所謂重疊基因（overlapping gene）是指兩個或兩個以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成為兩個或兩個以上基因的組成部分。重疊基因有多種重疊方式。例如，大基因內包含小基因；前后兩個基因首尾重疊一個或兩個核苷酸；幾個基因的重疊，幾個基因有一段核苷酸序列重疊在一起，等等。重疊基因中不僅有編碼序列也有調控序列，說明基因的重疊不僅是為了節約堿基，能經濟和有效地利用DNA遺傳信息量，更重要的可能是參與對基因的調控。
