3.與線性DNA相比，ecDNA擴增導致的ai基因轉錄水平更高
環狀ecDNA擴增的轉錄結果發現，在所有擴增子類別中觀察到DNA CN和ai基因表達水平高度明顯相關(圖3a)。然而，DNA
CN歸一化后，環狀擴增子上的ai基因表達明顯高于非環狀擴增子。轉錄活性中不依賴于CN的增加現象可能部分是因為增強子劫持機制和ecDNA上染色質可及性提高。為了比較環狀擴增和非環狀區域之間控制基因表達的表觀遺傳機制，采用36個樣本(ATAC-seq)圖譜分析了轉座酶可達染色質的重疊分析。經DNA
CN水平校正后，環狀和BFB擴增子的染色質明顯比重排列和線性擴增子更容易接近(圖3b)，因此，增加的染色質可及性在ecDNAai基因的失調中扮演了一個重要的角色。與非環狀擴增相比，環狀擴增的轉錄子融合頻率增加了5倍(圖3c)。我們觀察到圍繞環狀擴增子結構的DNA
CN，RNA表達和染色質可及性的聚集(圖3d)。
圖 3 不同類型擴增子的基因表達和染色質可及性
4.攜帶ecDNA的ai癥患者生存期更短
通過臨床數據分析發現，與非環狀或無擴增的腫 瘤相比，含有ecDNA擴增的腫 瘤患者的5年生存率明顯更差(Fig. 4a)，并且環狀擴增子在惡性腫
瘤如膠質母細胞瘤中更為普遍。文章通過擬合了Cox比例風險模型說明與疾病亞型相關的生存率，該模型在控制了疾病亞型后測試生存率。模型顯示，攜帶圓形擴增子的腫
瘤患者的危險比明顯更高(圖4b)。這些發現暗示染色體外DNA擴增與惡性腫 瘤的侵襲性行為有關，可能是通過為腫 瘤提供額外的途徑來繞過治
療和其他進化瓶頸。
圖 4 環型擴增子與不良預后相關
總結
本文作者通過提供的數據分析，發現環狀ecDNA在ai癥中發揮關鍵作用，環狀ecDNA為實現和維持高拷貝ai基因擴增和多樣性，同時驅動染色質可達性增強和ai基因轉錄升高。這種擴增機制在很大一部分人類ai癥中起作用，并對患者預后產生負面影響，與ai癥譜系無關。結果展示了ecDNA在ai癥中的應用。考慮到ai癥的異質性，可以肯定不同類型的ai癥之間存在ecDNA結構和行為的多樣性。進一步的研究將有助于更好地理解產生包括ecDNA在內的基因組重排的機制，如深入研究跨ai癥的復雜結構變異的模式。本文在ai癥基因組學和廣 泛的患者群體實用性之間建立聯系，發現人類ai癥中ecDNA進行診斷或治 療的潛力。
云序生物eccDNA測序
eccDNA測序（別名：Circle-Seq﹑環狀DNA測序）是eccDNA檢測利器，可以高通量地對各種物種樣本當中檢測樣品中的所有eccDNA，具有檢出率高﹑準確性好等優點。云序生物eccDNA測序采用多種方法高效地富集和擴增eccDNA，簡述如下：首先，利用離子交換柱高效富集基因組DNA中的eccDNA，然后利用核酸酶進一步對富集的eccDNA進行消化除去殘余線性DNA。富集純化后，通過滾環擴增獲得大量的eccDNA拷貝，再利用NGS測序高通量地檢測樣品中所有的環狀DNA分子。嚴謹的實驗流程，極大地提高了eccDNA的檢出率和檢測靈敏度。通過嚴謹的eccDNA生信流程，實現了對eccDNA準確的識別和詳細的基因注釋，快速找到ai癥、腫
瘤等疾病機理研究和診斷的靶向eccDNA。
云序生物eccDNA測序實驗示意圖