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中科院昆明動物研究所研究員馬占山與美國馬里蘭大學葉承曦博士在基因測序領域的合作再次取得重要突破。合作團隊近日正式發布了一款代號為 Sparc 的軟件。 針對第三代基因測序儀硬件錯誤率高達15%~40%的問題，該團隊研發出了一套“線性復雜度”（復雜性最低）的算法，Sparc軟件即基于該新算法完成。綜合測試顯示：采用測序深度僅為30x的三代基因測序數據，Sparc取得組裝共識（Consensus）時錯誤率低于0.5%；同時與目前最優秀的同類軟件相比，Sparc可節省計算時間和內存達80%。這一重要突破為推進基因測序技術邁向三代技術的產業升級提供了又一關鍵軟件技術。 Sparc 研發獲得了中科院、遺傳資源與進化國家重點實驗室、國家自然科學基金以及云南省高端科技人才、海外高層次人才、云嶺產業領軍人才以及創新團隊等項目的支持。由于該研究屬于計算機科學、數學和生物學的交叉領域，因此創新團隊成員間的跨界合作自然起到了關鍵作用。......閱讀全文
基因測序領域再迎重大突破 近期有關基因測序領域的利好消息接連不斷，相應基因測序板塊的個股也有異動，如馬應龍就于6月28日強勢漲停。新華社消息，美國國家衛生研究院日前批準了首個利用被譽為“基因剪刀”的CRISPR基因編輯技術來治療癌癥的人體臨床試驗，讓這種目前備受關注的生物醫學技術在
在法醫界有一句話，死者能 “開口說話”講述事件的真相。而在昆明動物研究所野生動物司法鑒定中心，工作人員通過對野生動物標本與查獲的動物及制品進行鑒定，就能判定捕捉、走私野生動物的犯罪行為。這是一只國家二級保護野生動物獼猴的骨骼。記者張悅/攝 為了保護瀕危野生動物，
繼2012年中國科學院昆明動物研究所、深圳華大基因研究院等單位合作完成了首個山羊全基因組圖譜之后，6月昆明動物研究所，華大基因等處的研究人員又公布了綿羊基因組序列，并且將這一基因組與其它哺乳動物基因組進行了比對，構建了相關的系統發育樹。這一研究成果公布在6月6日Science雜志上。 參與這項
2010年下旬，河南安陽曹操墓真偽之辯正酣。而一則來自上海的重磅消息更是引發了多方關注。復旦大學現代人類學教育部重點實驗室宣布，向全國征集曹姓男性DNA樣本，擬用基因組科學的手段驗證出土的頭骨是否為曹操本人。 一下子，基因組科學成為熱門，這一話題“落入尋常百姓家”。 事實上，伴隨著2
一、導讀： 在大部分投資者對“二代測序”（NGS）還沒有搞清技術細節的情況下，“三代測序”（3GS）又火了。 6月17日，醫藥板塊中基因測序相關標的在“三代測序技術獲得重大突破”的新聞影響上出現明顯漲幅，我們也接到較多投資者對相關新聞的背景及觀點的詢問。為此，我們結合各方面資料歸納總結了三代
由中國科學家領銜的一個國際科研小組5日宣布，歷經5年時間，他們完成了對綿羊基因組的測序、組裝及分析工作。這項成果使人們對反芻動物生物學有了嶄新認識。更重要的是，中國是綿羊和山羊飼養及羊肉消費大國，新研究將促進選育出更優秀的肉羊新品種。 綿羊基因組的測序工作在2009年正式啟動，其中中國科學院昆
由中國科學家領銜的一個國際科研小組 5 日宣布，歷經 5 年時間，他們完成了對綿羊基因組的測序、組裝及分析工作。這項成果使人們對反芻動物生物學有了嶄新認識。更重要的是，中國是綿羊和山羊飼養及羊肉消費大國，新研究將促進選育出更優秀的肉羊新品
近日，國際期刊《PeerJ》在線發表了中國科學院昆明動物研究所馬占山研究員與美國馬里蘭大學葉承曦博士在基因測序領域的合作再次取得重要突破。研究團隊近日正式發布了一款代號為 Sparc 的軟件(軟件試用下載網址： https://sourceforge.net/projects/sparc-con
近期最新SCI影響因子公布，在Nature系列子刊中，除了綜述類的三個期刊，Nature Genetics穩居前列(35.532)，影響因子超過Cell，Science等綜合性期刊。其中的原因之一多為近年來基因組研究領域的蓬勃發展，帶來的引用也逐步攀升，在這一研究領域，國內的學者發表過不少的
來自青海大學、深圳華大基因研究院和中科院昆明動物研究所等處的研究人員成功繪制出了藏羚羊(Tibetan antelope)的基因組序列草圖，揭示出了高原適應的遺傳機制。相關論文“Draft genome sequence of the Tibetan antelope”發表在5月14日的
10月11日，深圳華大基因研究院宣布，大熊貓晶晶的基因組框架圖繪制完成，這是世界首例用短序列進行新物種測序與組裝新技術完成的大型基因組序列圖。 深圳華大基因研究院大熊貓基因組項目負責人田埂博士在接受記者采訪時表示：“目前的基因組框架圖涵蓋基因組95%區域，覆蓋基因區約98%。雖然這還不是最終的基因
大千世界無奇不有，這都是進化的功勞。大航海時代，科學家們揚帆遠航去探索大自然的神奇造化。如今，科學家們正在測序技術的幫助下進一步揭示生命的奧秘。The scientist雜志對近期最熱門的一些基因組測序成果進行了盤點，我國學者參與的兩項測序研究格外引人注目。 種屬：虎鯨（Orcinus orc
