肺炎是常見的感染性疾病。病原種類眾多，微生物學檢查的標本種類也很多。最佳標本是支氣管肺泡灌洗液(BALF)和肺組織，不過因為是侵襲性方法，國內很少應用。本文僅討論咳痰或抽吸痰標本。痰是國內診斷肺炎以及多數臨床細菌學實驗室的最常見標本。用痰標本進行肺炎的病原學診斷––這是一個極具爭議的話題。常見兩個極端觀點，或者把實驗室分離株直接當做病原，一律進行抗菌治療；或者認為咳痰的分離株全無意義，不必任何分析和處置[1]。前者肯定錯誤，因為口咽部定植污染，常識判斷就可以否定。后者是否錯誤？國際上是否已經將痰標本廢棄了呢？美國近期調查顯示，就普通肺炎而言，依據指南需要留取呼吸道標本進行病原學檢查時，有23%患者留取了痰標本，有18%結果對治療產生了影響[2]。由此可知，上述兩種極端觀點都不可取。筆者認為，痰細菌培養對于肺炎病原學診斷而言，有價值––價值明確，但有限。
一、痰細菌培養是肺炎病原學診斷諸多檢查之一
肺炎的病原種類眾多，細菌、病毒、真菌、寄生蟲等4大類病原都有涉及。多種病原、多種標本結合多種檢測技術，使得肺炎的病原學診斷不可能依靠單一手段完成。因此，痰細菌培養是肺炎病原學診斷的諸多檢查之一，而非唯一。
病毒、寄生蟲類病原不會在細菌培養基上生長。醫生在開具痰培養醫囑的那一刻，應該同時考慮真菌和寄生蟲感染的概率、病毒感染的取證等問題。比如最后證實為病毒性肺炎，苛責痰細菌培養陰性或陽性都沒有意義。陰性理所當然；當然陽性有干擾，本文后續會提到，陽性需要分析。
僅就細菌性病原而言，臨床也要知道，比如常見的病原肺炎支原體不會在普通培養基上生長。所以，痰細菌普通培養有明確的分離株種屬范圍。超出了這個范圍，就超出了痰細菌培養的能力范圍。臨床需要按照肺炎病原譜，把痰培養不能分離的微生物(如病毒)，痰標本需要特殊定向培養才能分離的微生物(如結核菌、軍團菌、支原體、考克斯體等)，痰標本普通培養即可分離的微生物(如肺炎克雷伯菌等)進行分類，這樣有利于后續判斷。
二、肺炎臨床診斷成立是痰培養的前提之一
肺炎臨床診斷包括：患者肺部(以及全身相應的)癥狀、體征、影像學檢查(新出現的或逐漸加重的肺部浸潤影)[3]。專業角度看，影像學檢查是肺炎診斷所必須。而國內實踐容易忽略影像學。另外，診斷肺炎時，要注意除外肺部腫瘤、非感染性肺間質性疾病、肺水腫、肺不張、肺栓塞、肺嗜酸粒細胞浸潤癥、肺血管炎等非感染性疾病[4]。實際工作中最開始送檢痰培養的時刻，多數患者沒有最后確診。所以最終確診為非感染性疾病而之前送檢了痰培養的情況，無論有無分離株，都不應該納入肺炎時痰標本作用的分析。原因即沒有檢查前提。實際工作甚至有診斷為心力衰竭、心肌梗死的患者進行痰培養，這無疑是錯誤的，也是因為前提不成立––即沒有適應證。沒有感染這個前提，進行痰培養作用判斷是徒勞而沒有意義的。
沒有適應證而送檢痰培養，實驗室可以拒收。不拒收會導致工作量增加，陽性率下降，對結果出現誤解和誤導等。堅持拒收，則可以正本清源，減少不必要的消耗。
三、實驗室處理的相關信息
1．標本：
應該新鮮，立即送檢、立即處理。陳舊標本中白細胞(WBC)及一些菌體會溶解，雜菌過度生長會干擾結果判斷。對痰普通細菌培養，實驗室接到標本后需要進行質量判斷。質量判斷不合格，不必進行后續微生物學檢查，標本拒收。一些特殊病原檢查，比如結核菌或軍團菌培養，不必進行質量判斷。合格標本不必洗痰。有條件時，建議對痰標本進行液化處理，建議同時涂片。接種時不建議定量培養，規范半定量培養即可，參見衛計委行業標準《下呼吸道感染細菌培養操作指南》。
