毛細管電泳儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分離科學繼液相色譜儀之后的又一重大進展，使分離科學從微升級進入到了納升級水平，不僅使單細胞乃至單分子分離成為可能，也使蛋白質和核酸等生物大分子分離有了新的轉機。
一、分離條件的選擇內容：
1、毛細管類型：是涂層還是非涂層。
2、毛細管長度：是長毛細管還是短毛細管。
3、緩沖液體系：種類和pH值。
4、添加劑類型：甲醇、環糊精和乙腈。
5、檢測器類型：紫外檢測器、二極管陣列檢測器和激光誘導熒光檢測器。
二、分離條件的選擇流程：
1、盡可能多地了解被分離樣品的類型、來源、組成和性質。
2、根據樣品的可能性質和來源選擇分離模式，若無樣品信息可先選用CZE電泳。
3、根據樣品性質確定檢測方法，一般先選用直接紫外吸收。
4、確定樣品處理方式，包括衍生方案、離心和過濾等。
5、根據樣品解離常數計算zui優pH或利用內徑為75μm毛細管和磷酸緩沖體系確定pH范圍。
6、根據所需pH構建緩沖液體系，包括進一步優化pH和緩沖試劑濃度等。
7、優化其它操作參數，如毛細管尺寸、分離電壓和溫度等。
8、確定是否需要使用添加劑和非水溶劑。
9、確定是否需要換用其它分離模式。