低分子肝素（LMWH）是普通肝素酶解或化學降解的產物，抗凝作用與普通肝素大致相同，由于分子量小（平均分子量4500道爾頓），其抗Xa和抗IIa活性比例增加，對于和血小板結合了的因子Xa亦有抑制作用，因而抗血栓形成作用更加明顯。LMWH與血漿蛋白非特異性結合力較低，因而生物利用度較高，半衰期較長，抗凝效果呈明顯的劑效關系，皮下注射吸良好，幾乎為100%。以下是ACCP7關于低分子肝素的推薦：
對于NSTE-ACS患者，推薦應用低分子肝素替代普通肝素 (Grade 1B)
推薦不需要常規監測低分子肝素的抗凝效果 (Grade 1C)
對于已經接受了低分子肝素抗凝的NSTE-ACS的患者，建議在PCI術中繼續應用低分子肝素抗凝 (Grade 2C)
對于已經接受了GP IIb/IIIa受體拮抗劑治療的NSTE-ACS的患者，建議低分子肝素替代普通肝素進行抗凝治療 (Grade 2B)
從薈萃分析中可以看到當前標準的抗血栓治療是普通肝素（UFH）和阿司匹林。然而，LMWH比UFH在實踐和臨床上更具有利之處，可以考慮為ACS內科治療以及正準備進行手術介入治療的有效的替代方法。可明顯減少急性冠脈綜合征30d死亡率和復合性心臟事件發生。