NatRevCancer綜述：腫瘤蛋白質基因組學
導 讀 腫瘤蛋白質基因組學（Cancer proteogenomics）是將基于質譜（MS）的蛋白質豐度和翻譯后修飾（PTM）信息與臨床前腫瘤模型和腫瘤樣本的基因組、表觀基因組和轉錄組數據相結合的組學技術。基因組學和表觀基因組學為解釋可能發生的生物過程提供了基礎知識，蛋白質組學是對已經發生事件的匯總和分析（蛋白質及其修飾是生物表型的最終執行者）。因此，蛋白質基因組學將多組學數據整合可幫助揭示新的生物學知識和腫瘤發病機制新見解，從而提高人們對腫瘤惡性轉化和預后的理解。 近日，Broad研究所等單位的聯合研究團隊在 Nature Reviews Cancer 發表了題為“Cancer proteogenomics: current impact and future prospects”的重磅綜述......閱讀全文
Nat Rev Cancer綜述：腫瘤蛋白質基因組學
導 讀? ? ? ?腫瘤蛋白質基因組學（Cancer proteogenomics）是將基于質譜（MS）的蛋白質豐度和翻譯后修飾（PTM）信息與臨床前腫瘤模型和腫瘤樣本的基因組、表觀基因組和轉錄組數據相結合的組學技術。基因組學和表觀基因組學為解釋可能發生的生物過程提供了基礎知識，蛋白質組學是對已經發
基因組學推進腫瘤研究未來發展
——訪億明達腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。 癌癥通常按照形態進行分類，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。“如今，癌癥分類依據已經開始從形態特征轉變為更有效的治療方式，其中的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研
基因組學與蛋白質組學兩大巨頭建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日聯手推出OneOmics? 計劃，其目的是在云計算環境中結合新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）的工具。作為此計劃的一部分，Illumina的應用商店BaseSpace將托管AB Sciex的SWATH? 蛋白質組學云工具，這使得BaseSp
基因組學做不了的事 蛋白質組學更精準打擊癌癥
近日，國際人類蛋白質組組織公布了2020年度權威獎勵獲獎名單，中國科學院院士、軍事科學院軍事醫學研究院研究員賀福初榮獲蛋白質組學杰出成就獎。 賀福初院士率先提出人類蛋白質組計劃的科學目標與技術路線，倡導并領銜了人類第一個關于組織、器官的蛋白質組計劃，揭示了人體首個器官（肝臟）蛋白質組。2014年
Illumina副總裁：基因組學如何影響腫瘤學未來的發展？
專訪Illumina腫瘤業務營銷副總裁John Leite 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。Illumina的腫瘤業務營銷副總裁John Leite介紹了這一領域的最新進展，以及隨著今天的研究轉化為臨床，他對未來的期望。 基因組學如何影響腫瘤
美印藥物基因組學與癌癥基因組學檢測商業化
美國Companiondx實驗室擬與健康信息技術服務商Enable Healthcare合作，向醫生推廣藥物基因組學檢測；印度癌癥醫學公司HCG宣布建立一個新的腫瘤基因中心，旨在下代測序技術能夠幫助定位腫瘤，從而提高化療和放療的效率和響應率 美國藥物基因組學檢測商業化 Companiondx實驗
利用植物表型組學挖掘基因組學的成果
到2050年，全球人口將達到97億，預計作物產量翻一番才能滿足全球人口的糧食需求。為了達到這一目標，作物產量需每年增長2.4%，但目前作物產量平均增長率僅為1.3%。作物生產性能的遺傳改良仍然是提高作物生產力的關鍵因素，但當前的改善速度無法滿足可持續性和糧食安全的需要。為了確保糧食安全、生態系統的可
Science專題：癌癥基因組學
在2001年完成人類基因組測序后，許多的研究人員立即將目光放到了利用這些信息來更好地了解遺傳學上。最近，越來越多的研究確定了表觀遺傳學在癌癥的發生、形成及發展過程中起效應。從鑒別與遺傳性癌癥相關的單基因變異的前基因組時代轉向，測序技術的進步使得研究人員能夠利用全基因組方法來檢測基因組間的差異，以
毒理基因組學的定義
毒理基因組學(toxicogenomics)是從多基因、全基因組水平研究毒物作用與基因表達的相互影響。其研究內容主要包括3個方面:促進環境應激原與疾病易感性關系的理解、闡明毒性分子機制、篩選和確認與疾病和毒物暴露相關的生物標志物(biomarkers)。
藥物基因組學的定義
藥物基因組學(pharmacogenomics),又稱基因組藥物學或基因組藥理學,是藥理學的一個分支,定義為在基因組學的基礎上,通過將基因表達或單核苷酸的多態性與藥物的療效或毒性聯系起來,研究藥物如何由于遺傳變異而產生不同的作用。
Nature發布大規模癌癥蛋白質基因組學研究重要成果
基于來自癌癥基因組圖譜(TCGA)計劃的數據，一個多機構科學家小組完成了首個大規模的乳腺癌“蛋白質基因組學”（ proteogenomic）研究，將一些DNA突變與蛋白質信號聯系到一起，并幫助確定了一些驅動癌癥的基因。 這項研究旨在通過蛋白質和它們的修飾來更好地認識癌癥。發表在5月25日《自然
基因組學: 跨越癌癥研究國界
1982年11月，在尼日利亞海軍醫院外足球場上踢球的一名軍官，突然摔倒死亡。這名男子被帶到急診室時，當時還是一個新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade醫生正在值班。“我們搞不明白為什么他死亡，這讓我感到震驚，從那時開始我意識到，我需要做更多的工作來理解和幫助人們。”Ol
