出人意料的非編碼RNA調控

　　為了將六英尺多的DNA塞進細胞核里，細胞將基因組緊緊纏繞在組蛋白核心上形成核小體，并最終將其包裝成緊密的染色質。DNA轉錄的時候需要打開核小體，而胚胎干細胞的染色質重塑復合體esBAF可以做到這一點。它不僅會打開需要轉錄的DNA，還暴露了促進轉錄的啟動子和增強子。

　　基因組測序研究最近顯示，增強子區域不僅能促進蛋白編碼基因的轉錄，還包含有非編碼RNA的腳本。雖然非編碼RNA一直很火，但人們對其調控機制并不了解，華盛頓大學的Toshio Tsukiyama說。

　　Tsukiyama曾經的學生Thomas Fazzio現在已經成為了麻省大學的助理教授。Fazzio希望了解增強子附近的核小體定位對非編碼RNA有何影響，“如果BAF在打開增強子區域中起到重要作用”，那它應該能促進這些區域的非編碼RNA轉錄。

　　Fazzio等人敲低了小鼠胚胎干細胞的esBAF，然后測序對RNA進行測序。令人意外的是，大約57,000個基因組區域的非編碼RNA以更高水平表達。不過這一現象并不存在于分化程度更高的小鼠胚胎成纖維細胞中。

　　為了深入探索這一意外發現，研究人員用酶在無核小體的區域切割DNA，然后通過測序來確定核小體的位置。他們發現，esBAF敲除細胞的增強子區域被核小體覆蓋，但兩側的核小體卻很少。這說明esBAF會增加增強子兩側的核小體占位（nucleosome occupancy）。

　　進一步研究表明，鎖住增強子兩側的核小體，就算不存在esBAF非編碼轉錄本也會受到抑制。“這項研究在哺乳動物細胞中展示，居然是核小體占位影響著非編碼RNA的調控，這令人影響深刻，”Tsukiyama評論道。

　　這項研究揭示了“染色質重塑復合體的復雜機制”，Stowers 醫學研究所的Swaminathan Venkatesh指出。“人們一直認為這種復合體是激活轉錄的，但現在看來它們可以抑制非編碼轉錄本。”

　　目前還不清楚這種非編碼轉錄本抑制對干細胞多能性有何意義。不過許多長非編碼RNA與細胞分化有關，“可以想見，在胚胎干細胞中抑制它們是可以防止細胞分化的，”Venkatesh說。