主要原則是避免長時間空腹，減少長鏈脂肪酸的攝入，補充中鏈甘油三酯，并對癥治療。
1.避免空腹
嬰幼兒期需頻繁喂養，是一種簡單有效的措施，為機體提供足夠的能量，防止過多的脂肪分解，避免長鏈脂肪酸和酰基肉堿蓄積引起毒性損害。新生兒患者一般間隔3小時喂奶1次；6個月以下嬰兒間隔4小時喂奶1次；6～12個月嬰兒夜間可間隔6～8小時喂奶；1～7歲的兒童白天進食間隔不超過4小時，夜間可延長10小時進食；而成人進食間隔不超過8小時為宜。夜間或緊張時補充生玉米淀粉，可加強對空腹的耐受能力。
2.合理飲食，補充中鏈甘油三酯
飲食結構應以碳水化合物為主，減少脂肪尤其是長鏈脂肪酸攝入，但必須保證必需脂肪酸的攝入，同時要提供足夠的蛋白質、維生素等營養素。1歲以內患兒宜選用最富含中鏈甘油三酯的配方奶，可逆轉心肌病型患者的心肌病理改變。
3.補充左卡尼汀
對于合并繼發性肉堿缺乏癥的患者，需小劑量補充左卡尼汀，將血液游離肉堿水平維持在正常范圍，改善患者的心功能，穩定代謝狀況。但是左卡尼汀不宜過量，以免長鏈酰基肉堿過度生成和蓄積，導致毒性損害。
4.對癥治療
（1）出現低血糖癥狀時，立即給予含糖飲料、葡萄糖水等含糖食物。進食困難時及時靜脈滴注葡萄糖，以糾正低血糖。
（2）對合并心肌損害的患者，選擇合適的抗心律失常藥治療心律失常。
（3）補充水分、堿化尿液以保護腎功能，治療橫紋肌溶解。