2．涂片：
專業而言，每1份進行痰細菌培養的標本都應該進行涂片鏡檢。注意這里指檢查細菌和真菌，不是質量判斷。國內實際情況涂片是臨床醫囑，如果醫囑不到位，很多醫院限于人力和收費，沒有進行涂片檢查，這是管理漏洞，也是專業漏洞。當然也不要走到另一個極端。重涂片而輕培養。涂片與培養是各自獨立的不同檢查，彼此都不是對方的前提，二者互為補充，結果要綜合分析。
有涂片時，注意觀察菌體(染色、形態)，炎癥細胞，菌體與炎癥細胞二者關系，組織細胞，其他特征性形態等。觀察到PMN(多形核粒細胞)中吞噬菌體現象是重要的感染特征。
革蘭染色后吞噬現象的觀察和判斷需要注意：要區分并排除黏附現象；吞噬后菌體的染色、形態不完全等同于未被吞噬的菌體和純培養的菌體；吞噬的菌體判斷無法指向菌種；吞噬菌體與培養分離株建立關聯時，要沒有歧義(比如吞噬是革蘭陰性桿菌，形態符合腸桿菌科。但培養有大腸埃希菌、陰溝腸桿菌相同多量生長，此時即歧義，因為無法確知吞噬的是什么，還是都有吞噬)。一般而言，除了極其特殊的情況外(比如男性生殖道分泌物革蘭染色查見胞內的革蘭陰性腎形雙球菌)，通過革蘭染色鏡下形態學識別進行菌種層面判斷甚至臨床確診，屬于常識性錯誤。
3．特殊的定向培養：
此時臨床目的明確(比如結核分枝桿菌)，需要特定的培養條件(特殊培養基、氣體、溫度、時間等)。如果條件滿足，有分離株則一一判斷、鑒定，有目的菌種則報告陽性。無生長或沒有目的菌種，則報告陰性。
4．咳痰和抽吸痰標本：
不能做厭氧菌培養。
5．口咽部正常微生物群：
美國《臨床微生物學操作規程(CMPH)》2007版(3.11.2.9)提到草綠色鏈球菌群、普通定植的奈瑟菌屬、腦膜炎奈瑟菌、假白喉棒桿菌、血漿凝固酶陰性葡萄球菌(SCN)、羅氏菌屬(Rothia)、F群鏈球菌、厭氧菌、嗜血桿菌屬(不包括流感嗜血桿菌。原文"不包括"，其實該菌可以正常定植)、腸球菌屬、假絲酵母菌屬、艾肯菌屬、放線桿菌屬(Actinobacillus)、二氧化碳嗜纖維菌屬(Capnocytophaga)、莫拉菌屬。
6．美國感染性疾病學會(IDSA)和美國微生物學協會(ASM)指南中的肺炎病原譜[5]：
社區獲得性肺炎(CAP)：(1)細菌性：肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌、流感嗜血桿菌、腸桿菌科、銅綠假單胞菌、軍團菌屬、肺炎支原體、肺炎衣原體、混合厭氧菌(吸入性肺炎)、分枝桿菌(結核分枝桿菌和非結核分枝桿菌)；(2)真菌：莢膜組織胞漿菌、粗球孢子菌(Coccidioides
posadasii)、皮炎芽生菌；(3)病毒：流感病毒A/B、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒、副流感病毒1–4、人偏肺病毒、冠狀病毒、鼻病毒、腸道病毒；(4)寄生蟲：衛氏并殖吸蟲。
醫療保健相關肺炎(HCAP)、醫院獲得性肺炎(HAP)、呼吸機相關肺炎：(1)細菌：銅綠假單胞菌、大腸埃希菌、肺炎克雷伯菌、腸桿菌屬、粘質沙雷菌、不動桿菌屬、嗜麥芽窄食單胞菌、金黃色葡萄球菌、流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、混合厭氧菌(吸入)、軍團菌；(2)真菌：曲霉菌屬；(3)病毒：流感病毒A/B、副流感病毒、腺病毒、RSV。
