象腿蕉染色體級別基因組組裝研究獲進展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉類植物，原產于中國云南和東南亞地區，具有觀賞、飼用和藥用價值。中國科學院華南植物園教授John Seymour Heslop Harrison帶領的研究團隊，采用單分子納米孔、Illumina測序策略，結合染色體構像捕獲技術，發表了首個象腿蕉染色體級別的基因組序列，長度為481.5 Mbp，完整性較高（BUSCO 98.3%），注釋獲得36,836個編碼基因，重復序列約占基因組的55%。象腿蕉與芭蕉屬（Musa）代表物種的比較基因組學研究顯示，象腿蕉的長末端重復序列的組成及其插入時間，與芭蕉科其他物種均有差異，芭蕉屬比象腿蕉屬有更多Copia，象腿蕉LTR插入時間（峰值3.5-5 Mya）比芭蕉屬物種（峰值2 Mya）更古老；發現芭蕉科在9和11染色體基數進化過程中復雜多樣的染色體重組事件。該成果為蕉類作物保育和改良提供重要的基因組資源。 相關研究......閱讀全文
象腿蕉染色體級別基因組組裝研究獲進展
中國科學院華南植物園海外知名學者John Seymour Heslop Harrison教授領導的研究團隊，在象腿蕉染色體級別基因組組裝研究方面取得新進展。相關研究發表于Gigascience。王梓維為該文第一作者，John Seymour Heslop Harrison和劉青副研究員為通訊作者，華
象腿蕉染色體級別基因組組裝研究獲進展
象腿蕉（Ensete glaucum）是芭蕉科中耐寒的蕉類植物，原產于中國云南和東南亞地區，具有觀賞、飼用和藥用價值。中國科學院華南植物園教授John Seymour Heslop Harrison帶領的研究團隊，采用單分子納米孔、Illumina測序策略，結合染色體構像捕獲技術，發表了首個象腿蕉染
聚焦基因組組裝 至今最大組裝競賽尋找最優基因組指標
2013年7月23日，由華大基因和BioMed Cental聯合創辦的開放式期刊《GigaScience》發表了當前最大、最系統的基因組組裝過程及評價結果。在第二屆Assemblathon競賽中，共有21個團隊基于由三種不同的測序技術所得的鳥、魚和蛇的未組裝基因組數據，提交了43個組裝結果，
研究發現全新全基因組組裝方法
十年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 英國時間12月9日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 這篇論文只有兩位作者，
新軟件按需組裝無縫基因組序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日報北京2月16日電?（記者張夢然）美國國立衛生研究院研究人員發布了一種創新的軟件工具，用于組裝來自各種物種的真正完整（即無縫）的基因組序列。這種名為Verkko的軟件在芬蘭
《PLoS生物學》：乳齒象線粒體基因組測定完成
這的確有些不可思議。德國科學家利用一顆遠古牙齒化石，成功確定了乳齒象完整的線粒體基因組，這也是迄今為止科學家得到的最古老的線粒體基因組。該研究成果有望加深科學家對于象類分化的理解。相關論文發表在的7月24日的《PLoS生物學》上。?2800萬年前出現的乳齒象是現代大象的近親，它們大約有3米高，有和猛
基因組組裝可縮短至幾分鐘？
當今，研究人員通常依賴新一代測序儀，將獨特的DNA堿基序列（只有四個）翻譯成字母：A，G，C和T。而DNA鏈長達數十億個堿基，這些機器可產生非常短的讀數，一次大約50至300個字符。為了從這些字母中提取信息，科學家們需要重建基因組的位置——這個過程類似于重建一本書中文本片段的句子和段落。 但
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
中國農大玉米基因組組裝取得重大突破
玉米是一種重要的作物，具有高水平的基因組多樣性和雜種優勢。先前發布了典型雌性系B73的基因組序列。7月30日，中國農業大學教授賴錦盛研究組在Nature Genetics在線發表研究論文，報告了相應的雄性代表系Mo17的從頭基因組裝配。圖片源自網絡 B73/Mo17是許多遺傳和分子研究中最常見
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G