外科手術已較少應用于肺結核治療。對大于3cm的結核球與肺癌難以鑒別時，復治的單側纖維厚壁空洞、長期內科治療未能使痰菌陰轉者，或單側的毀損肺伴支氣管擴張、已喪失功能并有反復咯血或繼發感染者，可做肺葉或全肺切除。結核性膿胸和（或）支氣管胸膜瘺經內科治療無效且伴同側活動性肺結核時，宜作肺葉－胸膜切除術。手術治療禁忌證有：支氣管粘膜活動性結核病變，而又不在切除范圍之內者；全身情況差或有明顯心、肺、肝、腎功能不全者。
