NatureMethods：北大湯富酬團隊揭示單個細胞內高階染色質結構
調控基因組元件的高階三維(3D)組織為基因調控提供了拓撲基礎，但尚不清楚哺乳動物基因組中的多個調控元件如何在單個細胞內相互作用。 2023年8月28日，北京大學湯富酬團隊在Nature Methods （IF=48）在線發表題為“scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells”的研究論文，該研究開發了scNanoHi-C，它應用納米孔長讀測序來探索單個細胞內全基因組近端高階染色質接觸。 研究表明，scNanoHi-C可以可靠有效地描繪三維染色質結構，并區分單個細胞的結構亞型。該方法還可用于檢測基因組變異，包括拷貝數變異和結構變異，以及支撐單細胞基因組的從頭組裝。值得注意的是，研究結果表明，在整個基因組的活性染色......閱讀全文
Nature－Methods－：北大湯富酬團隊揭示單個細胞內高階染色質結構
調控基因組元件的高階三維(3D)組織為基因調控提供了拓撲基礎，但尚不清楚哺乳動物基因組中的多個調控元件如何在單個細胞內相互作用。 2023年8月28日，北京大學湯富酬團隊在Nature Methods （IF=48）在線發表題為“scNanoHi-C: a single-cell long-r
北京大學湯富酬等團隊發布單細胞測序技術最新研究成果
基于第三代測序（TGS）平臺的單細胞RNA-seq技術的進步加速了生物學研究。自2016年以來，已經開發了幾種基于TGS平臺的單細胞RNA-seq方法。由于受到低準確度和靈敏度的限制，它們要么結合基于NGS平臺的方法降低錯誤率，要么通過犧牲通量來提高檢測率。 2023年1月11日，北京大學湯富
湯富酬Nature－Cell－Biology發文－揭示人類消化道發育細胞圖譜
人類胚胎發育過程中食道、胃、小腸、大腸的細胞類型圖譜及其關鍵生物學特征。 消化系統是人體中最重要的器官系統之一，而消化道作為消化系統最重要的組成部分，其在食物消化、營養吸收、廢物排泄、抵抗微生物入侵等多個方面起著極其重要的作用。消化道主要由食道、胃、小腸、大腸組成。揭示這四種器官在人類胚胎發育
湯富酬最新綜述：單細胞測序與干細胞
干細胞能夠分化成為機體內任何類型的細胞，既是研究人體早期發育的理想工具，也是細胞治療的寶貴資源。細胞間差異和異質性是干細胞群體固有的基本特性。如果我們對一群細胞進行組學分析，這些關鍵的信息就會被掩蓋。 單細胞測序技術是近幾年備受關注的強大工具，可以在同種干細胞中全面剖析細胞異質性，鑒定不同表型
Nature2015最佳評論文章：湯富酬、文路、馬曉婭入選
Nature雜志近日展開了一年一度的年終大盤點，評出了2015年的最佳評論文章。本次盤點選入了三名中國學者的兩篇文章，他們分別是北京大學的研究員湯富酬和研究員文路，以及云南大學的研究員馬曉婭。 湯富酬和文路在這篇文章中重點介紹了Grün等人開發的RaceID的算法，該算法能夠在復雜的細胞混合物
北大湯富酬等人揭示人類胚胎發育機制
基因表達圖 近日，北京大學研究團隊采用先進的單細胞 RNA-Seq 轉錄組測序技術繪制出了完整的人類植入前胚胎和胚胎干細胞的轉錄組圖譜，這一重要的研究成果發表在9月的《自然結構與分子生物學》(Nature Structural & Molecular Biology)雜志上。 由
北大湯富酬發表表觀基因組新成果
表觀遺傳學修飾可以在不改變DNA序列的情況下調控基因的活性。基因表達在時間和空間上的表觀遺傳學調控，對于人類發育是至關重要的。近年來，表觀基因組已經成為了生物醫學領域的一大研究熱點。 北京大學的研究團隊對早期人類胚胎進行深入研究，獲得了胎兒大腦、心臟和肝臟的表觀基因組景觀。這一成果發表在十二月
北大湯富酬Cell－Stem－Cell點評重編程研究成果
將體細胞重編程為誘導多能干細胞的iPS技術有著廣闊的應用前景。但目前人們對iPS體細胞重編程的分子機制還知之甚少。這主要是因為目前iPS重編程的效率比較低，得到的細胞存在很大的異質性。 北京大學生物動態光學成像中心BIOPIC的研究員湯富酬和助理研究員文路在Cell Stem Cell雜志上
北大喬杰、湯富酬、黃巖誼發表環狀RNA新成果