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長速度
由深圳華大基因研究院發起，中國科學院昆明動物研究所、中國科學院動物研究所、成都大熊貓繁育研究基地和中國保護大熊貓研究中心參與的合作研究成果《大熊貓基因組測序和組裝》，1月21日以封面故事形式在國際權威雜志《自然》上發表。 在國家林業局、深圳市政府、深圳市鹽田區政府及相關企業的支持下，“
新的一年即將來臨，The scientist雜志盤點了2013年度的高引基因組研究，讓我們看看今年又有哪些新解碼的基因組受到熱捧。 斑馬魚基因組 種屬：Zebrafish, Danio rerio 基因組大小：~1.41 billion base pairs 斑馬魚(Da
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
牛是人類的老朋友，它們在數千年來的文明發展進程中占有重要地位，但牛屬動物中的很多關鍵科學問題長期困擾著人們。中科院昆明動物研究所的研究人員利用大規模基因組數據，最新闡明了基因交流在牛屬動物的馴化以及環境適應中的重要作用。 牛屬現存物種包括普通牛、瘤牛、大額牛、印度野牛、
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
中國科學院昆明動物研究所“計算生物與醫學生態學科組”研究員馬占山與美國馬里蘭大學博士葉承曦在基因測序領域的合作取得新的突破。針對第三代基因測序儀硬件錯誤率高達15%~40%的現實，該團隊研發出了一套“線性復雜度”的算法，這套算法復雜性最低，基于該新算法完成了Sparc軟件的開發。 Sparc
牛是人類的老朋友，它們在數千年來的文明發展進程中占有重要地位，但牛屬動物中的很多關鍵科學問題長期困擾著人們。中科院昆明動物研究所的研究人員利用大規模基因組數據，最新闡明了基因交流在牛屬動物的馴化以及環境適應中的重要作用。牛屬現存物種包括普通牛、瘤牛、大額牛、印度野牛、爪哇野牛、牦牛、歐洲野牛和美洲野
來自中科院昆明動物研究所、中科院北京生命科學研究院和蘭州大學的研究人員，在新研究中揭示出了高海拔哺乳動物瘤胃微生物組的趨同進化。研究結果發布在6月16日的《Current Biology》雜志上。 中科院昆明動物研究所的施鵬（Peng Shi）研究員、中科院北京生命科學研究院趙方慶（Fangq
新華網2008年3月6日電 由中國科學家發起，加拿大、英國、美國、丹麥等國科學家聯合參與的國際“大熊貓基因組研究”項目6日正式啟動。中國科學家表示，將在半年之內完成大熊貓基因組的框架圖。 據深圳華大基因研究院介紹，國際“大熊貓基因組研究”項目所產生的基因組信息將會對生態、進化、測序技術等眾多科研領
由中國科學家發起，加拿大、英國、美國、丹麥等國科學家聯合參與的國際“大熊貓基因組研究”項目6日正式啟動。中國科學家表示，將在半年之內完成大熊貓基因組的框架圖。 據深圳華大基因研究院介紹，國際“大熊貓基因組研究”項目所產生的基因組信息將會對生態、進化、測序技術等眾多科研領域產生深遠的影響。該項目的實
新華社北京12月13日電 記者13日從國家林業局獲悉，由深圳華大基因研究院領銜，中國科學院昆明動物研究所、中國科學院動物研究所、成都大熊貓繁育研究基地和中國保護大熊貓研究中心共同參與的大熊貓基因組測序研究項目近日正式完成，并繪制出大熊貓基因組精細圖。這是我國科學家第一次全面系統地對大熊貓基因組進
近日，中國科學院昆明動物研究所研究員張亞平和馬占山領導的團隊發布了以“10x Genomics測序”輔助“三代測序”的混合組裝策略和軟件技術。研究人員采用美國加州大學Jain等人2018年發表在Nature Biotechnology上（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人類基因組
龍井43 中國農科院供圖 近日，《自然—通訊》在線發表了我國科學家在茶樹全基因組組裝和茶樹起源演化研究上取得的重要突破。該項研究由中國農業科學院茶葉研究所（以下簡稱茶葉所）和中國農業科學院深圳農業基因組研究所（以下簡稱基因組所）主導并
家養動物被人類成功馴化后，伴隨著人類遷徙至世界各地。在這個過程中，家養動物會與當地各種野生近緣種相遇，從而發生雜交促使基因交流的發生。中國科學院昆明動物研究所研究員張亞平、吳東東課題組近期利用大規模基因組數據，闡明了基因交流在牛屬動物的馴化以及環境適應中的重要作用，相關工作發表在Nature Eco
成都大熊貓繁育研究基地17日對外披露，日前順利產下一只雄性健康大熊貓幼仔的大熊貓“晶晶”不僅出生于大熊貓“奧運家族”，它更是完成“大熊貓基因組草圖”的世界第一只大熊貓。 據成都大熊貓繁育研究基地研究中心專家沈福軍研究員介紹，2008年1月，由北京華大基因深圳研究院牽頭，在深圳市鹽田區萬科東海岸
從中國科學院昆明動物研究所獲悉，近期，該所科研人員完成了新版的樹鼩基因組高精度測序、組裝和注釋。新版樹鼩基因組填補了第一版基因組中約73%的拼裝缺口。 據介紹，樹鼩是一種與實驗大鼠差不多大小的小型哺乳動物，為靈長類動物的近親，在生物醫學研究中頗具潛力。目前，樹鼩已被用于感染性疾病如乙型肝炎、丙