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    2月王牌聚焦:人體內微生物研究推陳出新

    近年來人體腸道微生物組成為了研究“新寵”,這方面研究主要聚焦于細菌,那么人體內的病毒,噬菌體呢?2月的系列進展也許能給出部分答案。 芝加哥洛約拉大學的一組研究人員分析來自181位女性患者膀胱中收集到的序列數據,從他們研究的200個細菌基因組中鑒定出大部分細菌都有的450多種可能的噬菌體序列。超過一半的這些病毒序列從未出現在任何數據庫中過,這表明它們可能是泌尿道特有的噬菌體。 作者表示,“這些噬菌體一次又一次地出現,在所有的微環境中,每次針對病毒群體的測序,提及的噬菌體都很少,此次發現了這么多噬菌體,這表明我們不知道的事情還很多。”大腸桿菌中分離出來的一種新型噬菌體的電子顯微照片。尾巴結構表明它屬于Myoviridae科。 “因為病毒組的研究很困難,因此我們對我們體內的病毒,以及它們與健康,疾病的關聯知之甚少。為了填補這方面的知識空白,做這些研究是非常重要的,”英國曼徹斯特大學的醫學微生物學家Chloe James(未參......閱讀全文

    Nature Biotechnology:噬菌體治療方法的微生態機制

      近些年,集約化農業發展中的不合理措施,如化肥農藥的持續過量投入以及經濟作物的單一連作等,導致土壤微生物群落結構嚴重失衡,生態功能急劇削弱。土壤養分周轉不暢、污染難以消解、土傳病害頻發就是土壤微生態失衡重要證據,這些也是農業資源與環境領域亟待解決的難題。  來自南京農業大學資源與環境科學學院沈其榮

    有史以來最大噬菌體被發現了

      病毒感染細菌,就像流感病毒感染人類一樣。  據加州大學伯克利分校的科學家們領導的一項最新研究顯示,在人體腸道中發現了一些所謂的最大噬菌體,它們周期性地破壞細菌,就像季節性流感爆發使人體處于低谷一樣。  這些“巨噬菌體”的基因組比普通噬菌體大10倍,比人類先前發現的任何噬菌體大兩倍,它們只存在于食

    CRISPR序列幫助理解噬菌體-宿主相互作用的演變歷史

      近日,一項刊登在國際雜志The ISME Journal上的研究報告中,來自美國能源部聯合基因組研究所的研究人員利用來自北加州鐵山公司的宏基因組數據庫和專門的工具,在CRISPRs的幫助下成功地在生態系統研究中將宿主和噬菌體進行了連接。未經培養的微生物和其噬菌體之間的相互作用可以影響局部生態系統

    鱷魚血和青蛙皮被認為是新一代抗生素來源

    據美國《探索》雜志報道,抗生素耐藥性威脅不能小看:世界衛生組織預測一些疾病的治療可能在未來10里會遭遇沒有效果的可怕后果,其中包括瘧疾、肺結核和肺炎。事實上,美國70%的醫療細菌感染每年導致9萬美國人死亡。據美國疾病控制與預防中心表示,這些醫療過程中感染的細菌至少耐一種消炎藥。為了避免人類面臨這樣的

    華中科大連發五文:發布lncRNA、泛素修飾等重要數據庫

      近年來,隨著“精準醫學”計劃的發布,如何有效整合海量的高異質性、高復雜性生物醫學大數據成為生命科學和醫學領域的重大命題和挑戰。  近日,華中科技大學生命科學與技術學院的“健康大數據”團隊陸續發表了5篇論文,公布了多個重要的數據庫,這些成果同期刊發在1月4日的Nucleic Acids Resea

    我們皮膚上存在大量病毒“暗物質”

      近年來,科學家們在微生物組研究中已經取得了較大的進展。現在,賓夕法尼亞大學的研究人員又將目光轉向了病毒組研究。他們發表在mBio雜志上的研究顯示,健康人類皮膚上的絕大多數DNA病毒是前所未見的,屬于病毒“暗物質”。  我們體內居住的細菌(微生物組)對身體健康和疾病發展起到了至關重要的影

    Brit J Pharmacol:噬菌體是對抗抗生素耐藥的最佳選擇嗎?

      噬菌體是能感染細菌并在其體內繁殖的病毒,它們在對抗抗生素耐藥和其它人類健康威脅上有相當大的潛力。如今,在噬菌體被發現的一百周年,一篇發表在British Journal of Pharmacology的綜述文章研究了將噬菌體發展為能促進健康且具有商業效益的生物藥所面臨的挑戰和機遇。  在這篇綜述

    P1噬菌體轉導試劑盒使用說明

    P1噬菌體轉導試劑盒產品說明書(中文版)主要用途P1噬菌體轉導試劑是一種旨在通過供體大腸桿菌制備具有部分細菌基因的噬菌體,感染特定受體大腸桿菌,獲得細菌之間基因片段的轉移,而獲得遺傳重組的權威而經典的技術方法。該技術經過精心研制、成功實驗證明的。其適用于通用型非特異性基因片段的轉導。產品嚴格無菌,即