免疫低下患者肺炎：(1)細菌性：見上面CAP和HCAP細菌性病原。額外需要考慮的細菌：沙門菌屬(非傷寒菌)、腦膜膿毒伊麗莎白菌、單核細胞增生李斯特菌、奴卡菌和其他需氧放線菌、馬紅球菌、結核分枝桿菌、鳥胞內分枝桿菌復合群、堪薩斯分枝桿菌、蟾蜍分枝桿菌(M.xenopi)、嗜血分枝桿菌(M.haemophilum)、快生長菌如膿腫分枝桿菌；(2)病毒：呼吸道病毒、巨細胞病毒、單純皰疹病毒；(3)真菌：伊氏肺孢菌、新型隱球菌、曲霉菌屬、鐮刀菌屬、接合菌(如根霉屬、毛霉屬、犁頭霉屬)，Pseudoallescheria
boydii、莢膜組織胞漿菌、粗球孢子菌、其他地方性真菌；(4)寄生蟲：岡地弓漿蟲、微孢子蟲病(Microsporidiosis)病原Enterocytozoon
bieneusi、隱孢子蟲病(Cryptosporidiosis)病原、糞類圓線蟲(Strongyloides stercoralis)。
7．CMPH分離株生長判斷方式[4]：
無生長：規范培養基和培養條件，連續72 h無任何肉眼可見菌落，這在臨床是少見現象。畢竟口咽部大量正常微生物群存在。而合格標本意味著污染輕，并不意味著沒有污染。此時要與臨床溝通，看是否存在環節錯誤。
只有正常微生物群生長：呼吸道正常微生物群一般不鑒定。只有呈純生長時，才鑒定和做藥物敏感實驗，無論多少(1＋～4＋)。注意純生長極為罕見，實際工作需要確認純生長是否是假象。比如選擇培養基上的生長要小心，因為在普通羊血瓊脂上可能有第2種菌生長。然后一區的判斷要小心，因為可能有覆蓋。
下列菌種正常情況下可以在上呼吸道定植，如果它們的生長等于或少于呼吸道正常微生物群的生長，一般視為定植。只有呈中重度生長(3＋或4＋)，并且多于呼吸道正常微生物群生長時，才鑒定和做藥物敏感實驗。包括：A群β溶血鏈球菌(化膿鏈球菌)、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、卡他莫拉菌、腦膜炎奈瑟菌、B/C/G群β溶血鏈球菌、棒桿菌屬。
腸桿菌科分離株，1種或2種生長時，如果其生長等于或少于呼吸道正常微生物群的生長，則不必鑒定，除非患者處于免疫受損/抑制狀態。如果呈中重度生長(3＋或4＋)，并且多于呼吸道正常微生物群生長時，則鑒定和做藥物敏感實驗。
下列革蘭陰性桿菌只有1種生長時，無論多少，都要鑒定和做藥物敏感實驗。包括巴斯德菌屬、銅綠假單胞菌、其他非發酵菌(支氣管炎膿毒博德特菌、嗜麥芽窄食單胞菌、不動桿菌屬、洋蔥博克霍爾德菌等)。
如果上面兩類革蘭陰性桿菌中不同菌種呈混合生長，即3種或3種以上同時生長，如果其生長等于或少于呼吸道正常微生物群的生長，則不必鑒定。如果呈中重度生長(3＋或4＋)，并且多于呼吸道正常微生物群生長，則對最多的兩種優勢菌進行鑒定和做藥物敏感實驗。如果患者處于ICU或處于免疫受損/抑制狀態，則都鑒定和做藥物敏感實驗(這不意味著優勢菌必然是真正的致病菌)。
下列革蘭陽性桿菌，無論多少，都要鑒定和做藥物敏感實驗。包括馬紅球菌(Rhodococcus equi)、需氧的放線菌(奴卡菌屬、鏈霉菌屬Streptomyces)。
下列真菌，無論多少，都要鑒定。包括新型隱球菌、非腐生性的絲狀真菌(如曲霉菌屬、毛霉屬Mucor、引起系統性真菌病的菌種)。