早在幾十年前，生物學家們就發現了環狀RNA。與線性RNA相比，環狀RNA受到的關注比較少，一直被認為是剪切過程中發生的錯誤。隨著二代測序的發展，近幾年人們意識到環狀RNA其實是非常普遍的。這些分子廣泛存在于多種生物的細胞中（從古生菌、酵母、小鼠到人類），能夠通過不同途徑影響基因表達，很可能在細胞
2018單細胞測序盤點：北大湯富酬教授連發11篇論文
單細胞RNA測序技術隨著近幾年的迅速發展，已在多個領域，從早期胚胎發育到組織和器官發育、以及免疫學和腫瘤學開花結果。 2018年，這一領域國內外成果不斷，比如北京大學的湯富酬課題組就接連發表了11篇文章，獲得了單細胞測序領域的接連重要成果。 3月，這一研究組與中國科學院生物物理研究所王曉群課
湯富酬－喬杰再發文：繪制人類心臟高精度發育細胞圖譜
人類胚胎發育是一個極其復雜的過程，從一個單細胞的受精卵開始，首先經過著床前胚胎發育產生胚內和胚外組織，再到著床后原腸胚階段三個胚層的特化，進而到器官發生、分化、成熟，及至新生命的誕生。整個兩百八十天的胚胎發育過程從一個單細胞受精卵增殖發育形成含有上萬億個細胞的嬰兒，期間基因表達受到嚴密、精準的調
北大湯富酬、喬杰團隊Cell－Res表觀遺傳學新成果
生物通報道：2016年11月8日，國際著名期刊《Cell Research》在線發表了北京大學湯富酬、喬杰團隊題為“DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells”
北大湯富酬、喬杰、付衛Science發表結直腸癌新成果
結直腸癌是胃腸道中常見的惡性腫瘤。基因組不穩定性、表觀遺傳異常以及基因表達失調是結直腸癌的典型分子特征。以往的單細胞研究只能分別檢測基因組、甲基化組或轉錄組，而不能以單細胞分辨率同時開展多組學研究。 為了更好地了解結直腸癌的發展，北京大學的研究團隊開發出一種單細胞測序方法，不僅能夠分析單細胞的
北京大學Nature－Methods發布表觀遺傳重要成果
盡管幾乎到處（食物、土壤、牙膏、尤其是自來水中）都存在有氟離子，其對于微生物和細胞具有很強的毒性作用。為了避免死亡，細胞必須清除掉在它們內部累積的氟離子，這一過程是通過離子通道來實現。離子通道指的是穿過細胞膜的一種蛋白質通道，其只允許特異的物質通過。 氟離子通道直到最近才被人發現，一些研究暗示
北大湯富酬課題組發表單細胞表觀多組學測序技術新成果
2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
Cell－Research解析小鼠原腸期胚胎胚層形成的表觀遺傳規律
細胞命運決定過程的調控機制是哺乳動物胚胎發育研究領域關注的重點。在哺乳動物胚胎發育過程中，具有全能性的合子會依次經過桑椹胚期、囊胚期、原腸胚期等，最終形成能夠發揮完整生物學功能的個體。其中，外、中、內三個胚層形成的原腸運動時期對后續胚胎發育藍圖的構建起著至關重要的作用。 表觀遺傳調控在哺乳早期
北大湯富酬團隊首次在單細胞水平上從頭組裝人類基因組
基因組組裝受益于具有更高準確性和更高連續性的長讀長測序技術。然而，大多數人類基因組組裝需要來自同質細胞系的大量 DNA，而不會保持細胞異質性，因為細胞異質性會嚴重影響單倍型組裝結果。 2022年7月12日，北京大學湯富酬團隊在Nucleic Acids Research （IF=19）在線發表
李勁松/陳子江/湯富酬實現核移植擴增人源精子的新方法
哺乳動物單倍體胚胎干細胞（haESCs）由于僅存在一組遺傳物質，因此是進行遺傳分析的理想工具。重要的是，當與CRISPR-Cas9技術結合使用時，雄激素性haESC（AG-haESCs）可以用作精子的替代品，并在生物水平上用于破譯基因功能。然而，迄今為止，只能在嚙齒動物中獲得AG-haESCs
研究揭示骨關節炎基因治療的關鍵分子靶標
骨關節炎是與機體衰老密切相關的退行性骨關節病，嚴重影響老年群體的生活質量。對于骨關節炎患者，目前尚無安全有效的治療方法。間充質干細胞的衰老和耗竭被認為是骨關節炎的主要誘因之一。因此，揭示間充質干細胞衰老的分子機制將為有效干預骨關節炎提供線索和靶標。 中國科學院生物物理研究所劉光慧研究組、北京大
華人學者Nature－Methods發布單細胞測序重要工具
新一代測序技術（NGS）大大增進了我們對疾病（比如癌癥）的理解。不過NGS的研究對象是細胞群體，會掩蓋細胞之間的異質性。正因如此，單細胞測序（SCS）技術受到了越來越多的關注。 德克薩斯大學MD安德森癌癥中心的研究人員開發了首個用于單細胞DNA測序的突變檢出程序，Monovar。這一重要成果發
