英國科學家找到檢測癌癥新突變特征

　　一個英國研究小組通過分析腫瘤和匹配的正常序列數據，檢測到一系列新的突變特征，這些數據代表了通過基因組學英格蘭 100,000 基因組計劃 (100kGP) 分析的各種癌癥類型。

　　正如他們周四在《科學》雜志上報道的那樣，研究人員擁有超過 15,800 個匹配的 100kGP 腫瘤和正常樣本的全基因組序列數據，這些樣本來自通過英國國家衛生服務基因組醫學中心登記的患者，重點關注來自 12,222 個前瞻性收集的基因組學的序列來自 11,585 名參與者的 19 種癌癥類型的英格蘭腫瘤。

　　他們還考慮了通過國際癌癥基因組聯盟分析的另外 3,001 個病例的基因組序列數據和由 Hartwig 醫學基金會評估的 3,417 個轉移性癌癥病例的基因組序列數據。

　　在用于識別體細胞突變的生物信息學管道的幫助下，該團隊追蹤并分析了來自所考慮的每個受影響位點的腫瘤中數億個 DNA 序列替換、小插入或缺失和重排，發現了 82 個單堿基替換突變標記和 27 個在腫瘤中具有一定頻率范圍的雙堿基替換標記。

　　“每種癌癥都有數千個突變，我們擁有前所未有的能力來尋找 NHS 患者的共性和差異，在此過程中，我們發現了 58 個新的突變特征并拓寬了我們對癌癥的認識，”第一作者、醫學遺傳學研究員 Andrea Degasperi劍橋大學臨床醫學院及其早期癌癥研究所在一份聲明中說。

　　研究人員解釋說，其中包括以前未報告的 40 個以單堿基取代為標志的突變特征，以及 18 個涉及雙堿基取代的新突變特征。總之，這些突變特征反映了從過去暴露于誘變劑（如吸煙、紫外線、鉑化療或馬兜鈴酸）到 DNA 修復或其他細胞過程中的內源性錯誤的一切。

　　突變特征還提供了反映腫瘤起源組織的常見和更罕見的特征。雖然在所考慮的隊列中出現了一組核心的常見突變特征，但該團隊指出，增加樣本量可以促進對相對罕見的突變特征的檢測。

　　此外，突變特征提供了特定于腫瘤起源部位的見解，盡管有一些共同的突變貢獻者。作者指出，在 100kGP、ICGC 和 Hartwig 醫學基金會隊列中代表的 16 種組織類型中，“來自不同隊列中同一器官的特征比其他組織類型中的特征更相似，提供了令人放心的證據表明突變特征在每個器官中都具有高度可重復性，具有組織特異性，并且無論測序平臺或突變調用算法如何都可以檢測到。”

　　他們認為檢測突變特征的能力可能有助于開發尚未開發的治療目標、治療策略和疾病管理選項，從而促進開發一種新的“特征擬合多步”（FitMS）算法，以可靠地發現腫瘤中的突變特征— 一種在 100 個模擬基因組序列中測試的方法，其中包含在乳腺癌中發現的幾種常見或罕見的單堿基替換特征。

　　該研究的資深作者，隸屬于劍橋大學和劍橋大學醫院的基因組醫學和生物信息學研究員 Serena Nik-Zainal 指出，突變特征“可以突出可能被特定藥物靶向的異常情況，或者可能表明潛在的‘阿喀琉斯之踵’ ’在個別癌癥中。”