萬個探針的基因芯片，覆蓋編碼和非編碼的轉錄本，它在最近幾個季度中幫助這家芯片廠商恢復了表達芯片的銷售額。

　　“Affymetrix的平臺非常適合此類研究，因為它為我們提供了那一刻血液或其他組織中基因活性圖譜的快照，”Kogelnik說。“由于一天內ME/CFS患者的癥狀不斷變化，Affy的HTA芯片已成為開展狀態依賴的圖譜分析的重要工具，”他說。“這將讓我們能夠更好地了解患者第一次出現癥狀時他們在哪兒，以及如何隨時間和不同的治療方法而變化。”

　　對于這樣一種到目前為止還沒有成熟的診斷方法的疾病，建立檢測似乎是一個艱巨的任務，但Kogelnik表示OMI在投資Affymetrix的技術上已經有一些早期成果。在進一步的研究后，該研究所希望在未來6-12個月報道一些這方面的成果。

　　“目前有大量數據要篩選，但沒什么比看到分子數據開始解釋一些我們在臨床上很難理解的東西更有價值了，”Kogelnik談道。“這些患者真的生病了，需要他們所能得到的各方面的幫助，因此我們也在盡快增加患者及他們的主治醫生的工具包。”

　　大數據方法

　　OMI與Affymetrix的伙伴關系并不限于ME/CFS。據Kogelnik介紹，研究所將使用Affymetrix的基因芯片來研究一系列神經免疫疾病、癌癥、風濕病、免疫學，及其他常見的醫學問題。預計未來一年將要研究的疾病包括ME/CFS、自閉癥、萊姆病、類風濕關節炎、強直性脊椎炎、淋巴瘤、肺癌、胰腺癌、糖尿病及其他。

　　與此同時，ME/CFS對于OMI所描述的以“多學科、大數據的方法”來解決復雜疾病仍然很重要。“我們將CFS看作復雜慢性病的一個模式系統，”Kogelnik說。“超過一半的美國人患有慢性病，這是一個巨大且不斷增長的需求，而未能得到滿足，”他說。“目前仍有許多需要做的，將基因組、蛋白質組、代謝組及其他技術應用在ME/CFS及其他疾病上。”

　　所有這些努力只是OMI目標中的一部分，OMI的更大目標是推進對疑難病的認識，并改善患者的治療效果。該研究所保留了位于山景城的臨床研究部門，就在艾卡米諾醫院（El Camino Hospital）旁邊。該部門包括臨床空間，一個基因組學和生物技術核心實驗室、一個信息學核心實驗室和一個生理學實驗室。此外，OMI還保持著與志同道合的國際合作者的大型網絡關系，包括獨立醫生、學術中心、實驗室、大型醫療系統及其他，所有這些都是通過其OpenMedNet信息共享平臺連接的。

　　該研究所的ME/CFS工作將使其更直接地向分子診斷市場擴張，不過也要證明其解決臨床問題的大數據方法是正確的。

　　Kogelnik表示：“復雜的慢性病不是通常那種一次擊中的診斷和治療型的疾病，那些我們很擅長。CFS這種疾病有部分遺傳因素，部分環境暴露，部分是狀態依賴的，且非常動態。為了了解和影響它，我們需要在長時間內查看許多人的許多參數，并弄清個體之間的差異和變化。這是個大問題，它要求大數據。”

　　OMI的新角色是Affymetrix認證的服務供應商，這可能有助于它的研究工作。Kogelnik說，OMI已經為它的第一批制藥、診斷和研究基金會客戶提供了服務，并正利用其資源來支持它自己的研究。他提到，距離Affymetrix總部的車程很短也有其好處。

　　“OMI是距離Affymetrix最近的服務供應商，因此我們將這視為密切關系的開始，我們將最新的生物技術應用在不斷增加的臨床研究中，將敏銳的眼光投向轉化發現，并支持產業和學術研究的需求，”Kogelnik談道。