劉光慧/湯富酬/曲靜在骨關節炎基因治療獲新進展
細胞衰老和干細胞耗竭作為機體衰老的重要標志，是驅動老年疾病發生發展的重要因素【1】。骨關節炎是一種常見的衰老相關疾病，其發病率隨年齡增長而逐漸增加。伴隨著衰老，關節內的多種細胞，如軟骨細胞、滑膜細胞、間充質干細胞均發生細胞衰老及功能退化。其中，間充質干細胞的衰老被認為是骨關節炎發病的重要誘因之一
單細胞測序這樣的高通量技術的優勢具體體現在哪里
單細胞全基因組測序主要應用于腫瘤發生機制及胚胎發育研究。單細胞轉錄組分析可以在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡，尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Sin
單細胞測序這樣的高通量技術的優勢
單細胞全基因組測序主要應用于腫瘤發生機制及胚胎發育研究。單細胞轉錄組分析可以在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡，尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Sin
單細胞測序這樣的高通量技術的優勢具體體現在哪里
單細胞全基因組測序主要應用于腫瘤發生機制及胚胎發育研究。單細胞轉錄組分析可以在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡，尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Sin
單細胞測序這樣的高通量技術的優勢具體體現在哪里
單細胞全基因組測序主要應用于腫瘤發生機制及胚胎發育研究。單細胞轉錄組分析可以在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡，尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。2017年6月16日，北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬課題組在《Cell Research》雜志在線發表了題為“Sin
劉光慧研究員Cell發布早衰研究重要發現
來自中國科學院生物物理研究所、美國國立衛生研究院的研究人員，開發出了一種基于細胞的高通量、高內涵成像小干擾RNA（siRNA）篩選方法，利用這一系統確定了抗氧化NRF2信號通路是早年衰老綜合癥（HGPS）的一個驅動機制。這項重要的研究發布在6月2日的《細胞》（Cell）雜志上。 中國科學院生物
《自然—方法學》年度方法：單細胞測序
2014年1月《自然—方法學》(Nature Methods)上發表年度特別報道，將“單細胞測序”(Singled out for sequencing)的應用列為2013年度最重要的方法學進展。 近幾年來，基于單細胞測序技術的科學研究取得了突飛猛進的發展，其成果有望為一些重
測序技術再現新進展，已開發基于單分子測序平臺的單細胞多組學測序技術
單細胞多組學測序技術是指對一個單細胞同時檢測多個組學層面（例如基因組、表觀基因組和轉錄組）的測序技術。這類技術可以更系統、全面地探索細胞異質性以及同一個細胞內的不同組學層面之間的互動關系，有利于更深入地解析復雜的生理、病理過程中細胞類型特異性的分子調控機制1, 2。2019年，Nature Me
北大科學家解析小鼠著床前胚胎中的單堿基分辨率5fC譜圖
2017年3月23日，北京大學BIOPIC中心湯富酬課題組與生命科學學院伊成器課題組合作在《Cell Stem Cell》雜志上發表了題為“Single-Cell 5-Formylcytosine Landscapes of Mammalian Early Embryos and ESCs at
《Science》發表北京大學生命科學學院研究新發現
Science雜志在線發表了北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬實驗室、中科院生物物理所劉光慧實驗室、以及Salk研究所Juan Carlos Izpisua Belmonte實驗室在干細胞衰老機理方面的一項突破性的研究成果。該研究結合多能干細胞定向分化技術、基因組靶向編輯技術、以及表