雖然MRI對患者沒有致命性的損傷，但還是給患者帶來了一些不適感。在MRI診斷前應當采取必要的措施，把這種負面影響降到最低限度。其缺點主要有：
1. 和CT一樣，MRI也是解剖性影像診斷，很多病變單憑核磁共振檢查仍難以確診，不像內窺鏡可同時獲得影像和病理兩方面的診斷；
2. 對肺部的檢查不優于X射線或CT檢查，對肝臟、胰腺、腎上腺、前列腺的檢查不比CT優越，但費用要高昂得多；
3. 對胃腸道的病變不如內窺鏡檢查；
4. 掃描時間長，空間分辨力不夠理想；
5. 由于強磁場的原因，MRI對諸如體內有磁金屬或起搏器的特殊病人不能適用。