隨著現代免疫學的發展，已證明在高等動物和人體內存在一組復雜的免疫系統。它的生理功能主要是識別區分“自己”與“非已”成分，并能破壞和排斥“非已”成分，而對“自己”成分則能開成免疫耐受，不發生排斥反應，以維持機體的自身免疫穩定。
免疫系統是由免疫器官、免疫細胞和免疫分子組成。免疫器官根據它們的作用，可分為中樞免疫器官和周圍免疫器官。禽類的法氏囊（腔上囊)、哺乳類動物和人的胸腺和骨髓屬于中樞免疫器官。骨髓是干細胞和B細胞發育分化的場所，法氏囊是禽類B細胞發育分化的器官。胸腺是T細胞發育分化的器官。脾和全身淋巴結是周圍免疫器官，它們是成熟T和B細胞定居的部位，也是發生免疫應答的場所。此外，粘膜免疫系統和皮膚免疫系統也是重要的局部免疫組織。
免疫細胞的廣義的概念可包括造血干細胞、淋巴細胞系、單核吞噬細胞系、粒細胞系、紅細胞以及肥大細胞和血小板等。
免疫分子可包括免疫細胞膜分子，如抗原識別受體分子、分化抗原分子、主要組織相容性分子以及一些其它受體分子等。也包括由免疫細胞和非免疫細胞合面和分泌的分子，如免疫球蛋白分子、補體分子以及細胞因子等
。
表 免疫系統的組織結構
免疫器官 | 免疫細胞 | 免疫分子 | ||
中樞 | 周圍 | 膜型分子 | 分泌型分子 | |
| 法氏囊 （禽類) | 脾 淋巴結 | 干細胞系 淋巴細胞系 | T細胞抗原 識別受體（TCR) | 免疫球蛋白分子 （Ig分子) |
| 胸腺 | 粘膜免疫系統 | 單核吞細胞系 | B細胞抗原 識別受體（BCR) | 補體分子 （C分子) |
| 骨髓 | 皮膚免疫系統 | 其它免疫細胞 | 白細胞分化抗原（CD分子) 主要組織相容性分子（MHC分子) 其它受體分子 | 細胞因子（CKs) |
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