內分泌學說
內分泌學說主張者認為病變范圍包括腦下垂體、卵巢、甲狀腺及腎上腺等。
病毒學說
病毒學說認為某種病毒作為誘因而觸發易感機體，Takabashi曾將原田病患者的玻璃體抽出注入兔腦池中，誘發視神經炎、葡萄膜炎。另有學者推測葡萄膜色素細胞變形是由“親色素細胞病毒”引起的。日本學者濱田、田上通過觀察患者的末梢血中淋巴細胞的動態發現淋巴細胞增高，白細胞核形左移及色素細胞與淋巴細胞的關系。
免疫學說
色素膜腦膜腦炎可能是細胞免疫和體液免疫共同作用而致病。
這種損傷是由淋巴細胞介導的。實驗證實，本病病人的淋巴細胞受黑色素細胞表面抗原致敏，致敏的淋巴細胞是把黑色素作為靶細胞來進行攻擊的。也就是說，黑色素細胞既是免疫反應的抗原，也是受致敏淋巴細胞攻擊而遭受破壞的靶細胞。現已從病人體內檢出針對色素膜各種成分的抗體，其中最重要的抗體是針對黑色素細胞表面抗原抗體。該抗體是通過抗依賴性細胞介導的細胞毒性作用機制來破壞黑色素細胞，說明它是通過體液免疫而引起的自身免疫。
杉浦清治認為，本病是一種黑色素細胞特異性自身免疫性疾病。誘發這種自身免疫的抗原位于黑色素細胞表面。在正常人，由于抗體免疫監視系統起作用，所以免疫活性細胞不發生對自身黑色素細胞的免疫攻擊作用，此種狀態稱為免疫耐受性。而患本病時，可能由于以下兩種因素終止了這種對自身黑色素細胞的免疫耐受性：①免疫監視系統功能原發性障礙；②黑色素細胞發生了某種變化，使細胞表面的抗原性受到修飾。
現已知許多自身免疫病與人類白細胞抗原（HLA）密切相關。杉浦清治檢測了一組病人的HLA-A、B、D位點抗原，結果HLA-BW54抗原的頻率為45.2%，對照組為13.2%；LD-Wa抗原為66.7%，對照組為16%；HLA-BW54的相對危險率為4.9，LD-Wa為10.5，即攜帶這兩種抗原的發病率分別是不攜帶者的4.9倍和10.5倍。HLA-BW54、LD-Wa分別為HLA-B、D位點抗原，白人中無這兩種抗原，因而被認為是遠東地區人所特有的抗原。本病多見于日本和東方人，而少見于歐美白人，這也說明本病與免疫遺傳學密切相關。Ohno也證實本病病人DR4及MT3的相對危險率分別較對照增加15.2倍和74.5倍。本病與其他自身免疫病一樣，也是與HLA-D（DR）位點抗原（MT3）有密切相關作用的。經檢測D（DR）位點抗原的所有病例，其MT3均為陽性，從而表明本病與免疫遺傳學因素極為相關。DR4及MT3也是日本人和遠東人所特有的抗原。色素膜腦膜腦炎與HLA的相關作用見。