眾所周知,腸道疾病通常難以診斷,不過,我們可以嘗試使用計算方法來加深了解,而不是試圖了解個體癥狀或單獨某個基因的作用。
近日,Korcsmaros組織開創了實驗和計算相結合的研發管線,從而揭示哪些基因是腸道中重要的“主要調控因子”,以及哪些基因與IBD相關的基因重疊,這為在IBD中進行研究提供了新的視角。
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要想完成這一設想,很大程度上需要我們觀察腸道中的細胞。 Paneth細胞釋放抗菌肽以保護腸道免受病原體侵害,杯狀細胞釋放粘液以形成保護性屏障。其功能失調與IBD等疾病有關。
最近一種被稱為“類器官”的模型,是通過從小鼠或患者中培養出干細胞,以制作腸道的模型,然后可以探索不同療法的效果,從而開辟了精密醫學的途徑。
還可以對這些類器官進行修飾,以研究系統中不同細胞類型的相對重要性,并探索健康或患病細胞中不同基因之間的相互作用。
研究作者,博士生Agatha Treveil認為:“基于我們的轉錄組學分析,我們看到靶向細胞類型的明顯增加,這與我們使用類器官時所期望的一樣。”相關結果發表在《Molecular Omics》雜志上。
從本質上講,我們可以標記調節其他基因的基因-特別強調那些調節許多過程的基因,這些基因對于杯狀細胞和Paneth細胞功能都很重要。這些基因中有許多同時參與炎癥和IBD的發生,既證實了Paneth細胞在IBD中的重要作用,又開辟了另一條途徑來了解這一疾病。
Agatha Treveil說道:“這是建立研發管線以更好地了解腸道中起作用的基因網絡的開創性一步。這使我們能夠設計新的實驗來進一步探索與IBD相關的過程。”
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