最初由山中伸彌團隊發現的iPS細胞制備（誘導）方法是以通過慢病毒載體轉入數個轉錄因子為核心，在導入四種轉錄因子后，小鼠的成纖維細胞經過一定時間就會轉變為狀態類似于胚胎干細胞的iPS細胞。
使用這種方法制備iPS細胞，首先需要一個特殊的轉基因小鼠品系。這種轉基因小鼠的Fbx15基因下游轉入了一個βgeo元件。該元件由β-半乳糖苷酶基因和新霉素抗性基因（NeoR）融合而成。如果基因表達環境與胚胎干細胞相似，Fbx15基因就會表達。而在一般的成體細胞中，Fbx15基因表達處于關閉狀態。對這種品系的轉基因小鼠來說，細胞如果處于一種與胚胎干細胞相似的狀態，Fbx15基因下游的βgeo元件也隨Fbx15基因會一同表達，βgeo元件中的NeoR基因會使這種細胞獲得對藥物G-418的抗性，而一般的體細胞仍然對G-418敏感。加入G-418后，對G-418敏感的成體細胞會死亡，而與胚胎干細胞狀態相似的細胞因具有G-418抗性，會在篩選中存活[1][12]。
后續實驗用到的小鼠胚胎成纖維細胞（MEF）或尾尖成纖維細胞（TTF）均來自上述的轉基因小鼠品系。在得到該品系小鼠的成纖維細胞后，需要制備分別含有Oct4、Sox2、c-Myc、Klf4基因的四種慢病毒載體。之后，再用這四種慢病毒載體感染成纖維細胞。用于實驗的成纖維細胞已與有G-418抗性的胚胎干細胞飼養層細胞混合，以維持可能會在后續實驗中產生的iPS細胞的干性。如果感染成功，這四種基因就會在成體細胞中表達。感染后，需要將細胞培養基更換為含有G-418的胚胎干細胞培養基。細胞如果回到類似胚胎干細胞的狀態，會因NeoR基因的表達于含G-418的培養基中存活，而未回到類似胚胎干細胞狀態的成纖維細胞會死亡。飼養層細胞因帶有G-418抗性，也會在這個過程中存活。經過7天左右，可以觀察到有細胞形成類似胚胎干細胞的細胞集落，這些細胞就是誘導產生的iPS細胞。再經過一段時間的生長，待細胞集落足夠大時，即可挑選合適的集落進行轉移，經過多代培養后形成穩定的iPS細胞系。
在山中伸彌于2006年發表關于iPS誘導技術的文章后，2007年，研究人員成功將iPS技術應用于人成體細胞，制得人源性的iPS細胞，方法與山中伸彌團隊的制備方法有少許不同。其后，研究人員又先后成功制備了山羊、綿羊、大鼠、豬、貓、兔、狗、狼等哺乳動物的iPS細胞[4]。同時，亦發現除成纖維細胞外，其他類型的成體細胞以及成體干細胞均可以重編程為iPS細胞。不過，不同細胞重編程到iPS細胞的效率存在差異。一般來說，分化程度越低的細胞越容易被重編程為iPS細胞。同時，研究人員也對重編程的方法進行了一定改良。比如，已有使用腺相關病毒載體感染、質粒載體轉染、脂質粒轉入等非基因組整合技術為核心的重編程方法。亦有研究表明，只通過轉入特定miRNA（微干擾RNA）就可以使細胞重編程為iPS細胞。將成體細胞與胚胎干細胞的細胞質融合，也可以使其重編程為iPS細胞。只通過加入多種小分子藥物的混合物，亦可達到將成體細胞重編程為iPS細胞的目的。一些實驗結果表明，通過改變轉入的轉錄因子等方法，可以在一定程度上提高iPS的重編程效率。