農桿菌的Ti質粒可以作為載體。Ti質粒上有兩個區域，一個是T-DNA區，這是能夠轉移并整合進植物受體的區段；另一個是Vir區，它編碼實現質粒轉移所需的蛋白質。將待轉化的外源基因先克隆在大腸桿菌質粒上，然后將此質粒轉入不會引起冠癭瘤的農桿菌（這種菌的Ti質粒已除去了T-DNA），使外源基因通過同源重組整合在Ti質粒上；然后用帶有外源基因的這種農桿菌去轉化植物細胞，將外源基因轉入植物細胞的基因組。
