卵巢巧克力囊腫診斷明確后，可根據囊腫大小、痛經癥狀嚴重程度、是否要求生育等，選擇相應的藥物治療。
（1）高效孕激素 單純高效孕激素治療可抑制子宮內膜增生，使異位的宮內膜萎縮，患者出現停經。一般采用甲羥孕酮、炔諾孕酮（18-甲基炔諾酮）等。治療期間如出現突破性陰道出血，可加少量雌激素，如炔雌醇。
（2）達那唑（Danazol） 是一種人工合成的17α-乙炔睪酮衍生物，具有輕度雄激素活性。它通過抑制垂體促性腺激素的合成與分泌，抑制卵泡的發育，使血漿雌激素水平降低。同時，它還可能與雌激素受體結合，導致子宮內膜和異位的子宮內膜萎縮，患者出現閉經，因而又稱此種治療為假絕經療法。推測達那唑還可能通過凈化盆腔內環境，減少自身抗體的產生，從而提高受孕能力。治療后的妊娠率為30%～50%。若1年內未妊娠，其復發率為23%～30%。治療期間需定期檢查肝功能，如發現異常，應及時停藥。一般在停藥2～3周后肝功能可恢復正常。
（3）孕三烯酮（18-甲基三烯炔諾酮） 為19-去甲睪酮的衍生物，作用機制與達那唑相似，但雄激素作用較弱。由于它在體內的半衰期較長，故不必每天服藥。治療后的妊娠率與達那唑相近，但不良反應較輕，較少出現肝臟損害，停藥后的復發率亦較高，有報道停藥1年的復發率為25%。
（4）促性腺激素釋放激素動劑（GnRH-a） 是人工合成的10肽類化合物，其作用與垂體促性腺激素釋放激素（GnRH）相同，但其活性比GnRH強50～100倍。持續給予GnRH-a后，垂體的GnRH受體將被耗盡而呈現降調節作用，使促性腺激素分泌減少、卵巢功能明顯受抑制而閉經，體內雌激素水平極低，故一般稱之為“藥物性卵巢切除”。GnRH-a有皮下注射、肌注和鼻腔噴霧多種劑型。大多數患者于開始治療的8周內停經，末次注射后的2～3個月內月經恢復。為預防低雌激素血癥和骨質疏松，可采用反加療法，即在GnRH-a治療期間，加小量雌激素。有報道血漿E2水平控制在110.1pmol/L～165.2pmol/L，既可防止骨質疏松，又不致影響GnRH-a的療效。