分子診斷:qPCR、二代測序NGS和數字PCR如何選？

qPCR通過熒光染料或熒光特異性探針，對PCR產物進行標記跟蹤，實時監控反應過程。每擴增一條DNA鏈，就有熒光染料分子結合到雙鏈DNA上或有熒光分子從探針上釋放，實現熒光信號的累積。由于熒光積累與PCR產物形成完全同步，可通過軟件對熒光積累信息進行分析和計算，獲得待測樣品模板的初始濃度。但是，qPCR只能夠通過標準曲線和標準品進行相對定量，無法做到精準絕對定量。

NGS可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定。在基因組水平上，NGS可進行從頭測序而獲得該物種的全長序列，為后續研究奠定基礎；對已知參考序列的物種，進行全基因組重測序可檢測新的突變位點，發現個體差異的分子基礎。在轉錄組水平上，NGS可進行全轉錄組測序，開展可變剪接、基因表達差異、新非編碼RNA分子發現等研究。NGS與染色質免疫共沉淀和甲基化DNA免疫共沉淀技術相結合，可檢測出與特定轉錄因子結合的DNA區域和基因組上的甲基化位點。NGS功能強大，適合用于探索篩選新的生物標志物，但是實驗操作較復雜，數據分析難度較大，檢測周期長，成本較高。

數字PCR是新興起來的一種核酸分子絕對定量技術。該技術可直接獲得DNA分子的拷貝數，實現起始樣品中核酸分子的絕對定量，且無需標準品或內標。數字PCR已經被廣泛應用到醫學、生物學等各個領域，如拷貝數變異、突變檢測、復雜來源樣品中低豐度核酸分子檢測、NGS數據驗證、miRNA等微小差異表達研究、單細胞基因表達分析等方面，在已知突變的癌癥分子標志物的檢測、傳染病病原體檢測、基因組三倍體分析和基因表達分析等領域展現了強大的優勢。

在實驗過程中，大家會有疑問：選擇哪種檢測技術才能更好的達到預期結果？通過突變檢測限、定量能力、操作簡易程度、檢測費用、適用場所、發現未知序列等方面進行比較，您或許會有自己的答案。