90%以上腸結核是由人型結核分枝桿菌引起的，少數可由牛型結核分枝桿菌引起。結核分枝桿菌引起腸道感染的途徑主要有腸源性、血源性和直接蔓延。
1.腸源性
結核分枝桿菌主要經口傳染而侵入腸道，患者常為開放性肺結核，由于吞咽了自身含有結核分枝桿菌的痰液而致病。或者經常與開放性肺結核病人一同進餐，缺乏必要的消毒隔離措施從而致病。少數情況下飲用未經消毒的含有結核分枝桿菌的牛奶或乳制品也可引起原發性腸結核。這是因為：正常生理情況下腸內容物通過回盲部括約肌之前滯留于回腸末端時間較長。此外，結腸近端常有反蠕動，使腸道內容物在盲腸停留時間更久。這樣結核分枝桿菌與腸道黏膜接觸機會多，增加了腸黏膜的感染機會。回盲部有豐富的淋巴組織，而結核分枝桿菌容易侵犯淋巴組織。
2.血源性粟粒型結核時
結核分枝桿菌可經血行播散而引起腸結核。
3.直接蔓延腹腔內結核病灶
如女性生殖器官結核和腎結核直接蔓延可引起腸結核。