凍干機全稱真空冷凍干燥機，按系統劃分，主要由真空系統、制冷系統、循環系統（加熱系統）和控制系統等四個主要部分組成。
根據用途劃分，凍干機分為制藥型凍干機和食品級凍干機，因此細分下，凍干機八大系統主要由制冷系統、真空系統、循環系統、控制系統、液壓系統、清洗系統、滅菌系統、化霜系統等組成。其中sip滅菌系統、cip清洗系統、液壓系統多用于制藥型凍干機。
1、制冷系統 由冷凍機與凍干箱內部的管道組成。冷凍機的功用是對凍干箱和冷凝器進行制冷, 以產生和維持它們工作時所需要的低溫。
2、真空系統對凍干箱體及冷阱抽真空。主要由凍干箱、冷凝器、管道和閥門、真空儀表和真空泵構成。
3、循環系統（加熱系統）為擱板提供冷熱源。由一系列冷卻和加熱換熱器組成，導熱介質由循環泵提供動力，部件通過AISI304不銹鋼管道連接，導熱介質通過擱板與產品間實現熱交換。
4、控制系統控制凍干機運行及工藝設定。所有需要控制和調節的儀器都安裝在兩個各自獨立的柜子中：電氣柜用于電氣系統，控制柜用于儀表和控制系統。
5、液壓系統主要用在凍干結束時將瓶塞壓入瓶口，例如西林瓶藥品凍干粉。
6、清洗系統在線清洗系統(CIP)用于凍干箱及冷阱在凍干結束后的清洗。
7、滅菌系統在線滅菌系統（SIP）用于凍干箱及冷阱凍干操作前后的滅菌。
8、化霜系統凍干結束，對捕水阱進行化霜，才可以進行下一次凍干操作。常見化霜方式分為蒸汽化霜和水浴化霜兩種。