    專家稱抗生素研發跑不贏耐藥菌 減弱研發動力

    研究人員檢查菌種 四川抗菌素工業研究所所長易八賢  國內現存唯一一家國家級抗生素工業研究所位于成都  因為“超級細菌”帶來的風暴,45歲的易八賢最近頗受關注。易八賢任所長的四川抗菌素工業研究所(以下簡稱研究所)與他本人同齡,45年來先后研發了100余種抗生素,是目前國內現存唯一的國

    BMC System Biology發布超大規模進化樹構建軟件

      中國科學院昆明動物研究所馬占山團隊與天津大學教授鄒權、廈門大學科研人員聯合發布了為千兆(GB)級基因序列數據構建進化樹的軟件HPTree。該軟件使用谷歌Hadoop并行技術和美國加利福尼亞大學伯克利分校Spark集群大數據技術作為并行處理平臺,利用計算機集群對基因序列大數據進行分割處理和整合,相

    昆明動物所等發布超大規模進化樹構建軟件

      近日,中國科學院昆明動物研究所馬占山團隊與天津大學教授鄒權、廈門大學科研人員聯合發布了為千兆(GB)級基因序列數據構建進化樹的軟件HPTree。該軟件使用谷歌Hadoop并行技術和美國加利福尼亞大學伯克利分校Spark集群大數據技術作為并行處理平臺,利用計算機集群對基因序列大數據進行分割處理和整

    噬菌體療法重出江湖,會是抗生素耐藥菌的新克星嗎?

      利用CRISPR改造的微生物使細菌的免疫應答攻擊其自身。  對病毒進行基因改造,使之引發細菌“自殺”,或許是對抗抗生素耐藥性感染的下一個手段。  根據上周在美國蒙大拿州舉行的2017年度CRISPR大會上的一份報告,多家公司已經利用CRISPR基因編輯系統改造了這類被稱為噬菌體的病毒,使之能夠殺

    CRISPR技術的前景因免疫反應而蒙上陰影

      通過基因組編輯來糾正異常,這個概念似乎簡單明了。幾十年來,科學家也一直嘗試用基因編輯來開展治療,獲得了不同程度的成功。最大的障礙來自基因導入系統,它往往使用病毒,具有一定的風險。圖片來源于網絡  2013年,研究人員首次利用CRISPR-Cas9系統來編輯哺乳動物細胞的基因組,對編輯發生的位置有

    “國際噬菌體協同創新中心”在大連理工大學揭牌

       日前,由中國微生物學會醫學微生物與免疫學專業委員會噬菌體學組主辦、大連理工大學承辦的第三屆噬菌體國際學術研討會在大連理工大學舉行。“國際噬菌體協同創新中心”正式揭牌。該中心以“為噬菌體科技創新高地提供動力”為使命,采取“產學研協同,區域協同,開放合作”的發展戰略。對凝聚國內外噬菌體領域研究開發

    后微生物組時代 首次發現人體特有的病毒組

      我們人體中的病毒會影響微生物群體的結構和行為,但是關于身體許多區域的噬菌體,也就是感染細菌的病毒,科學家們所知甚少。近期一組研究人員發現,在膀胱中整合進細菌基因組的是噬菌體要比細菌本身多得多,這項出乎人意料的研究發現公布在1月29日的the Journal of Bacteriology雜志上。

    測序污染有多危險,如何防范與去除?

      一些研究表明,目前已經公布的基因組存在多種污染,隨著這個問題越來越突出,我們需要找出方法來應對  Supratim Mukherjee在進行數據分析的時候,發現數以百計的微生物基因組中會重復出現同一種噬菌體序列,這令他感到很驚訝。這位來自勞倫斯伯克利國家實驗室的生物信息學家最開始是為了比對這些微

    測序污染有多危險,如何防范與去除[實驗手冊]

      一些研究表明,目前已經公布的基因組存在多種污染,隨著這個問題越來越突出,我們需要找出方法來應對  生物通報道:Supratim Mukherjee在進行數據分析的時候,發現數以百計的微生物基因組中會重復出現同一種噬菌體序列,這令他感到很驚訝。這位來自勞倫斯伯克利國家實驗室的生物信息學家最開始是為

    測序過程中出現“流氓基因”污染

      Supratim Mukherjee在進行數據分析的時候,發現數以百計的微生物基因組中會重復出現同一種噬菌體序列,這令他感到很驚訝。這位來自勞倫斯伯克利國家實驗室的生物信息學家最開始是為了比對這些微生物的代謝途徑,但后來他發現了幾乎無處不在的序列,“我以為我們發現了一些新的東西,”他回憶道,“在

    昆明動物所發布精準診斷一類疾病的核心使能技術

      近日,中國科學院昆明動物研究所馬占山團隊發布了兩項生物信息技術(算法和軟件),這兩項技術可用于精準診斷菌群相關疾病指標的研發,也可用于其它環境微生物群系監測的研究。其技術報告以The P/N (Positive-to-Negative Links) ratio in complex networ

