加拿大團隊開發出基于?NGS?平臺的丙型肝炎病毒基因分型

　　日前，英屬哥倫比亞大學（以下簡稱英屬哥大）卓越教學中心的研究人員開發了一種基于高通量測序的丙型肝炎病毒檢測方法，該方法可鑒定產生耐藥的病毒變種。研究人員表示，該檢測方法還可進行病毒分型，是 PCR、雜交和基于 Sanger 平臺檢測技術的有力補充。與傳統檢測方法，基于 NGS 的檢測方法具有更佳的檢測范圍及堿基分辨率。

　　據英屬哥倫比亞大學艾滋病毒卓越教學中心的負責人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費進行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛生機構最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需 270 美元。研究團隊正在努力組建相關的國際聯盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數據庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。

　　丙型肝炎的獨特之處在于 90%至 95%的長期感染者實際上是可以治愈的。然而，治療藥物比較昂貴，三個月的療程的費用高達 30000~50000 美元。因此，對患者采用適宜的藥物雞尾酒療法至關重要。

　　此外，一些患者感染了天然耐藥的病毒株，如果在開始治療之前不知道這些基因信息，那么這些患者的治療將會以失敗告終，患者將繼續攜帶病毒，有著較高擴散耐藥丙肝病毒的風險。豪爾強調，通過實施耐藥檢測，不僅有希望將治愈率提高，還將阻止丙型肝炎耐藥株的傳播。

　　基于此。英屬哥大艾滋病毒卓越教學中心的研究人員開發了基因分型和耐藥檢測，對 104 堿基組成的丙型肝炎病毒基因組進行完整測序。該檢測在 Illumina MiSeq 平臺上進行，此前研究人員已經用 Sanger 測序檢測對特異性耐藥突變的兩個患者隊列進行了驗證。通過檢測一個包含 70 位患者的隊列的特異性耐藥突變，發現了一個針對藥物 Olysio（辛伐他汀）耐藥性的突變。此外，該團隊還進一步在 90 位采用蛋白酶和 NS5A 抑制劑雞尾酒療法的患者體內檢測到存在 NS3/4A、NS5A 和 NS5B 基因耐藥突變，進一步驗證了 NGS 檢測的準確率。

　　檢測能夠同時鑒定丙型肝炎病毒基因分型。豪爾說，有七種不同的丙肝病毒基因型，大多數丙肝藥物都是基因型特異的。她表示：“如果你對錯誤的基因型使用錯誤的藥物，治療失敗的可能性就會很大。”

　　丙型肝炎病毒基因分型的標準方法是基于實時 PCR 方法。基因分型檢測通常僅分析 104 對堿基丙型肝炎病毒基因組的約 100 個堿基對。但是，由于丙型肝炎病毒的突變率如此之高，因此有時檢測會鑒定為不正確的基因型，或者無法鑒定基因型中的特定亞型。豪爾介紹，對整個丙型肝炎病毒基因組進行測序可以改善基因分型。

　　對一位病人的傳統診斷檢查流程是，醫生首先進行基因分型檢測，然后根據分型信息進行耐藥檢測——只尋找與特定基因型相關的耐藥突變。所以如果基因分型檢測是錯誤的，那么基于 Sanger 檢測方法的耐藥檢測也將失敗，豪爾說。但是，通過對整個丙型肝炎病毒基因組測序，可同時收集基因分型和耐藥信息。

　　耐藥檢測也很重要，因為有證據表明對存在耐藥突變的患者優化治療策略可以增加治療成功的可能性。例如，對于某些耐藥突變，治療周期只需要增加到 12 周以上。她說：“延長治療周期有助于清除病毒的殘余部分。”

　　對于其他類型的耐藥突變，有證據表明，將藥物利巴韋林加入雞尾酒療法有增加治療效果的可能性。豪爾說添加利巴韋林的作用原理還不完全清楚，但是一個假說是利巴韋林有助于增強免疫系統。

　　對完整的丙型肝炎病毒基因組進行測序的另一個優點是，除了鑒定已知的耐藥突變外，同時也能夠鑒定潛在的新型耐藥突變。因此，研究人員也在努力開展國際合作來收集和共享數據。豪爾說，英屬哥大網站將作為構建數據庫的中樞，目前正在努力搭建 IT 基礎設施，并確定數據分享和隱私協議等技術細節。數據庫將能夠支持 NGS 測序數據以及 Sanger 測序數據。此外，豪爾還表示，研究團隊希望將相關知識，檢測標準流程和解讀資源輸出到其他國家，盡管她尚未制定具體的計劃。

　　豪爾介紹，目前在丙型肝炎病毒藥物仍高度有效時實施這樣一個方案，對確保藥物繼續以極高的比例治愈病人至關重要。5%~10%未被治愈的患者“將攜帶耐藥丙型肝炎病毒并繼續傳播病毒，只是這次是耐藥丙型肝炎病毒，而非野生型病毒，耐藥病毒感染的人數將隨著時間的推移而繼續擴大” 。