高效構建60120bp短片段cfDNA文庫的方法
簡介：從血漿中分離的cfDNA（游離DNA）能夠在創新式的非入侵條件下提供極具價值的基因組信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即纏繞一個核小體的DNA片段。越來越多的研究認為更短的cfDNA片段（40-170bp）保留著關于胎兒、腫瘤相關拷貝數變異和細胞起源的基因組信息（Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016）。高通量測序技術（NGS）是一項非常靈敏和準確的技術，通過該項技術，我們可以對液態活檢（LiquidBiopsy）中分離的cfDNA進行測序和分析，目前在科研和精準醫療領域已經有多項相關應用。在cfDNA文庫構建前，我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀（美國Sage Science公司）將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分，并用小于1ng的篩選后片段構建文庫（建庫試劑......閱讀全文
高效構建60120－bp－短片段－cfDNA－文庫的方法
簡介：從血漿中分離的cfDNA（游離DNA）能夠在創新式的非入侵條件下提供極具價值的基因組信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即纏繞一個核小體的DNA片段。越來越多的研究認為更短的cfDNA片段（40-170bp）保留著關于胎兒、腫瘤相關拷貝數變異和細胞起源的基因組信息（Jiang
循環腫瘤DNA比循環正常DNA矮半截
如今，人們開始利用液體活檢技術來診斷癌癥，以及監測治療效果，不過靈敏度是個問題。美國猶他州大學和華盛頓大學的研究人員近日在《PLOS Genetics》上發表文章，稱來源于腫瘤的DNA片段比來源于正常細胞的片段要短，這個特征可用于改善液體活檢。 猶他州大學的Hunter Underhill及其
qpcr標準品的詳細制備步驟
步驟如下：?(1)利用QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit試劑盒提取cfDNA，cfDNA的長度為160-200bp，濃度為0.3-1ngul;?(2)利用步驟(1)得到的cfDNA構建濃度為100-150ngul的cfDNA文庫;?(3)對步驟(2)得到的cfDN
BAC文庫構建方法與技巧
基因組DNA文庫有十分廣泛的用途，如用于分析、分離特定的基因片段，用以基因表達調控、人類及動植物基因組工程的研究。通常情況下，基因組文庫構建的基本流程可以歸為4大步驟：分離基因組DNA、對基因組DNA作相關的處理、將基因組DNA片段連接入載體、將重組載體轉入宿主細胞。一、分離基因組DNA（gDNA）
BAC文庫構建方法與技巧
基因組DNA文庫有十分廣泛的用途，如用于分析、分離特定的基因片段，用以基因表達調控、人類及動植物基因組工程的研究。通常情況下，基因組文庫構建的基本流程可以歸為4大步驟：分離基因組DNA、對基因組DNA作相關的處理、將基因組DNA片段連接入載體、將重組載體轉入宿主細胞。 一、分離基因組DNA
BAC文庫構建方法與技巧
基因組DNA文庫有十分廣泛的用途，如用于分析、分離特定的基因片段，用以基因表達調控、人類及動植物基因組工程的研究。通常情況下，基因組文庫構建的基本流程可以歸為4大步驟：分離基因組DNA、對基因組DNA作相關的處理、將基因組DNA片段連接入載體、將重組載體轉入宿主細胞。 一、分離基因組DNA
cDNA文庫構建
實驗方法原理 cDNA 文庫是指某生物某發育時期所轉錄的全部 mRNA 經反轉錄形成的 cDNA 片段與某種載體連接而形成的克隆的集合。經典 cDNA 文庫構建的基本原理是用 Oligo(dT) 作逆轉錄引物，或者用隨機引物，給所合成的 cDNA 加上適當的連接接頭，連接到適當的載體中獲得文庫。其基
cDNA文庫構建
