有人將骨髓穿刺誤認為“抽脊髓”，即腰椎穿刺，抽取腦脊液，以為這可引起截癱。實際上二者不是一回事，穿刺的部位完全不同。腰椎穿刺的部位是脊柱（大脊梁骨）的腰部，即從腰椎骨的間隙進針。實際上只要掌握要領，規范操作，在絕大多數情況下也都是非常安全的。
骨髓穿刺最常遇到的問題是“取材不滿意”，最多的原因是穿刺針未真正進入骨髓腔，所抽取的內容實為附近組織血管內的血液，或雖進入骨髓腔，但抽取內容物過多，即將骨髓腔內血管損傷，使血管內的外周血液和骨髓液混合，造成骨髓液的“稀釋”，俗稱“混血”。上述2種情況造成涂片在顯微鏡下觀察時就猶如血涂片的成分。只要穿刺的操作者掌握要領，包括正確定位、保證穿刺針在骨髓腔內，以及抽取內容物勿過多混血，同時患者在良好的麻醉下，克服恐懼心態，配合操作，絕大多數骨髓穿刺都能順利完成，并且十分安全。真正發生麻醉意外（過敏）、局部出血、感染等并發癥是十分少見的。