P53基因在人類、猴、雞和鼠等動物中相繼發現后，對其進行了基因定位，人類 P53基因定位于17P13.1，鼠P53定位于11號染色體，并在14號染色體上發現無功能的假基因，進化程度迥異的動物中，P53有異常相似的基因結構，約20Kb長，都由11個 外顯子和10個內含子組成，第1個外顯子不編碼，外顯子2、4、5、7、8、分別編碼5 個進化上高度保守的結構域，P53基因5個高度保守區即第13～19、117～142、171～19 2、236～258、270～286編碼區.P53基因轉錄成2.5KbmRNA，編碼393個氨基酸蛋白， 分子量為53KD，P53基因的表達至少受轉錄及轉錄后二種水平的調控.在停止生長或非 轉化細胞中P53mRNA水平很低，但刺激胞液后mRNA顯著增加.持續生長的細胞，其mRNA 水平不隨細胞周期而出現明顯變化，但經誘導分化后mRNA水平降低，部分是轉錄后調 控.P53基因的轉錄由P1、P2二個啟動子控制.P1啟動子位于第一外顯子上游100～250bp， P2位于第一內含子內，在啟動子中包含1個NF1蛋白結合位點和一個轉錄因子AP1相關 蛋白的結合位點，對正常P53基因的轉錄，不僅需要二個啟動子的平衡作用，而且P53 基因內含子也起作用，如內含子中有正調控作用，其調控有組織特異性. P53 基因位于人類17號染色體含11 個外顯子，其轉錄翻譯編碼的野生型P53 蛋白由393個氨基酸殘基組成，包含多個功能域。N-末端的轉錄激活結構域(activtiondomain, AD）AD1,AD2位于氨基酸1-50位，與通用轉錄因子TF11D 結合而發揮轉錄激活功能。TF11D 是由TBP（TATAbinding protain)和TAF(TBP associatedfactor)結合而成的復合物，P53與TF11D中的TAF結合，作用于下游基因啟動子中的TATA box ，達到轉錄激活功能。P53基因生長抑制結構域位于氨基酸65-90 位，富含脯氨酸，含5重復的pxxp序列，可與含SH3 結構域的蛋白質相互作用，將P53與信息傳遞途徑連接起來。
P53 基因還有：序列特異的DNA結合結構域，位于氨基酸100-300位間；核定位信號NLS位于氨基酸殘基316-325；四聚體寡聚化結構域，定位于氨基酸殘基334-356；C-末端非專一DNA調節結構域，同時在碰到DNA損傷時，P53 可能補充其它蛋白質到損傷部位，提供DNA損傷信號。P53 與DNA的結合能力并非特異性地與DNA 結合，參與核心區與DNA 結合的別構調節，同時在碰到DNA損傷時，P53可能補充其他蛋白質到損傷部位，提供DNA損傷信號。