[1]長的反義RNA并不一定比短的反義RNA更為有效；
[2]在原核生物中針對SD序列及其附近區域的反義RNA可能更有效；
[3]在真核生物中，對應于5'端非編碼區的反義RNA可能比針對編碼區的反義RNA更有效；
[4]盡量避免在反義RNA分子中出現自我互補的二級結構；
[5]設計的反義RNA分子中不應有AUG或開放讀框，否則該反義RNA亦會與核糖體結合而影響其與靶mRNA的配對結合；
[6]進一步還可以將帶有ribozyme結構的RNA連在反義RNA的3'端尾上，當反義RNA與靶mRNA雜交后，即可利用其酶活性來降解靶mRNA。