為什么要把實驗室判斷方式呈現出來呢？因為實驗室和臨床醫生都需要知道游戲規則。對于實驗室而言，上述CMPH中的規則，可能很多細菌學工作者不甚明了。而對于臨床醫生則常常有很多困惑。比如SCN痰培養分離株為什么不做鑒定和藥敏––這是我們常遇到的問題。通過上面的規則我們知道，除非是真正的純培養，痰SCN分離株不必做鑒定和藥敏。如果臨床想知道SCN的情況，需要升級標本為BALF或肺組織，靠痰無法判斷。再比如為什么有時候腸桿菌科不做鑒定和藥敏，而有時候做––這也是我們常遇到的問題。不做的原因，或者是量非常少(幾個菌落或1＋)，或者明顯比正常微生物群少。
四、痰培養分離株對肺炎的診斷意義
1．明確菌種致病性：
臨床分離株可以分為經典致病菌和條件致病菌。經典致病菌一般不是人體正常微生物群，在人體罕有定植，一經發現即是異常。如果有對應的臨床表現，一般而言分離即可確診。沒有臨床表現，存在也是重要的臨床現象，要么是感染前的潛伏期，要么是隱性感染。如結核分枝桿菌、嗜肺軍團菌。條件致病菌一般是人體正常微生物群，或可以在人體短暫定植。分離后可能不是感染。其分離株判斷有一定難度，需要理解感染性疾病分級診斷。
2．感染性疾病的診斷分級：
包括擬診斷(possible，suspected)、極似診斷(probable，presumptive)、確定診斷(proven，definite，/confirm/ied)[6]。三級診斷理念在病毒性疾病、真菌性疾病領域目前是業界熱點，真菌學領域已經是指南基本理念。細菌性感染性疾病的診斷也可以分為三級[7]。極似診斷指兩種情況：(1)臨床表現不明確，但微生物學證據明確；(2)臨床表現明確，但只有初步的微生物學證據。前一種情況一般是監測狀態。后一種情況為臨床多見，具體指征據本身可信，但尚未明確微生物種屬，或檢查結果陽性預測值(PPV)低[8]。中華醫學會新版社區獲得性肺炎(CAP)指南(即將發布)將微生物學證據(包括痰培養)分為：(1)可作為病原學確定診斷依據的檢測結果；(2)對病原學診斷有重要參考意義的檢測結果。第1點對應確診，第2點對應本文的極似診斷。
痰涂片見到吞噬菌體現象––不能明確種屬、痰普通半定量培養分離的條件致病菌––陽性預測值低(50%左右)，二者都是極似診斷層面證據。此時，分離的條件致病菌被稱為可能致病菌(probable pathogen)。
3．極似診斷證據(條件致病菌/可能致病菌)本身的價值：
肺炎的臨床表現分輕、中、重度。重癥肺炎的判斷方式見相關文獻[3]。對于重癥肺炎，一般在臨床診斷確立后，先初步判斷可能的病原。根據判斷結果，一方面采集標本(呼吸道分泌物、血液、胸腔積液、尿液等)采用多種檢查積極獲得病原學證據(除細菌外，還包括病毒學和真菌學證據等)，另一方面基于嚴重程度根據可能的病原選擇藥物啟動經驗治療。
而獲得痰培養分離株種屬信息，一般是在取材48
h后。此時經驗治療已經進行2 d。對于危重患者，應該已經進行了至少1次經驗治療療效分析。而其他病原學檢查結果也已經部分回報。如果48
h后仍未確診(甚至還有其他病原學檢查結果未知)，經驗治療療效分析顯示沒有明顯效果甚至病情進行性加重，經驗治療也沒有覆蓋痰培養分離株，則調整治療需要覆蓋該分離株。如果后續有其他明確的肯定性證據則確診，治療轉換為靶向治療。如果有明確的否定性證據，或其他停藥指征，則停止針對性治療。
這樣是否會導致抗生素不合理使用？個人認為，如果危重判斷明確有根據，經驗治療療效欠佳而且沒有覆蓋，同時也在積極獲得確診的病原學證據這樣的前提下，鑒于重癥肺炎的病死率(CAP>30%，并發膿毒癥則可達50%)，調整治療先行覆蓋是合理的。
4．將極似診斷證據確定為真正病原的方法：