    丹麥新發現 調節腸道微生物可治療糖尿病和肥胖

      丹麥科技大學的科學家日前確定了此前未知的500種人體腸道微生物以及多達800種能夠感染人體腸道細菌的病毒(噬菌體)。研究人員稱,該發現讓人們看到了人體腸道內此前從未見過的宏偉圖景。隨著更多的腸道微生物被發現以及各個菌落之前的關系被理清,未來科學家將有望通過增加或刪除某些細菌的方式來治療糖尿病、哮

    The scientist:近期最受關注的基因組測序 TOP4

      The scientist雜志集中盤點了近期最受關注的一些基因組測序成果,中國學者的草魚基因組測序格外引人注目。  種屬:猛犸象(Mammuthus primigenius)  基因組:~4 billion bp  研究人員從距今四萬多年的猛犸象殘骸提取DNA, 測序并組裝了迄今為止最完整的兩個

    抗生素無效時:古老病毒大戰超級細菌

      靜脈注射噬菌體后的 48 個小時之內,加州大學圣地亞哥醫學院教授托馬斯·帕特森緩緩睜開了眼睛。由于細菌感染,他已經昏迷了兩個月。他從枕頭上抬起頭來,認出了自己的女兒并吻了吻她的手。很快,帕特森的血壓開始穩定,白血球計數也開始下降。  噬菌體正通過他的血管,抵達他被感染的臟器,然后,干掉那些差點殺

    Nature子刊:制服“超級細菌”抗藥性的妙藥,來自動物糞便

      一類能專門殺死細菌的病毒——噬菌體,將來也許有一天會解決日益增長的超級細菌”感染問題。最近,貝勒醫學院(BCM)等機構的科學家們發現,噬菌體可以有效地減少小鼠體內的細菌水平,包括對多種抗生素抗性的“超級細菌”,從而顯著改善小鼠的健康。這一結果發表在《自然》子刊《Scientific Report

    “專性獵殺” “精準靶向”——噬菌體的強大之處遠不止如此

       噬菌體是環境中普遍存在的一類專門侵染細菌的病毒。此前,科學家對噬菌體能否抑制土壤中的病原菌不甚了解。  當地時間12月2日,《自然-生物技術》發表南京農業大學資源與環境科學學院最新研究成果。該成果揭示,噬菌體不僅可以“專性獵殺”和“精準靶向”土傳青枯病的病原菌,降低其生存競爭能力;同時還能夠重

    噬菌體的檢查及效價測定(一)

    一、目的:1. 了解噬菌體效價的含義及其測定原理。2. 學會檢查噬菌體的方法。3. 掌握用雙層瓊脂平板法測定噬菌體效價的操作技能。二、原理:噬菌體是一類專性寄生于細菌和放線菌等微生物的病毒,其個體形態極其微小,用常規微生物計數法無法測得其數量。當烈性噬菌體侵染細菌后會迅速引起敏感細菌裂解,釋放出大量

    微生物學技術:噬菌體的檢查及效價測定

    一、目的:1. 了解噬菌體效價的含義及其測定原理。2. 學會檢查噬菌體的方法。3. 掌握用雙層瓊脂平板法測定噬菌體效價的操作技能。二、原理:噬菌體是一類專性寄生于細菌和放線菌等微生物的病毒,其個體形態極其微小,用常規微生物計數法無法測得其數量。當烈性噬菌體侵染細菌后會迅速引起敏感細菌裂解,釋放出大量

    噬菌體的檢查及效價測定

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    噬菌體的檢查及效價測定

    實驗方法原理噬菌體是一類專性寄生于細菌和放線菌等微生物的病毒,其個體形態極其微小,用常規微生物計數法無法測得其數量。當烈性噬菌體侵染細菌后會迅速引起敏感細菌裂解,釋放出大量子代噬菌體,然后它們再擴散和侵染周圍細胞,最終使含有敏感菌的懸液由混濁逐漸變清,或在含有敏感細菌的平板上出現肉眼可見的空斑──噬

    首次發現細菌病毒攜帶動物DNA

      科學家發現,侵入細菌的一種病毒中潛伏著很多能表達出毒性蛋白的基因。這些基因本非病毒基因組的基因,而是來自于黑寡婦毒液基因以及其他一些動物的DNA。研究者們認為,要么是病毒偷竊了其他生物的基因,要么是其他生物的DNA入侵了病毒基因組。  病毒是一種充滿爭議的生物。他們幾乎可以入侵感染三界(動物、植

    7月11日Nature雜志生物學精選

      封面故事:腸道中的噬菌體   噬菌體在哺乳動物腸道中與它們的細菌宿主大量自然共存。抗生素處理會負面影響腸道環境,造成免疫和代謝缺陷。以前,腸道平衡的破壞主要是在細菌層面上被研究的,但在這項研究中James Collins及同事卻采用 “比較元基因組學”方法來分析在用抗生素處理后小鼠腸道

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