人們往往喜歡比較我國與歐美發達國家的標準。在農藥殘留標準數量方面，由于歐美農藥管理歷史長，殘留制定的數量比我國多。但在標準的水平方面，很難比較各國殘留標準的高低。
從技術層面講，各國的農業生產、農藥使用情況和食物結構等不同，因此，殘留標準會存在一定差異。
從管理層面講，盡管制定殘留標準的主要目的是為了確保食品安全，但現在各國越來越將農藥殘留作為農產品國際貿易的技術壁壘，必要時進而用作政治籌碼。
各國農藥殘留標準差異還受以下幾個因素的影響：
一是對于本國不生產不使用的農藥，往往制定最嚴格的標準，而本國使用的農藥特別是在出口農產品上使用的農藥，殘留標準在安全范圍內盡可能松。如美國、歐盟和日本對本國沒有登記使用的農藥按照一律限量標準（即0.01~0.05mg/kg）執行，而這個濃度許多發展中國家的儀器都難以檢測；但是在本國登記使用的農藥，即使農藥毒性高，其標準卻松。如美國規定高毒農藥甲胺磷在芹菜上的標準為1mg/kg，花椰菜上為0.5mg/kg，日本規定芹菜上為5mg/kg，花椰菜上為1mg/kg。
二是本國沒有或主要依靠進口的作物上的標準嚴。如氯蟲苯甲酰胺是個新殺蟲劑，歐盟在葡萄上的標準為1mg/kg，而在大米等糧谷上卻為0.01mg/kg，茶葉上為0.02mg/kg，按理葡萄可鮮食，標準應該更高，但葡萄是歐洲的優勢作物，因此制定的標準松；再如常用的殺菌劑百菌清，歐盟在直接食用的蘋果、梨上標準為1mg/kg，而在大米等糧谷上卻為0.01mg/kg，在茶葉上為0.1mg/kg。
三是同一作物，各國標準也不同，如安全性不很高的殺菌劑克菌丹在稻谷中的殘留標準，日本是5mg/kg，歐盟為0.02mg/kg，相差100倍；又如高毒農藥甲基對硫磷，日本為1mg/kg，歐盟為0.02mg/kg，相差50倍。
為了協調和統一殘留標準，國際食品法典委員會負責制定農藥殘留國際標準，但即使有國際殘留標準，大部分發達國家都執行自己的本國標準，而絕大部分發展中國家因為制定殘留標準能力弱，往往只能執行國際標準。
我國是國際食品法典農藥殘留標準委員會的主席國，因此，我國的農藥殘留標準盡可能與國際食品法典標準（而不是歐美日標準）接軌，有的標準比發達國家低，但有的標準比發達國家高。
如新農藥甲氧蟲酰肼我國在甘藍中的標準為2mg/kg，而美國和日本的為7mg/kg；馬拉硫磷是老農藥，我國在柑橘、蘋果、菜豆中的標準為2mg/kg，在糙米中為1mg/kg，在蘿卜中為0.5mg/kg，均嚴于美國8mg/kg的標準；嗪草酮在大豆中標準為0.05mg/kg，而美國的為0.3mg/kg、歐盟和日本為0.1mg/kg的標準；常用殺菌劑噻菌靈我國在蘑菇中的標準為5mg/kg，美國為40mg/kg、歐盟10mg/kg、日本60mg/kg，分別比他們嚴格8、2、和12倍。
我國制定農藥殘留標準主要考慮安全，很少涉及貿易保護問題。由此可知，不管各國殘留標準水平是否存在差異，殘留標準都是根據安全風險評價而制定的，只要符合殘留標準，農產品是安全的，不能用別國的標準來判斷是否存在安全，不能用一國標準否定別國的標準，這缺乏科學性。因為農藥殘留標準是不僅僅根據安全風險評估結果來制定，也綜合考慮產業發展、國際貿易等各方面因素。