表觀基因組學研究指南（一）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
表觀基因組學研究指南（三）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal
Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
作物基因組學研究進展
摘要：農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１７年度主要農作物基因組
買買買！羅氏收購CAPP Medical拓展腫瘤基因組學領域實力
近兩年來，隨著數以十億計美元的投入，新的腫瘤治療療法不斷涌現出來。基因療法、RNAi療法以及現在火得一塌糊涂的腫瘤免疫療法都為人類最終解決癌癥這一生死大敵做出了重大貢獻。然而，面對如此多的新型療法，醫生該如何選擇適合患者的療法？在臨床研究中，科學家該如何確定一種新型腫瘤療法適用人群？隨著研究的深
國際基因組學大會在長春落幕
10月24日，2011國際基因組學大會在長春落幕。中科院院士賀林、美國國立衛生研究院癌癥研究所資深研究員Charles Vinson等國內外知名專家學者，圍繞“基因組學時代的機遇與挑戰”主題，從基因組科學、基因組技術、基因組信息學與計算生物學、基因組轉化與應用等方面進行了交流，并就全球基因
作物基因組學研究進展（三）
⑸棉花基因組研究棉花是重要的天然纖維和油料作物，也是研究多倍體進化和作物馴化的重要模式植物。南京農業大學張天真等課題組通過將栽培棉與野生棉對比，繪制出了棉花表觀遺傳基因的“甲基化基因圖譜”，對野生棉和栽培棉之間超過１２００萬個的差異甲基化胞嘧啶進行分析，鑒定出５１９個表觀等位基因（ｅｐｉａｌｌｅｌｅ
藥物基因組學發展和應用【四】
? 藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物受體的基因多態性? ? 一、β腎上腺素受體基因多態性? ? 目前認為至少存在β1、β2和β3三種不同的腎上腺素受體亞型，β1腎上腺素受體
當免疫治療遇到基因組學
近來一種能夠激活人體自身免疫系統對付腫瘤的新藥大獲成功，然而，只有部分癌癥患者得以受益。科學家們近來發現編碼肺部腫瘤的基因序列有可能能夠幫助我們預測免疫藥物能夠讓哪些人受益最多。 腫瘤細胞之所以能否逃脫人體免疫系統的監視，是通過激活了免疫T細胞表面一個叫做PD-1的受體。該受體被激活以后，T細
基因組學出手 尋找番茄舊時味
近日，《科學》雜志以封面報道形式介紹了中美科學家關于番茄風味改良的化學和遺傳學路線圖研究成果，同期刊發了兩國科學家合作的論文。與此同時，《自然》雜志也就此在線發表了亮點報道。 小小番茄之所以獲得如此高的關注度，源于這種果實既是一種非常受消費者歡迎的蔬菜，又是植物生物學家的最愛之一，堪稱植物遺
作物基因組學研究進展（二）
⑵小麥基因組研究小麥是全球最重要的糧食作物之一，小麥的穩產和增產對我國乃至全世界糧食安全的影響舉足輕重。近年來由于全球氣候變化、環境變化的影響，小麥生產面臨嚴峻的挑戰，對于小麥的育種和品種改良工作提出了新的要求。普通小麥（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３個不同亞基因組形成的異源
藥物基因組學發展和應用【五】
藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物基因組學臨床應用的機遇與挑戰? ? 藥物反應個體差異的發現和遺傳機制的證實，為改變藥物治療模式提供了重要的理論依據。使傳統的“千人一
藥物基因組學發展和應用【一】
影響患者對藥物反應的因素有很多，包括患者本身的內在因素如年齡、性別、種族/民族、遺傳、疾病狀態和器官功能，還有其它生理變化，包括懷孕、哺乳以及外源性因素如吸煙和飲食。基因變異可導致疾病表現和藥物反應的多樣性這一觀念目前已得到廣泛認可，并經許多的研究證實。對于一些遺傳因素影響研究比較明確的藥物，在治療
作物基因組學研究進展（一）
作物基因組學研究進展農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１8年度主要農
藥物基因組學發展和應用【二】
?藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物代謝酶的基因多態性? ? 一、I相代謝酶? ? 人類細胞色素P450（CYP459）超家族在諸多藥物的代謝中發揮著重要作用，CYP
基因組學出手助番茄復“味”
以《更好吃的番茄》為題，1月27日的《科學》雜志用封面報道介紹了中美科學家關于番茄風味改良的化學和遺傳學路線圖研究成果，同期刊發了兩國科學家合作的論文。與此同時，《自然》雜志也就此在線發表了亮點報道。 《科學》和《自然》雜志如此重視這小小番茄的原因在于，番茄既是一種非常受消費者歡迎的蔬菜，根
藥物基因組學發展和應用（三）
?藥物基因組學為臨床醫生和臨床藥師提供了很大程度上改善幾百萬患者藥物治療效果的機會。但是，這個機會的利用卻受到阻礙和挑戰，并且新的知識還在不斷的更新。? ? 藥物轉運體的基因多態性? ? 藥物的生物利用度不僅取決于藥物代謝酶的活性，在較大程度上也有賴于生物膜上轉運體的活性。轉運體分布在許多屏
蛋白質組與蛋白質組學簡介-2
3 甲基化干擾實驗用來檢測蛋白質的結合位點。甲基化修飾的DNA探針可以干擾蛋白質的結合。結合位點上未被修飾的DNA片段才能與蛋白結合，然后將DNA從被修飾的堿基處切割，電泳分離，結合蛋白的DNA在結合位點上不能被修飾，不能切斷，可確定結合位點的位置。 4 Dnase I 足紋分析 蛋白