九大測序平臺對比（一）

1.sanger

企業：Life Technology

推出時間：1977年發明，1986年第一臺商業化測序儀

主流型號：3730XL

樣品要求：PCR產物：濃度≥50ng/ul 體積≥10ul；質粒：含量≥5ug；菌液：體積≥1ml。

測序原理:

雙脫氧鏈終止法：Sanger法測序的原理就是，每個反應含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之擴增，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)使之終止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基團，使延長的寡聚核苷酸選擇性地在G、A、T或C處終止，終止點由反應中相應的雙脫氧而定。每一種dNTPs和ddNTPs的相對濃度可以調整，使反應得到一組長幾個至千以上個，相差一個堿基一系列片斷。它們具有共同的起始點，但終止在不同的的核苷酸上，可通過高分辨率變性凝膠電泳分離大小不同的片段，凝膠處理后可用X-光膠片放射自顯影或非同位素標記進行檢測。

文庫制備:無需建庫，提供質粒、菌液、PCR產物等均可以

模板制備:PCR擴增

讀長:500-1000bp

測序通量:

四種測序方式的每天通量：

短片段測序36cm36min500bp 1,728,000bp/day；

快速測序36cm60min700bp 1,440,000bp/day；

標準測序36cm90min800bp 1,113,000bp/day；

長片段測序50cm120min1100bp 1,002,000bp/day。

(36cm指毛細管長度，36min指一次反應時間，500bp指一個反應的讀長；)

時間/run:36 min-2 hours

堿基精確度:99.999%

變異檢測能力(DNA重測序方面):

heterozygous insertions and deletions,microsatellite, SNP, AFLP, T-RFLP,and LOH analyses

AFLP：擴增片段長度多態性(Amplified Fragment Length Polymorphism),；

T-RFLP：限制性片段長度多態性（terminal restriction fragment length polymorphism）；

LOH analyses：雜合性缺失（Loss of Heterozygosity）；

成本:$95,000 per machine, about $4 per reaction, 800bp per reaction,

數據格式:*.bcf ； *.abl

分析軟件:

數據收集軟件Data Collection v2.0 (隨機提供)

Manages your instrument setup, controls instrument operations, allows real-time data visualization, and performs diagnostics. New features include:

- Auto-analysis with GeneMapper? v3.5 and SeqScape? v2.1

- FDA 21CFRpart 11 compliance (for US customers)

- Flexibility to use any choice in dye set option

- Additional optimized sequencing run modules covering more applications

序列分析軟件Sequencing Analysis v5.1

Designed to base-call; assign quality values; trim, display, edit and print DNA sequencing data using the KB basecaller

序列拼接和比較基因分析軟件Seqscape? v2.1

Provides everything you need to perform resequencing applications such as VariantSEQr? Resequencing System

自動化基因片段分析軟件GeneMapper? v3.5

Enables configurable, automated allele calling -- a plus for high-throughput genotyping and includes tools for SNPlex? data analysis

SNP分型數據管理軟件BioTrekker? v1.0 (optional data-mining tool)

Provides a fast, powerful way to search for, retrieve, and manage millions of genotypes

優點:測序金標準，讀長長

缺點:通量低，成本高

經典案例:Sanger測序屬于測序技術的金標準，文章眾多

備注:鑒于測序本身方法的局限，測序引物后10bp～40bp無法保證準確