植物病原體的生命之樹

　　一個開創性的植物病原體在線資源已經被開發出來，旨在幫助全世界的研究人員識別、檢測和監測嗜酸菌的種類。這些病原體引起了各種植物疾病，從19世紀40年代災難性的愛爾蘭土豆饑荒到正在影響西海岸橡樹的橡樹猝死。

　　這個創新的病原體"生命之樹"提供了超過192個官方認可的物種的廣泛信息，如它們的進化史和群體內的相互關系。此外，它還包括30多個非正式確認的分類群。該工具納入了來自每個物種基因組內多個位置的基因序列數據，以及每個物種的全球位置、它們的植物宿主以及病原體居住在宿主植物內或宿主植物上的位置等關鍵細節。

　　北卡羅來納州立大學植物病理學William Neal Reynolds特聘教授Jean Ristaino說："我們正在利用我的同事Ignazio Carbone開發的基于樹的排列選擇器（T-BAS）工具包，將所有已知的植物病菌物種放入一個活的'生命之樹'中，研究人員可以將新出現的威脅物種放入開放的樹中，并查看哪些群體正在擴大和演變"。他是PLOS ONE上描述該工具的論文的通訊作者。

　　來自智利的馬鈴薯植株展示了由Phytophthora引起的晚疫病的影響。資料來源：Jean Ristaino，北卡羅來納州立大學

　　這個新工具將使研究人員能夠實時更新植物疾病信息。

　　Ristaino說："預防疾病爆發的真正關鍵是在疾病爆發之前抓住信號，T-BAS可以作為疾病監測和弄清可能出現的下一個新品系的工具。研究人員可以查詢這個數據庫，該樹將納入新的物種"。他是北卡羅來納州新出現的植物疾病和全球食品安全集群的負責人。

　　Phytophthora屬的第一個物種，即"植物破壞者"，于1876年被描述和命名。噬菌體存在于空氣、土壤和水中，可以對糧食作物、觀賞植物和樹木造成疾病。

　　北卡羅來納州的博士生Allison Coomber說："自2000年以來，大約有150種新的嗜酸菌被鑒定出來，他和團隊一起開發了這個工具。"

　　"這是一個異常龐大的植物病原體物種數量，"Ristaino說。"許多Phytophthora物種具有廣泛的宿主范圍，因此它們可以在更廣泛的地區'移動'。"

　　Ristaino于2001年在《自然》雜志上發表了一篇論文，確定了造成愛爾蘭馬鈴薯歉收的Phytophthora infestans菌株，他希望最終能將物理地圖與T-BAS數據結合起來，以幫助在各州或國家之間提供更好的病原體監測。

　　Ristaino說："我們已經挖掘了所有已發表的關于Phytophthora的數據。合作和分享數據比保密要有意義得多"。

　　Ristaino補充說，Phytophthora T-BAS工具被放置在DeCIFR網絡門戶中，可通過北卡羅來納州的綜合真菌研究中心獲得，該中心探索真菌及其在農業、動物、環境和人類健康系統中發揮的作用。關于訪問該工具的進一步信息可以在Ristaino實驗室的網站上找到。