cDNA文庫構建可以：（1）用于分離全長基因進而開展基因功能研究；（2）篩選目的基因并直接用于表達；（3）提供構建分子標記連鎖圖譜的所用探針。實驗方法原理cDNA 文庫是指某生物某發育時期所轉錄的全部 mRNA 經反轉錄形成的 cDNA 片段與某種載體連接而形成的克隆的集合。經典 cDNA 文庫構建
cDNA文庫構建
cDNA文庫構建 ? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 cDNA 文庫是指某生物某發育時期所轉錄的全部 mRNA 經反轉錄形成的 cDNA 片段與某種載體連接而形成的克隆的集合。
cDNA文庫構建
cDNA文庫[原理]：cDNA文庫不同于基因組文庫，被克隆DNA是從mRNA反轉錄來源的DNA。CDNA組成特點是其中不含有內含子和其他調控序列。從而做cDNA克隆時應是先從獲得mRNA開始，在此基礎上，通過反轉錄酶作用產生一條與mRNA相互補的DNA鏈，然后除掉mRNA，以第一條DNA鏈為模板復制
cDNA－文庫的構建
? ? ? ? ? ? 實驗材料 λ噬菌體臂 大腸桿菌菌株 用于λ噬菌體的包裝抽提物 試劑、試劑盒 放線菌素 D
cDNA－文庫的構建
此經典方案建立在 Gubler-Hoffman 法（Gulber-Hoffman 1983) 之上，分為六個階段。本實驗來源于分子克隆實驗指南（第三版）上冊，作者：黃培堂。實驗材料λ噬菌體臂大腸桿菌菌株用于λ噬菌體的包裝抽提物試劑、試劑盒放線菌素 D二硫蘇糖醇EDTATris-ClMgCl2反轉錄酶
cDNA－文庫的構建2
階段 3:cDNA 的甲基化 材料 緩沖液和溶液 將貯存液稀釋到合適濃度。 氯仿 10XEcoRⅠ 緩沖液 1XEcoRⅠ 甲基化酶緩沖液（選用) 如希望，可替代步驟 1 中的 Tris-HCl,NaCl 和 EDTA。 EDTA(0.5mol/L,pH8.0) 乙醇 MgCl2(
cDNA文庫的構建3
接頭-銜接子與cDNA的連接8.將下列試劑加入到已削成平末端的DNA中：10×T4噬菌體DNA聚合酶修復緩沖液 2μl800~1000 ng 的磷酸化接頭或銜接子 2μlT4噬菌體DNA連接酶（105 Weiss單位/ml） 1μl10 mmol/L ATP 2μl混勻后，在16℃溫育8~12h。9
cDNA文庫的構建2
10. Sephadex G-50用含有10 mmol/L NaCl的TE(pH7.6)溶液進行平衡，然后通過離子柱層析將未摻入的dNTP和 cDNA分開。11. 加入0.1倍體積的3mol/L乙酸鈉（pH5.2）和2倍體積的乙醇，沉淀柱層析洗脫下來的cDNA，將樣品置于冰上至少15分鐘，然后在微量
cDNA－文庫的構建（二）
7. 盡可能快地進行 cDNA 合成的下一步驟階段 2:cDNA 第二鏈的合成材料緩沖液和溶液將貯存液稀釋到合適濃度。氯仿EDTA(0.5mol/LpH8.0)乙醇MgCl2(1mol/L)(NH4)2SO4(1mol/L)將 1.3 g 固體硫酸銨溶解于終體積為 10 ml 的水中，溶液經濾膜過濾
BAC/PAC－文庫的構建
BAC文庫的構建 ? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 BAC是一種裝載DNA大片段的克隆載體系統，用于人、動物和植物基因組文庫構建。BAC具有插入片段較大(幾千個堿基至350kb)
cDNA－文庫的構建（三）
階段 3:cDNA 的甲基化材料緩沖液和溶液將貯存液稀釋到合適濃度。氯仿10XEcoRⅠ 緩沖液1XEcoRⅠ 甲基化酶緩沖液（選用)如希望，可替代步驟 1 中的 Tris-HCl,NaCl 和 EDTA。EDTA(0.5mol/L,pH8.0)乙醇MgCl2(1mol/L)NaCl(5mol/L)
cDNA文庫的構建1
分為六個階段：階段1：反轉錄酶催化合成cDNA第一鏈階段2：cDNA第二鏈的合成階段3：cDNA的甲基化階段4：接頭或銜接子的連接階段5：Sepharose CL-4B凝膠過濾法分離cDNA階段6：cDNA與λ噬菌體臂的連接 [階段1：反轉錄酶催化合成cDNA第一鏈] 1.在置于冰上的無菌微
BAC/PAC－文庫的構建
