1.急性細菌性痢疾
（1）一般治療隔離、臥床休息、半流質易消化飲食。
（2）支持和對癥治療退熱、止吐以及止痙藥緩解腹痛等，另外應該按脫水程度給予液體療法。
（3）抗菌治療近年來對氨芐西林、慶大霉素等耐藥的痢疾桿菌菌株日益增多，最好根據藥敏試驗選用抗生素，可選用阿米卡星、第三代頭孢菌素、含酶抑制劑的第三代頭孢菌素或碳青霉烯類等藥物。
2.中毒性菌痢
（1）降溫止驚可綜合使用物理、藥物降溫或亞冬眠療法。驚厥不止者，可用地西泮肌內注射或靜脈注射；或用水合氯醛保留灌腸；或肌注苯巴比妥鈉。
（2）抗休克治療擴充血容量，糾正酸中毒，維持水與電解質平衡，改善微循環。
（3）防治腦水腫和呼吸衰竭保持呼吸道通暢，給氧。首選20%甘露醇降顱壓，每6～8小時一次，療程3～5天，或與利尿劑交替使用，可短期靜脈推注地塞米松，劑量同上。若出現呼吸衰竭應及早使用呼吸機。
（4）抗菌治療同急性細菌性痢疾。
3.慢性菌痢
（1）一般治療適當休息，生活規律，避免過饑過飽，以少渣易消化的食物為主。
（2）抗菌治療選用藥物見急性細菌性痢疾，采用間歇療法（7,4,4,4,4），即用藥7天，停4天，再用4天，停4天，再用4天，總療程23天。若大便次數不多，但性質不正常者，有黏液膿血便，或細菌培養陽性，可選用中西藥保留灌腸。
（3）對癥、支持治療如補充多種維生素、糾正營養不良性貧血等。
（4）微生態療法雙歧桿菌制劑等。
（5）腸黏膜保護劑如蒙脫石散、谷氨酰胺等。
（6）中藥辨證施治。