(1)同時血培養(肺部是唯一感染源)或胸腔積液培養、之后的支氣管肺泡灌洗液(BALF)培養，有相同分離株分離。(2)痰涂片見到吞噬菌體現象，與培養結果相符且無歧義。(3)肺組織病理學查見菌體，相符且無歧義。(4)免疫學(抗原等)結果相符。如尿液肺炎鏈球菌抗原檢查陽性，而痰中有肺炎鏈球菌分離。(5)分子生物學：肺組織標本結果相符則可以確定。
注意：上面后兩種情況可以直接到種屬，分離株還有意義嗎？––有意義，因為可以做藥敏試驗。此外，經驗治療有效后通過抗生素活性譜反推病原，這是錯誤的理念。尤其是廣譜抗生素的情況，更是錯誤。
五、只有正常微生物群生長或無生長時痰培養的意義
痰培養如果只有正常微生物群生長，或無生長，而沒有可能致病菌，一般認為是陰性結果。痰培養陰性的價值何在？在于其陰性預測值高。痰培養沒有可能致病菌，如果此時臨床仍然考慮肺炎，則可以重點關注痰培養無法分離的病原。比如病毒、支原體、衣原體、軍團菌等。而僅僅針對痰培養可能致病菌的治療，可以考慮終止。
六、實際工作中影響痰培養病原檢出的因素
1．適應證：
邏輯上講，適應證越寬泛陽性率越低。如果心力衰竭、尿路出血患者都送檢痰培養，那陽性率必然低。所以嚴格控制適應證、控制分析前留取要求，會有痰標本量下降的現象[9]。
2．標本留取：
英國近期研究顯示，由經過嚴格培訓的護理人員深入輔助標本留取，送檢合格率會有顯著提高(40.5%升高到60.2%)[9]。由此可知，醫囑到位、專人輔助，會使得標本留取有顯著改善。
3．抗生素使用：
抗生素應用會使陽性率下降，這是業界常識。原則而言，應該在抗微生物藥物使用前留取微生物學檢查標本。近期美國研究顯示，對引起菌血癥的肺炎鏈球菌肺炎的痰標本，抗生素使用后10
h內留取痰標本，標本陽性率沒有顯著下降[10]。這個結果提示我們，最佳選擇是在抗微生物藥物使用前留取標本。如果沒有及時留取，用藥后10
h內留取也可以接受。
4．質量判斷：
普通痰培養之前需要進行質量判斷。有時候可能多達30%的標本不合格。如果不做質量判斷，或標準把握的寬松，則陽性率會下降。近期加拿大有文章對質量判斷標準進行研究。結果顯示，抽吸痰標本如果扁平鱗狀上皮細胞<10/低倍鏡視野，同時看見菌體則可能致病菌分離率在54%；如果未見菌體，則分離率僅有10%[11]。該結果提示我們菌體存在應該成為質量判斷標準的要素之一。
5．實驗室因素：
實驗室客觀條件、專業人員數量和素質，也會影響陽性率。這在國內尤其不樂觀。
七、痰培養分離株確定為病原后的臨床意義
培養分離病原是間接檢查，其不同于直接檢查之處在于可以基于分離的菌株進行進一步檢測。包括檢測藥物耐藥性[12]，為臨床經驗和靶向治療提供依據；檢測毒素判斷菌株毒性[13]；檢測型別判斷菌株同源性等。這是臨床微生物學不同于其他檢驗醫學分支的地方，別具特色，深為臨床關注。
綜上，痰細菌培養是肺炎病原學診斷的諸多檢查之一，而非唯一；肺炎臨床診斷成立是痰培養的前提之一，不可忽略；痰細菌培養檢出致病菌，可以確診；痰細菌培養檢出可能致病菌，是極似診斷證據，重癥患者經驗治療無效時，需要覆蓋；痰細菌培養陰性預測值高，可以除外相應感染；一系列因素影響痰培養陽性率，具體工作要具體分析；分離株確定為病原后可以進行耐藥性等一系列間接檢查。
未來趨勢是以侵襲性手段采集標本為主，BALF會成為肺炎診斷的最常見標本。不過目前仍然是痰標本為主，所以對痰細菌培養與肺炎的關系加以厘清，仍具有一定的實際意義。