BAC (Bacterial Artificial Chromosome，細菌人工染色體)文庫可用于：（1）全基因組測序；（2）構建物理圖譜、染色體步查；（3）基因篩選；（4）基因圖位克隆。實驗方法原理BAC是一種裝載DNA大片段的克隆載體系統，用于人、動物和植物基因組文庫構建。BAC具有插入片段較
cDNA－文庫的構建（一）
實驗材料 λ噬菌體臂大腸桿菌菌株用于λ噬菌體的包裝抽提物試劑、試劑盒 放線菌素 D二硫蘇糖醇EDTATris-ClMgCl2反轉錄酶RNase 抑制劑用于 cDNA 合成的寡核苷酸引物poly(A)+RNA[a-32P]dCTPEDTA乙醇(NH4)2SO4β-煙酰胺腺嘌呤二核苷酸T4
cDNA－文庫的構建3
階段 5:SepharseCL-4B 凝膠過濾法分離 cDNA材料緩沖液和溶液乙醇乙酸鈉（3 ml/L,pH5.2)TE(pH7.6)含 0.1mol/LNaCl 的 TE(pH7.6)Tris-HCl(1mol/L,pH8.0)凝膠瓊脂糖凝膠（1%)見步驟 8。核酸和寡核苷酸cDNA階段 4 中步
cDNA－文庫的構建（四）
方法cDNA 末端的削平1.cDNA樣品（來自步驟 11)于 68°C 加熱5 min。這一步驟是使cDNA分子的單鏈突出端可能形成的雙鏈結構發生變性。2. 將cDNA溶液冷卻至37°C并加入下列試劑：5xT4噬菌體DNA聚合酶修復緩沖液 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
用雜交的方法篩選大片段插入的文庫實驗
實驗步驟由于原代的轉化子只能產生數目有限的濾膜，因而隨機鋪板不適合濾膜的制備以及 YAC、BAC 和 PAC 文庫的保存，而且由于克隆增殖率存在差別，因而無論是哪一種擴增形式都會將偏差帶人文庫中去。因此，原代的轉化子應加入微孔板中，放置于-8℃ 保存。這使得制造分配用的文庫拷貝變得簡單易行，而且使組
用雜交的方法篩選大片段插入的文庫實驗
由于原代的轉化子只能產生數目有限的濾膜，因而隨機鋪板不適合濾膜的制備以及 YAC、BAC 和 PAC 文庫的保存，而且由于克隆增殖率存在差別，因而無論是哪一種擴增形式都會將偏差帶人文庫中去。因此，原代的轉化子應加入微孔板中，放置于-8℃ 保存。這使得制造分配用的文庫拷貝變得簡單易行，而且使組
DNA文庫的構建及其篩選
DNA文庫的構建和篩選可以用于：（1）將某生物的全部基因組DNA用限制性內切酶或機械力量切割成一定長度的DNA片段，再與適合的載體在體外重組并轉化相應的宿主細胞獲得的所有陽性菌落。 （2）采用“化整為零”策略，將龐大的基因分解成一段段，每段包含一個或幾個基因。實驗方法原理高等植物基因組的一個顯著特征
DNA文庫的構建及其篩選
實驗材料?DNA試劑、試劑盒?升汞MS培養基瓊脂糖EcoR IHind IIIBamH IBg lII Pst I儀器、耗材?電泳儀尼龍膜實驗步驟 1.水稻 DNA 的提取水稻 DNA 的提取參照 Dellaporta, Wood 和 Hicks (1983) 法分離總基因組DNA并略有修改。 通過
DNA文庫的構建及其篩選
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 高等植物基因組的一個顯著特征是其內含有大量的 DNA 重復序列, 重復序列常位于異染色質區, 因此可能與染色體的結構有關 . 季靜等根據國際上 對基因組、染色體、結構蛋白的研究前沿, 提出染色體 DNA 平均每隔 30 kb
cDNA文庫的構建和篩選
材料許多生物是疾病研究或探索使細胞和機體應對和存活于不同刺激下的分子適應機制的優良模型。 cDNA 文庫的構建和隨后目的基因的篩選可促使研究者發現在調節和響應某些外部特定環境壓力中有重要作用，而在其他體系中可能不表達或者不存在的新基因。確定這些新基因的可讀框，進一步分析其編碼蛋白質的功能可以開創全新
YAC實驗——YAC文庫構建
YAC帶有天然染色體所有的功能元件，包括一個著絲粒，一個DNA復制起點，兩個端粒。YAC能夠容納長達幾百kb的外源DNA，這是質粒和黏粒辦不到的。大片段的插入更有可能包含完整的基因，在染色體步移中每次允許更大的步移距離，同時能夠減少完整基因組文庫所需的克隆數目。實驗步驟1. ?盡管當插入片段大于10